ersiliaos/eos2xeq
ersiliaos
这是Ersilia模型库中的eos2xeq镜像，基于已知抗生素相似性及特定基序检测筛选化合物，助力抗菌药物研发，支持化合物注释与性质预测。
下载次数: 0状态：社区镜像维护者：ersiliaos仓库类型：镜像最近更新：3 个月前
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基于已知抗生素相似性的抗生素筛选标准
在抗生素发现的预测与生成研究中，需对化合物进行后过滤以确保分子新颖性和合成可及性。本模型基于与500余种已知抗生素的相似性（0.5 Tanimoto cutoff）及特定抗生素基序检测，对化合物进行筛选，未包含原研究中的活性、细胞毒性等额外筛选条件。模型于2025年9月17日纳入，最后打包于2026年3月26日。
信息
标识符
- Ersilia标识符：
eos2xeq - 别名：
antibiotics-downselection
领域
- 任务： 注释
- 子任务： 性质计算或预测
- 生物医学领域： 抗微生物耐药性
- 目标生物： 金黄色葡萄球菌、淋病奈瑟菌
- 标签： 抗菌活性
输入
- 类型： 化合物
- 维度： 1
输出
- 维度： 7
- 一致性： 固定
- 解释： 返回与已知抗生素的相似性及特定基序存在情况，输出列如下：
| 名称 | 类型 | 方向 | 描述 |
|---|---|---|---|
| has_pains | 整数 | high | 分子存在PAINS警报匹配 |
| has_brenk | 整数 | high | 分子存在Brenk过滤器警报匹配 |
| is_sim_known_ab | 整数 | high | 分子与已知抗生素的Tanimoto相似性≥0.5 |
| nitrofuran_motif | 整数 | high | 存在硝基呋喃基序 |
| fluoroquinolone_motif | 整数 | high | 存在氟喹诺酮基序 |
| carbepenem_motif | 整数 | high | 存在碳青霉烯基序 |
| betalactam_motif | 整数 | high | 存在β-内酰胺基序 |
来源与部署
- 来源： 本地（外部）
- DockerHub： https://hub.docker.com/r/ersiliaos/eos2xeq
- 架构： AMD64
- S3存储： https://ersilia-models-zipped.s3.eu-central-1.amazonaws.com/eos2xeq.zip
资源消耗
- 模型大小： 1Mb
- 环境大小： 535Mb
- 镜像大小： 501.08Mb
- 计算性能： 10输入/31.75秒、100输入/34.12秒、***输入/265.45秒
参考资料
- 源代码： https://github.com/aartikrish/de-novo-antibiotics/
- 出版物： [***]
- 许可证： 包（GPL-3.0）、模型（MIT）
使用方法
需安装Ersilia CLI，操作步骤如下：
bash# 获取模型 ersilia fetch eos2xeq # 服务模型 ersilia serve eos2xeq # 生成示例文件 ersilia example -n 3 -f my_input.csv # 运行模型 ersilia run -i my_input.csv -o my_output.csv # 关闭模型 ersilia close
关于Ersilia
Ersilia开源计划是技术非营利组织，支持全球南方可持续研究。使用模型请引用Ersilia库，遇问题可反馈至GitHub，欢迎***。 ===FULL_DESC===
镜像拉取方式
您可以使用以下命令拉取该镜像。请将 <标签> 替换为具体的标签版本。如需查看所有可用标签版本，请访问 标签列表页面。
DockerHub 原生拉取命令
docker pull ersiliaos/eos2xeq:<标签>
镜像拉取常见问题
功能
错误码
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