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ersiliaos/eos2l0q

ersiliaos

用于预测小分子对抗曼氏血吸虫的活性,基于多个药物库(如Cancer Drug Library、FDA Library等)的体外筛选数据开发,使用LazyQSAR建模,AUROCS范围0.7-0.89,可输出新转化血吸虫和成虫在不同浓度下的抑制率及IC50活性概率。

下载次数: 0状态:社区镜像维护者:ersiliaos仓库类型:镜像最近更新:6 个月前
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抗血吸虫活性预测模型

镜像概述和主要用途

该模型用于预测小分子对抗曼氏血吸虫(Schistosoma Mansoni)的活性。由Ersilia基于瑞士热带与公共卫生研究所(Swiss TPH)提供的数据开发,数据来源于多个药物库的体外筛选,包括Cancer Drug Library(Cowan et al, 2015)、FDA Library(Panic et al, 2015)、Pandemic Response Box(Biendl et al, 2021)、Pathogen Box(Pasche et al, 2019)和Malaria Box(Ingram-Sieber, 2014)。模型测量了小分子对新转化血吸虫(nts)和成虫的体外活性(分别为抑制率%和IC50,根据文献二值化为活性/非活性),通过LazyQSAR进行数据聚合和建模,AUROCS范围为0.7-0.89。模型于2023-08-24纳入,最后打包时间为2025-11-25。

核心功能和特性

标识符

  • Ersilia标识符:eos2l0q
  • Slug:schisto-swisstph

领域

  • 任务:Annotation(注释)
  • 子任务:Activity prediction(活性预测)
  • 生物医学领域:Schistosomiasis(血吸虫病)
  • 目标生物:Schistosoma mansoni(曼氏血吸虫)
  • 标签:Neglected tropical disease(被忽视热带病)、Schistosomiasis(血吸虫病)、IC50

输入

  • 输入类型:Compound(化合物)
  • 输入维度:1

输出

  • 输出维度:6
  • 输出一致性:Fixed(固定)
  • 解释:分子在33μM和10μM单点抑制、聚合检测及IC50检测中对曼氏血吸虫的活性概率

输出列说明

名称类型方向描述
nts_perc_10floathigh基于单点(10μM药物浓度)抑制率的曼氏血吸虫新转化血吸虫(NTS)抑制概率
nts_percfloathigh基于单点(10μM和33μM聚合)抑制率的曼氏血吸虫NTS抑制概率
nts_ic50floathigh基于IC50检测的曼氏血吸虫NTS抑制概率
adult_perc_33floathigh基于单点(33μM药物浓度)抑制率的曼氏血吸虫成虫抑制概率
adult_percfloathigh基于单点(10μM和33μM聚合)抑制率的曼氏血吸虫成虫抑制概率
adult_ic50floathigh基于IC50检测的曼氏血吸虫成虫抑制概率

来源和部署

  • 来源:Local(本地)
  • 来源类型:Internal(内部)
  • DockerHub:https://hub.docker.com/r/ersiliaos/eos2l0q
  • Docker架构:AMD64、ARM64
  • S3存储:[***]

资源消耗

  • 模型大小(Mb):18
  • 环境大小(Mb):7610
  • 镜像大小(Mb):7525.11

计算性能(秒)

  • 10个输入:43.72
  • 100个输入:77.93
  • ***个输入:1267.34

引用

  • 源代码:https://github.com/ersilia-os/lazy-qsar
  • 出版物:[***]
  • 出版物类型:Other(其他)
  • 出版年份:2023
  • Ersilia贡献者:https://github.com/GemmaTuron

许可

本包采用https://github.com/ersilia-os/ersilia/blob/master/LICENSE%E8%AE%B8%E5%8F%AF%E8%AF%81%E3%80%82%E5%8C%85%E4%B8%AD%E5%8C%85%E5%90%AB%E7%9A%84%E6%A8%A1%E5%9E%8B%E9%87%87%E7%94%A8GPL-3.0-or-later%E8%AE%B8%E5%8F%AF%E8%AF%81%E3%80%82

注意:Ersilia直接从原作者处提供模型访问,若在研究中使用该模型,请参考原始代码仓库和/或出版物。

使用场景和适用范围

适用于抗血吸虫病药物研发中的小分子活性筛选,可辅助早期药物发现,评估化合物对曼氏血吸虫新转化虫体和成虫的抑制潜力,尤其适用于被忽视热带病研究领域。

使用方法和配置说明

前提条件

需安装https://github.com/ersilia-os/ersilia%E3%80%82

模型获取与运行

获取模型

bash
# 从Ersilia模型 hub 获取模型
ersilia fetch eos2l0q

服务启动与运行

bash
# 启动模型服务
ersilia serve eos2l0q

# 生成示例输入文件(3个化合物)
ersilia example -n 3 -f my_input.csv

# 运行模型预测
ersilia run -i my_input.csv -o my_output.csv

# 关闭模型服务
ersilia close

关于Ersilia

Ersilia开源计划是一家技术非营利组织,致力于推动全球南方的可持续研究。若发现该模型有用,请https://github.com/ersilia-os/ersilia/blob/master/CITATION.cffErsilia%E6%A8%A1%E5%9E%8B hub。运行中遇到任何问题,请https://github.com/ersilia-os/ersilia/issues%E3%80%82%E8%8B%A5%E5%B8%8C%E6%9C%9B%E6%94%AF%E6%8C%81%E6%88%91%E4%BB%AC%E7%9A%84%E4%BD%BF%E5%91%BD%EF%BC%8C%E6%AC%A2%E8%BF%8E***%E7%BB%99Ersilia%EF%BC%81

镜像拉取方式

您可以使用以下命令拉取该镜像。请将 <标签> 替换为具体的标签版本。如需查看所有可用标签版本,请访问 标签列表页面。

轩辕镜像加速拉取命令点我查看更多 eos2l0q 镜像标签

docker pull docker.xuanyuan.run/ersiliaos/eos2l0q:<标签>

使用方法:

  • 登录认证方式
  • 免认证方式

DockerHub 原生拉取命令

docker pull ersiliaos/eos2l0q:<标签>

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