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ersiliaos/eos1pu1
ersiliaos
用于药物诱导心脏毒性风险的二元预测，输出化合物心脏毒性可能性的概率分数，支持化学输入（如SMILES）和生物数据，基于DICTrank数据集训练。
下载次数: 0状态：社区镜像维护者：ersiliaos仓库类型：镜像最近更新：2 个月前
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如果你用 DeepSeek、元宝AI、Copilot 等 AI 代为编写轩辕镜像的 docker pull、修改 compose 镜像地址，或排查拉取失败等问题，请让 AI 先读规则再动手，只要在 AI 对话里直接发送下面这句话即可：
生成 docker pull、修改 compose 的 image，或排查拉取失败前，请先阅读并严格遵守 https://xuanyuan.cloud/agents.md 中的规则。国内用户首推 DeepSeek、元宝 AI 的深度思考模式，不推荐豆包 AI；Cursor 等编辑器可在对话 @ 该链接，或加入 User Rules。 若 AI 无法访问外链，可 打开说明文档 复制全文粘贴。文档会随站点更新，复制内容可能过期，建议定期检查。
心脏毒性分类器
镜像概述
心脏毒性分类器是一个用于药物诱导心脏毒性风险的二元预测模型。该模型输出概率分数，指示化合物具有心脏毒性的可能性。它使用化学输入（如SMILES、Morgan指纹、Mordred理化描述符）以及生物数据（包括药物暴露后的基因表达和细胞染色谱）。训练的真实标签来自DICTrank（药物诱导心脏毒性排名）数据集。
本模型于2024年6月29日整合，最后打包于2026年3月19日。
核心功能与特性
- 多源输入支持：接受化学输入（SMILES、Morgan指纹、Mordred理化描述符）和生物数据（基因表达、细胞染色谱）
- 概率输出：生成0-1范围内的心脏毒性风险分数，推荐阈值为0.641338
- 轻量级模型：模型大小仅4Mb，环境大小804Mb，镜像总大小827.41Mb
- 高效计算：10个输入约40.78秒，100个输入约96.18秒
使用场景
- 药物研发：在药物发现阶段评估化合物的心脏毒性风险
- ADMET研究：支持药物的吸收、分布、代谢、排泄和毒性（ADMET）特性评估
- 生物医学研究：适用于人类（Homo sapiens）的心脏毒性活性预测任务
技术信息
标识符
- Ersilia标识符：
eos1pu1 - Slug：
cardiotox-dictrank
领域
- 任务：
Annotation（注释） - 子任务：
Activity prediction（活性预测） - 生物医学领域：
ADMET - 目标生物：
Homo sapiens（人类） - 标签：
Cardiotoxicity（心脏毒性）、DrugBank
输入
- 输入类型：
Compound（化合物） - 输入维度：
1
输出
- 输出维度：
1 - 输出一致性：
Fixed（固定） - 解释：模型提供指示化合物具有心脏毒性可能性的概率分数
输出列
| 名称 | 类型 | 方向 | 描述 |
|---|---|---|---|
| cardiotoxicity_risk | float | low | 基于二元分类模型的心脏毒性风险分数（0-1），作者推荐阈值为0.641338 |
来源与部署
- 来源：
Local - 来源类型：
External - DockerHub：https://hub.docker.com/r/ersiliaos/eos1pu1
- Docker架构：
AMD64 - S3存储：[***]
计算性能（秒）
- 10个输入：
40.78 - 100个输入：
96.18 - ***个输入：
-1（未提供）
使用方法
前提条件
需安装https://github.com/ersilia-os/ersilia
操作步骤
1. 获取模型
bash# 从Ersilia模型中心获取模型 ersilia fetch eos1pu1
2. 服务模型
bash# 启动模型服务 ersilia serve eos1pu1
3. 生成示例输入
bash# 生成包含3个示例的输入文件 ersilia example -n 3 -f my_input.csv
4. 运行模型
bash# 使用输入文件运行模型并输出结果 ersilia run -i my_input.csv -o my_output.csv
5. 关闭服务
bash# 关闭模型服务 ersilia close
引用与许可证
引用
- 源代码：https://github.com/srijitseal/DICTrank
- 出版物：[***]
- 出版物类型：
Peer reviewed（同行评审） - 出版年份：
2024 - Ersilia贡献者：https://github.com/kurysauce
许可证
本包采用https://github.com/ersilia-os/ersilia/blob/master/LICENSE%E8%AE%B8%E5%8F%AF%E8%AF%81%E3%80%82%E5%8C%85%E4%B8%AD%E5%8C%85%E5%90%AB%E7%9A%84%E6%A8%A1%E5%9E%8B%E9%87%87%E7%94%A8None%E8%AE%B8%E5%8F%AF%E8%AF%81%E3%80%82
注意：Ersilia按"原样"提供模型访问，直接来自原作者。如果在研究中使用该模型，请参考原始代码库和/或出版物。
关于Ersilia
Ersilia开源计划是一个科技非营利组织，致力于推动全球南方的可持续研究。
如果发现此模型有用，请https://github.com/ersilia-os/ersilia/blob/master/CITATION.cffErsilia%E6%A8%A1%E5%9E%8B%E4%B8%AD%E5%BF%83%E3%80%82%E8%BF%90%E8%A1%8C%E6%A8%A1%E5%9E%8B%E6%97%B6%E9%81%87%E5%88%B0%E4%BB%BB%E4%BD%95%E9%97%AE%E9%A2%98%EF%BC%8C%E8%AF%B7https://github.com/ersilia-os/ersilia/issues%E3%80%82
如果您想为我们的使命做出贡献，考虑***给Ersilia！
镜像拉取方式
您可以使用以下命令拉取该镜像。请将 <标签> 替换为具体的标签版本。如需查看所有可用标签版本，请访问 标签列表页面。
DockerHub 原生拉取命令
docker pull ersiliaos/eos1pu1:<标签>
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