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ersiliaos/eos2gw4
ersiliaos
生物活性感知的小分子化学嵌入模型，通过迁移学习生成1024个特征的嵌入向量，融合物理化学与生物活性信息，训练数据来自FS-Mol和ChEMBL数据集，使用Grover、Mordred和ECFP描述符。
下载次数: 0状态：社区镜像维护者：ersiliaos仓库类型：镜像最近更新：5 个月前
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Ersilia化合物嵌入
用于小分子的生物活性感知化学嵌入。通过迁移学习，我们构建了一个快速网络，可生成包含1024个特征的嵌入向量，浓缩了物理化学和生物活性信息。该网络使用FS-Mol和ChEMBL数据集以及Grover、Mordred和ECFP描述符进行训练。
本模型于2023年4月13日整合，最后打包于2025年12月24日。
信息
标识符
- Ersilia标识符：
eos2gw4 - 简称：
ersilia-compound-embedding
领域
- 任务：
Representation（表征） - 子任务：
Featurization（特征化） - 生物医学领域：
Any（任意） - 目标生物：
Any（任意） - 标签：
Descriptor（描述符）、Embedding（嵌入）
输入
- 输入类型：
Compound（化合物） - 输入维度：
1
输出
- 输出维度：
1024 - 输出一致性：
Fixed（固定） - 解释： 包含1024个特征的化合物嵌入向量
以下是模型的输出列：
| 名称 | 类型 | 方向 | 描述 |
|---|---|---|---|
| dim_0000 | float | Ersilia化合物嵌入的特征0 | |
| dim_0001 | float | Ersilia化合物嵌入的特征1 | |
| dim_0002 | float | Ersilia化合物嵌入的特征2 | |
| dim_0003 | float | Ersilia化合物嵌入的特征3 | |
| dim_0004 | float | Ersilia化合物嵌入的特征4 | |
| dim_0005 | float | Ersilia化合物嵌入的特征5 | |
| dim_0006 | float | Ersilia化合物嵌入的特征6 | |
| dim_0007 | float | Ersilia化合物嵌入的特征7 | |
| dim_0008 | float | Ersilia化合物嵌入的特征8 | |
| dim_0009 | float | Ersilia化合物嵌入的特征9 |
显示1024列中的10列
来源与部署
- 来源：
Local（本地） - 来源类型：
Internal（内部） - DockerHub：https://hub.docker.com/r/ersiliaos/eos2gw4
- Docker架构：
AMD64、ARM64 - S3存储：[***]
资源消耗
- 模型大小（Mb）：
1 - 环境大小（Mb）：
611 - 镜像大小（Mb）：
651
计算性能（秒）：
- 10个输入：
28.06 - 100个输入：
18.03 - ***个输入：
59.47
参考文献
- 源代码：https://github.com/ersilia-os/compound-embedding
- 出版物：[***]
- 出版物类型：
Peer reviewed（同行评审） - 出版年份：
2023 - Ersilia贡献者： https://github.com/GemmaTuron
许可
本包采用https://github.com/ersilia-os/ersilia/blob/master/LICENSE%E8%AE%B8%E5%8F%AF%E3%80%82%E5%8C%85%E4%B8%AD%E5%8C%85%E5%90%AB%E7%9A%84%E6%A8%A1%E5%9E%8B%E9%87%87%E7%94%A8GPL-3.0-or-later%E8%AE%B8%E5%8F%AF%E3%80%82
注意：Ersilia按原样提供模型访问，直接来自原作者。如果在研究中使用该模型，请参考原始代码仓库和/或出版物。
使用方法
要在本地使用此模型，需安装https://github.com/ersilia-os/ersilia%E3%80%82
可通过以下命令获取模型：
bash# 从Ersilia模型中心获取模型 ersilia fetch eos2gw4
然后，可按以下步骤启动、运行和关闭模型：
bash# 启动模型 ersilia serve eos2gw4 # 生成示例文件 ersilia example -n 3 -f my_input.csv # 运行模型 ersilia run -i my_input.csv -o my_output.csv # 关闭模型 ersilia close
关于Ersilia
Ersilia开源计划是一家科技非营利组织，致力于推动全球南方的可持续研究。
如果发现此模型有用，请https://github.com/ersilia-os/ersilia/blob/master/CITATION.cffErsilia%E6%A8%A1%E5%9E%8B%E4%B8%AD%E5%BF%83%E3%80%82%E5%A6%82%E5%9C%A8%E8%BF%90%E8%A1%8C%E8%BF%87%E7%A8%8B%E4%B8%AD%E9%81%87%E5%88%B0%E4%BB%BB%E4%BD%95%E9%97%AE%E9%A2%98%EF%BC%8C%E8%AF%B7%E9%9A%8F%E6%97%B6https://github.com/ersilia-os/ersilia/issues%E3%80%82
如果您想为我们的使命做出贡献，欢迎考虑***给Ersilia！
镜像拉取方式
您可以使用以下命令拉取该镜像。请将 <标签> 替换为具体的标签版本。如需查看所有可用标签版本，请访问 标签列表页面。
DockerHub 原生拉取命令
docker pull ersiliaos/eos2gw4:<标签>
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