ersiliaos/eos2ta5
ersiliaos
这是一个基于5个深度学习模型集成的hERG通道阻断预测器，用于预测化合物抑制hERG的概率（IC50<10uM），助力药物研发中的心脏毒性评估。
下载次数: 0状态：社区镜像维护者：ersiliaos仓库类型：镜像最近更新：8 个月前
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基于配体的hERG阻断预测
这是一个基于5个深度学习模型集成的稳健hERG通道阻断预测器。作者从BindingDB和ChEMBL等公共来源收集了hERG阻断剂和非阻断剂数据集，分类器的hERG阻断阈值设定为IC50 < 10 uM。该模型于2021年10月18日纳入Ersilia模型库，最后打包时间为2025年10月13日。
信息
标识符
- Ersilia标识符:
eos2ta5 - 别名:
cardiotoxnet-herg
领域
- 任务: 注释
- 子任务: 属性计算或预测
- 生物医学领域: ADMET（吸收、分布、代谢、排泄和毒性）
- 目标生物: 智人（Homo sapiens）
- 标签: hERG、毒性、心脏毒性
输入
- 输入类型: 化合物
- 输入维度: 1
输出
- 输出维度: 1
- 输出一致性: 固定
- 解释: 化合物抑制hERG的概率（IC50 < 10 uM）
以下是模型的输出列：
| 名称 | 类型 | 方向 | 描述 |
|---|---|---|---|
| herg_inhibition | 浮点数 | high | 抑制hERG的概率 |
来源与部署
- 来源: 本地
- 来源类型: 外部
- DockerHub: https://hub.docker.com/r/ersiliaos/eos2ta5
- Docker架构: AMD64
- S3存储: [***]
资源消耗
- 模型大小: 415 Mb
- 环境大小: 1563 Mb
- 镜像大小: 2242.14 Mb
计算性能（秒）:
- 10个输入: 32.31
- 100个输入: 212.12
- ***个输入: -1（未测试）
参考文献
- 源代码: https://github.com/Abdulk084/CardioTox
- 出版物: [***]
- 类型: 同行评审
- 年份: 2021
- 贡献者: https://github.com/miquelduranfrigola
许可证
本包采用https://github.com/ersilia-os/ersilia/blob/master/LICENSE%E8%AE%B8%E5%8F%AF%E8%AF%81%EF%BC%8C%E5%8C%85%E5%86%85%E6%A8%A1%E5%9E%8B%E6%97%A0%E6%98%8E%E7%A1%AE%E8%AE%B8%E5%8F%AF%E8%AF%81%EF%BC%88%E8%AF%A6%E8%A7%81LICENSE%EF%BC%89%E3%80%82%E6%B3%A8%E6%84%8F%EF%BC%9AErsilia%E7%9B%B4%E6%8E%A5%E6%8F%90%E4%BE%9B%E5%8E%9F%E4%BD%9C%E8%80%85%E6%A8%A1%E5%9E%8B%E8%AE%BF%E9%97%AE%EF%BC%8C%E4%BD%BF%E7%94%A8%E6%97%B6%E8%AF%B7%E5%8F%82%E8%80%83%E5%8E%9F%E5%A7%8B%E4%BB%93%E5%BA%93%E6%88%96%E5%87%BA%E7%89%88%E7%89%A9%E3%80%82
使用方法
需先安装https://github.com/ersilia-os/ersilia%E3%80%82
获取模型
bashersilia fetch eos2ta5
服务与运行
bash# 启动服务 ersilia serve eos2ta5 # 生成3个示例输入文件 ersilia example -n 3 -f my_input.csv # 运行模型 ersilia run -i my_input.csv -o my_output.csv # 关闭服务 ersilia close
关于Ersilia
Ersilia开源计划是技术非营利组织，支持全球南方可持续研究。使用模型请https://github.com/ersilia-os/ersilia/blob/master/CITATION.cff%EF%BC%8C%E9%81%87%E9%97%AE%E9%A2%98%E8%AF%B7https://github.com/ersilia-os/ersilia/issues%EF%BC%8C%E6%AC%A2%E8%BF%8E***%E4%BD%BF%E5%91%BD%E3%80%82
镜像拉取方式
您可以使用以下命令拉取该镜像。请将 <标签> 替换为具体的标签版本。如需查看所有可用标签版本，请访问 标签列表页面。
DockerHub 原生拉取命令
docker pull ersiliaos/eos2ta5:<标签>
镜像拉取常见问题
功能
错误码
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oldzhang
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