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ersiliaos/eos3ae6
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WHALES（加权整体原子定位与实体形状）是基于3D结构的分子描述符，用于天然产物特征化，支持从天然产物到合成化合物的骨架跃迁练习，Ersilia模型标识符为eos3ae6。
下载次数: 0状态：社区镜像维护者：ersiliaos仓库类型：镜像最近更新：1 个月前
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WHALES分子描述符：用于骨架跃迁的整体分子特征化
加权整体原子定位与实体形状（WHALES）是一种基于3D结构的描述符，旨在促进天然产物的特征化，主要用于从天然产物到合成化合物的骨架跃迁研究。该模型于2021年7月15日纳入Ersilia模型库，最新打包时间为2026年4月22日。
镜像信息
标识符
- Ersilia标识符：
eos3ae6 - 别名：
whales-descriptor
领域分类
- 任务：
表征（Representation） - 子任务：
特征化（Featurization） - 生物医学领域：
通用（Any） - 目标生物：
通用（Any） - 标签：
天然产物、描述符
输入信息
- 输入类型：
化合物（Compound） - 输入维度：
1
输出信息
- 输出维度：
33 - 输出一致性：
固定（Fixed） - 解释：分子的向量表示
以下是模型的输出列（显示33列中的10列）：
| 名称 | 类型 | 方向 | 描述 |
|---|---|---|---|
| r_00 | float | WHALES描述符 remoteness (R) 0 | |
| r_01 | float | WHALES描述符 remoteness (R) 1 | |
| r_02 | float | WHALES描述符 remoteness (R) 2 | |
| r_03 | float | WHALES描述符 remoteness (R) 3 | |
| r_04 | float | WHALES描述符 remoteness (R) 4 | |
| r_05 | float | WHALES描述符 remoteness (R) 5 | |
| r_06 | float | WHALES描述符 remoteness (R) 6 | |
| r_07 | float | WHALES描述符 remoteness (R) 7 | |
| r_08 | float | WHALES描述符 remoteness (R) 8 | |
| r_09 | float | WHALES描述符 remoteness (R) 9 |
来源与部署
- 来源：
本地（Local） - 来源类型：
外部（External） - DockerHub：https://hub.docker.com/r/ersiliaos/eos3ae6
- Docker架构：
AMD64、ARM64 - S3存储：[***]
资源消耗
- 模型大小（Mb）：
1 - 环境大小（Mb）：
510 - 镜像大小（Mb）：
551.52
计算性能（秒）：
- 10个输入：
35.34 - 100个输入：
55.03 - ***个输入：
1420.36
参考资料
- 源代码：https://github.com/ETHmodlab/scaffold_hopping_whales
- 论文：[***]
- 论文类型：
同行评审（Peer reviewed） - 发表年份：
2018 - Ersilia贡献者：https://github.com/miquelduranfrigola
许可证
本包采用https://github.com/ersilia-os/ersilia/blob/master/LICENSE%E8%AE%B8%E5%8F%AF%E8%AF%81%E3%80%82%E5%8C%85%E4%B8%AD%E5%8C%85%E5%90%AB%E7%9A%84%E6%A8%A1%E5%9E%8B%E9%87%87%E7%94%A8MIT%E8%AE%B8%E5%8F%AF%E8%AF%81%E3%80%82
注意：Ersilia直接从原作者处提供模型“按原样”访问，若在研究中使用该模型，请参考原始代码仓库和/或论文。
使用方法
要在本地使用此模型，需先安装https://github.com/ersilia-os/ersilia%E3%80%82
模型获取
通过以下命令从Ersilia模型库获取模型：
bash# 从Ersilia模型库获取模型 ersilia fetch eos3ae6
模型服务与运行
获取模型后，可按以下步骤启动服务、运行模型并关闭服务：
bash# 启动模型服务 ersilia serve eos3ae6 # 生成示例输入文件（含3个化合物） ersilia example -n 3 -f my_input.csv # 运行模型（输入文件为my_input.csv，输出文件为my_output.csv） ersilia run -i my_input.csv -o my_output.csv # 关闭模型服务 ersilia close
关于Ersilia
Ersilia开源计划是一家技术非营利组织，致力于推动全球南方的可持续研究。
如果发现此模型有用，请https://github.com/ersilia-os/ersilia/blob/master/CITATION.cffErsilia%E6%A8%A1%E5%9E%8B%E5%BA%93%E3%80%82%E8%BF%90%E8%A1%8C%E8%BF%87%E7%A8%8B%E4%B8%AD%E8%8B%A5%E9%81%87%E5%88%B0%E4%BB%BB%E4%BD%95%E9%97%AE%E9%A2%98%EF%BC%8C%E8%AF%B7https://github.com/ersilia-os/ersilia/issues%E3%80%82
若希望为我们的使命做出贡献，欢迎考虑***支持Ersilia！
镜像拉取方式
您可以使用以下命令拉取该镜像。请将 <标签> 替换为具体的标签版本。如需查看所有可用标签版本，请访问 标签列表页面。
DockerHub 原生拉取命令
docker pull ersiliaos/eos3ae6:<标签>
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