ersiliaos/eos1vms

基于ChEMBL数据的多目标预测

镜像概述和主要用途

该镜像是ChEMBL团队开发的基于配体的目标预测模型，通过小分子与蛋白质目标对训练构建多任务预测器。模型根据蛋白质家族设定活性阈值（激酶：≤30nM，GPCR：≤100nM，核受体：≤100nM，离子通道：≤10μM，非IDG家族目标：≤1μM）。提供基于ChEMBL_28训练的版本，准确率达85%。模型于2021-05-07整合，最后打包时间为2026-03-09。

核心功能和特性

• 多任务预测：可同时预测化合物与616个蛋白质的结合概率
• 家族特异性阈值：针对不同蛋白质家族设定差异化活性阈值
• 高预测准确率：基于ChEMBL_28训练，整体准确率达85%
• 标准化输出：提供固定维度（616）的概率输出，便于下游分析

使用场景和适用范围

• 生物医学领域：适用于各类生物医学研究
• 目标识别：帮助识别化合物潜在作用靶点
• 生物活性谱分析：生成化合物的生物活性特征谱
• 配体特征化：为化合物提供蛋白质结合特征表示

详细信息

标识符

• Ersilia标识符：eos1vms
• 别名：chembl-multitask-descriptor

领域分类

• 任务：Representation（表示）
• 子任务：Featurization（特征化）
• 生物医学领域：Any（任意）
• 目标生物：Any（任意）
• 标签：Bioactivity profile（生物活性谱）、Target identification（目标识别）、ChEMBL

输入信息

• 输入类型：Compound（化合物）
• 输入维度：1

输出信息

• 输出维度：616
• 输出一致性：Fixed（固定）
• 解释：蛋白质（通过ChEMBL ID标识）作为目标的结合概率

输出列示例（共616列，展示10列）：

资源与部署

• 来源：Local（本地）
• 来源类型：External（外部）
• DockerHub：https://hub.docker.com/r/ersiliaos/eos1vms
• Docker架构：AMD64
• S3存储：[***]

资源消耗

• 模型大小：27 Mb
• 环境大小：593 Mb
• 镜像大小：667.16 Mb

计算性能（秒）：

• 10个输入：34.36
• 100个输入：22.79
• ***个输入：100.53

引用信息

• 源代码：https://github.com/chembl/chembl_multitask_model/
• 出版物：[***]
• 出版物类型：Other（其他）
• 出版年份：2019
• Ersilia贡献者：https://github.com/miquelduranfrigola

许可信息

• 该包采用https://github.com/ersilia-os/ersilia/blob/master/LICENSE%E8%AE%B8%E5%8F%AF
• 包中包含的模型采用MIT许可

注意：Ersilia直接从原作者处提供模型访问，使用模型进行研究时请参考原始代码仓库和/或出版物。

使用方法

前提条件

需安装https://github.com/ersilia-os/ersilia

操作步骤

1. 获取模型

bash
# 从Ersilia模型库获取模型
ersilia fetch eos1vms

2. 启动模型服务

bash
# 启动模型服务
ersilia serve eos1vms

3. 生成示例输入文件

bash
# 生成包含3个示例的输入文件
ersilia example -n 3 -f my_input.csv

4. 运行模型预测

bash
# 输入文件为my_input.csv，输出结果保存到my_output.csv
ersilia run -i my_input.csv -o my_output.csv

5. 关闭模型服务

bash
# 关闭模型服务
ersilia close

关于Ersilia

Ersilia开源计划是一个技术非营利组织，致力于推动全球南方的可持续研究。如果您发现该模型有用，请https://github.com/ersilia-os/ersilia/blob/master/CITATION.cffErsilia%E6%A8%A1%E5%9E%8B%E5%BA%93%E3%80%82%E8%BF%90%E8%A1%8C%E8%BF%87%E7%A8%8B%E4%B8%AD%E9%81%87%E5%88%B0%E4%BB%BB%E4%BD%95%E9%97%AE%E9%A2%98%EF%BC%8C%E8%AF%B7https://github.com/ersilia-os/ersilia/issues%E3%80%82%E5%A6%82%E6%9E%9C%E6%82%A8%E6%83%B3%E4%B8%BA%E6%88%91%E4%BB%AC%E7%9A%84%E4%BD%BF%E5%91%BD%E5%81%9A%E5%87%BA%E8%B4%A1%E7%8C%AE%EF%BC%8C%E6%AC%A2%E8%BF%8E%E8%80%83%E8%99%91***%E6%94%AF%E6%8C%81Ersilia%EF%BC%81