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基于SAFE（顺序附着片段嵌入）符号系统的分子支架修饰模型，可通过替换输入化合物的侧链生成最多100个新分子，适用于分子设计优化任务，支持SMILES格式输入输出。
下载次数: 0状态：社区镜像维护者：ersiliaos仓库类型：镜像最近更新：3 个月前
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分子支架修饰模型
本文档介绍一种基于新型符号系统SAFE（顺序附着片段嵌入）的分子生成模型。SAFE将传统SMILES分子字符串重构为无序互联的片段块序列，同时保持与现有SMILES解析器的兼容性，通过在多种约束下实现自回归生成，简化复杂分子设计任务。该模型在11亿个SAFE表示数据集上训练的类GPT2模型，展现出分子设计中灵活且稳健的优化性能。
模型整合日期：2024-02-20，最新打包日期：2026-02-19。
基本信息
标识符
- Ersilia标识符：
eos2401 - 简称：
scaffold-decoration
领域信息
- 任务类型：
Sampling（采样） - 子任务：
Generation（生成） - 生物医学领域：
Any（通用） - 目标生物：
Any（通用） - 标签：
Compound generation（化合物生成）
输入信息
- 输入类型：
Compound（化合物） - 输入维度：
1（单个化合物）
输出信息
- 输出维度：
100（最多生成100个新分子） - 输出一致性：
Variable（可变） - 结果解释：模型通过替换输入分子支架的侧链，生成最多100个新分子
以下是模型的输出列说明：
| 名称 | 类型 | 方向 | 描述 |
|---|---|---|---|
| smiles_000 | string | 使用SAFE支架修饰算法生成的第0个分子 | |
| smiles_001 | string | 使用SAFE支架修饰算法生成的第1个分子 | |
| smiles_002 | string | 使用SAFE支架修饰算法生成的第2个分子 | |
| smiles_003 | string | 使用SAFE支架修饰算法生成的第3个分子 | |
| smiles_004 | string | 使用SAFE支架修饰算法生成的第4个分子 | |
| smiles_005 | string | 使用SAFE支架修饰算法生成的第5个分子 | |
| smiles_006 | string | 使用SAFE支架修饰算法生成的第6个分子 | |
| smiles_007 | string | 使用SAFE支架修饰算法生成的第7个分子 | |
| smiles_008 | string | 使用SAFE支架修饰算法生成的第8个分子 | |
| smiles_009 | string | 使用SAFE支架修饰算法生成的第9个分子 |
显示100列中的前10列
来源与部署
- 来源：
Local（本地） - 来源类型：
External（外部） - DockerHub：https://hub.docker.com/r/ersiliaos/eos2401
- Docker架构：
AMD64、ARM64 - S3存储：[***]
资源消耗
- 模型大小（Mb）：
4 - 环境大小（Mb）：
2107 - 镜像大小（Mb）：
612.85
计算性能（秒）：
- 10个输入：
46.97 - 100个输入：
-1（未提供） - ***个输入：
-1（未提供）
参考资料
- 源代码：https://github.com/datamol-io/safe/tree/main
- 论文：[***]
- 论文类型：
Preprint（预印本） - 发表年份：
2023 - Ersilia贡献者：https://github.com/Inyrkz
许可证
本包采用https://github.com/ersilia-os/ersilia/blob/master/LICENSE%E8%AE%B8%E5%8F%AF%E8%AF%81%E3%80%82%E5%8C%85%E4%B8%AD%E5%8C%85%E5%90%AB%E7%9A%84%E6%A8%A1%E5%9E%8B%E9%87%87%E7%94%A8Apache-2.0%E8%AE%B8%E5%8F%AF%E8%AF%81%E3%80%82
注意：Ersilia直接从原作者处提供模型，按原样授予访问权限。如在研究中使用该模型，请参考原始代码仓库和/或论文。
使用方法
要在本地使用此模型，需先安装https://github.com/ersilia-os/ersilia%E3%80%82
获取模型
通过以下命令从Ersilia模型 hub 获取模型：
bash# 从Ersilia模型 hub 获取模型 ersilia fetch eos2401
服务与运行
获取模型后，可按以下步骤启动服务、运行模型并关闭服务：
bash# 启动模型服务 ersilia serve eos2401 # 生成示例输入文件（含3个示例化合物） ersilia example -n 3 -f my_input.csv # 运行模型（输入文件为my_input.csv，输出文件为my_output.csv） ersilia run -i my_input.csv -o my_output.csv # 关闭模型服务 ersilia close
关于Ersilia
Ersilia开源计划是一家科技非营利组织，致力于推动全球南方的可持续研究。
如果发现此模型对您的研究有用，请https://github.com/ersilia-os/ersilia/blob/master/CITATION.cffErsilia%E6%A8%A1%E5%9E%8B hub。如在运行过程中遇到任何问题，请随时https://github.com/ersilia-os/ersilia/issues%E3%80%82
若您想为我们的使命做出贡献，欢迎考虑***支持Ersilia！
镜像拉取方式
您可以使用以下命令拉取该镜像。请将 <标签> 替换为具体的标签版本。如需查看所有可用标签版本，请访问 标签列表页面。
DockerHub 原生拉取命令
docker pull ersiliaos/eos2401:<标签>
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