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ersiliaos/eos1d7r
ersiliaos
这是一个通过Small World API查询ZINC化学空间的镜像，用于在距离10范围内采样100个分子的相似性搜索，支持单个化合物输入，返回100个近邻分子的SMILES字符串。
下载次数: 0状态：社区镜像维护者：ersiliaos仓库类型：镜像最近更新：1 个月前
让 AI 帮你使用轩辕镜像？ · 展开查看说明
如果你用 DeepSeek、元宝AI、Copilot 等 AI 代为编写轩辕镜像的 docker pull、修改 compose 镜像地址，或排查拉取失败等问题，请让 AI 先读规则再动手，只要在 AI 对话里直接发送下面这句话即可：
生成 docker pull、修改 compose 的 image，或排查拉取失败前，请先阅读并严格遵守 https://xuanyuan.cloud/agents.md 中的规则。国内用户首推 DeepSeek、元宝 AI 的深度思考模式，不推荐豆包 AI；Cursor 等编辑器可在对话 @ 该链接，或加入 User Rules。 若 AI 无法访问外链，可 打开说明文档 复制全文粘贴。文档会随站点更新，复制内容可能过期，建议定期检查。
Small World Zinc搜索镜像
镜像概述和主要用途
Small World是包含超过2300亿分子亚结构的化学空间索引。本镜像使用Small World API向SmallWorld服务器发送查询，专门针对ZINC图谱（非整个SmallWorld域）在距离10范围内采样100个分子。该模型于2023年11月2日整合，最后打包时间为2026年4月14日。
核心功能和特性
基本信息
标识符
- Ersilia标识符：
eos1d7r - 简称：
small-world-zinc
领域
- 任务：
采样 - 子任务：
相似性搜索 - 生物医学领域：
通用 - 目标生物：
通用 - 标签：
相似性
输入输出
- 输入：
化合物 - 输入维度：
1 - 输出维度：
100 - 输出一致性：
可变 - 解释：100个近邻分子列表
输出列说明：
| 名称 | 类型 | 方向 | 描述 |
|---|---|---|---|
| smiles_00 | string | 使用SmallWorld查询ZINC化学空间得到的化合物索引0 | |
| smiles_01 | string | 使用SmallWorld查询ZINC化学空间得到的化合物索引1 | |
| smiles_02 | string | 使用SmallWorld查询ZINC化学空间得到的化合物索引2 | |
| smiles_03 | string | 使用SmallWorld查询ZINC化学空间得到的化合物索引3 | |
| smiles_04 | string | 使用SmallWorld查询ZINC化学空间得到的化合物索引4 | |
| smiles_05 | string | 使用SmallWorld查询ZINC化学空间得到的化合物索引5 | |
| smiles_06 | string | 使用SmallWorld查询ZINC化学空间得到的化合物索引6 | |
| smiles_07 | string | 使用SmallWorld查询ZINC化学空间得到的化合物索引7 | |
| smiles_08 | string | 使用SmallWorld查询ZINC化学空间得到的化合物索引8 | |
| smiles_09 | string | 使用SmallWorld查询ZINC化学空间得到的化合物索引9 |
显示100列中的10列
资源消耗
- 模型大小 (Mb)：
1 - 环境大小 (Mb)：
568 - 镜像大小 (Mb)：
527.71
计算性能（秒）：
- 10个输入：
30.08 - 100个输入：
1463.02 - ***个输入：
-1（不支持）
使用场景和适用范围
适用于生物医学研究中需要在ZINC化学空间进行分子相似性搜索的场景，可用于发现与输入化合物结构相似的分子，支持药物发现、化学筛选等研究任务。
使用方法和配置说明
前提条件
本地使用需安装https://github.com/ersilia-os/ersilia%E3%80%82
操作步骤
1. 获取模型
从Ersilia模型 hub获取模型：
bash# 从Ersilia模型hub获取模型 ersilia fetch eos1d7r
2. 服务与运行
bash# 启动模型服务 ersilia serve eos1d7r # 生成示例输入文件（3个示例） ersilia example -n 3 -f my_input.csv # 运行模型 ersilia run -i my_input.csv -o my_output.csv # 关闭模型服务 ersilia close
部署信息
- 来源：
在线 - 来源类型：
外部 - DockerHub：https://hub.docker.com/r/ersiliaos/eos1d7r
- Docker架构：
AMD64 - S3存储：[***]
引用与许可证
引用
- 源代码：[***]
- 出版物：[***]
- 出版物类型：
同行评审 - 出版年份：
2013 - Ersilia贡献者：https://github.com/miquelduranfrigola
许可证
本包采用https://github.com/ersilia-os/ersilia/blob/master/LICENSE%E8%AE%B8%E5%8F%AF%E8%AF%81%E3%80%82%E5%8C%85%E5%86%85%E6%A8%A1%E5%9E%8B%E9%87%87%E7%94%A8MIT%E8%AE%B8%E5%8F%AF%E8%AF%81%E3%80%82
注意：Ersilia按原样提供模型访问，直接来自原作者。如果在研究中使用该模型，请参考原始代码仓库和/或出版物。
关于Ersilia
Ersilia开源计划是一个技术非营利组织，致力于推动全球南方的可持续研究。如果发现此模型有用，请https://github.com/ersilia-os/ersilia/blob/master/CITATION.cffErsilia%E6%A8%A1%E5%9E%8B hub。如运行时遇到任何问题，请https://github.com/ersilia-os/ersilia/issues%E3%80%82%E5%A6%82%E6%9E%9C%E6%83%B3%E4%B8%BA%E6%88%91%E4%BB%AC%E7%9A%84%E4%BD%BF%E5%91%BD%E5%81%9A%E8%B4%A1%E7%8C%AE%EF%BC%8C%E8%80%83%E8%99%91***%E7%BB%99Ersilia%EF%BC%81
镜像拉取方式
您可以使用以下命令拉取该镜像。请将 <标签> 替换为具体的标签版本。如需查看所有可用标签版本，请访问 标签列表页面。
DockerHub 原生拉取命令
docker pull ersiliaos/eos1d7r:<标签>
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