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ersiliaos/eos3l5f
ersiliaos
CLAMP是基于ChEMBL数据训练的分子嵌入模型，通过对比学习结合大规模生物活性数据集，学习具有生物活性感知的化学表示，输出768维分子嵌入特征，适用于分子表征与特征化任务。
下载次数: 0状态：社区镜像维护者：ersiliaos仓库类型：镜像最近更新：3 个月前
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CLAMP 对比分子预训练嵌入
CLAMP是在分子-测定对（使用测定描述作为文本）上训练的模型，当前模型返回基于ChEMBL数据训练的CLAMP嵌入。该模型采用对比学习方法，结合大规模生物活性数据集学习化学表示。模型于2025年8月26日纳入，最后打包日期为2026年2月24日。
基本信息
标识符
- Ersilia标识符：
eos3l5f - 简称：
clamp
领域信息
- 任务：
Representation（表征） - 子任务：
Featurization（特征化） - 生物医学领域：
Any（通用） - 目标生物：
Any（通用） - 标签：
Embedding（嵌入）
输入信息
- 输入类型：
Compound（化合物） - 输入维度：
1
输出信息
- 输出维度：
768 - 输出一致性：
Fixed（固定） - 解释：分子的CLAMP嵌入
以下是模型的输出列：
| 名称 | 类型 | 方向 | 描述 |
|---|---|---|---|
| feat_000 | float | 输入分子的CLAMP特征0 | |
| feat_001 | float | 输入分子的CLAMP特征1 | |
| feat_002 | float | 输入分子的CLAMP特征2 | |
| feat_003 | float | 输入分子的CLAMP特征3 | |
| feat_004 | float | 输入分子的CLAMP特征4 | |
| feat_005 | float | 输入分子的CLAMP特征5 | |
| feat_006 | float | 输入分子的CLAMP特征6 | |
| feat_007 | float | 输入分子的CLAMP特征7 | |
| feat_008 | float | 输入分子的CLAMP特征8 | |
| feat_009 | float | 输入分子的CLAMP特征9 |
显示768列中的10列
来源与部署
- 来源：
Local（本地） - 来源类型：
External（外部） - DockerHub：https://hub.docker.com/r/ersiliaos/eos3l5f
- Docker架构：
AMD64、ARM64 - S3存储：[***]
资源消耗
- 模型大小（Mb）：
167 - 环境大小（Mb）：
682 - 镜像大小（Mb）：
1173.58
计算性能（秒）：
- 10个输入：
37.68 - 100个输入：
22.92 - ***个输入：
78.22
参考资料
- 源代码：https://github.com/ml-jku/clamp
- 出版物：[***]
- 出版物类型：
Preprint（预印本） - 出版年份：
2025 - Ersilia贡献者：https://github.com/miquelduranfrigola
许可证
本包采用https://github.com/ersilia-os/ersilia/blob/master/LICENSE%E8%AE%B8%E5%8F%AF%E8%AF%81%E3%80%82%E5%8C%85%E4%B8%AD%E5%8C%85%E5%90%AB%E7%9A%84%E6%A8%A1%E5%9E%8B%E9%87%87%E7%94%A8GPL-3.0-or-later%E8%AE%B8%E5%8F%AF%E8%AF%81%E3%80%82
注意：Ersilia直接从原作者处提供模型，仅供参考使用。如在研究中使用该模型，请参考原始代码仓库和/或出版物。
使用方法
要在本地使用此模型，需安装https://github.com/ersilia-os/ersilia%E3%80%82
获取模型
通过以下命令从Ersilia模型 hub 获取模型：
bash# 从Ersilia模型hub获取模型 ersilia fetch eos3l5f
服务与运行
获取模型后，可按以下步骤启动服务、运行模型和关闭服务：
bash# 启动模型服务 ersilia serve eos3l5f # 生成示例输入文件（3个样本） ersilia example -n 3 -f my_input.csv # 运行模型（输入为my_input.csv，输出为my_output.csv） ersilia run -i my_input.csv -o my_output.csv # 关闭模型服务 ersilia close
关于Ersilia
Ersilia开源计划是一家科技非营利组织，致力于推动全球南方的可持续研究。
如果您发现此模型有用，请https://github.com/ersilia-os/ersilia/blob/master/CITATION.cffErsilia%E6%A8%A1%E5%9E%8B hub。如在运行过程中遇到任何问题，请https://github.com/ersilia-os/ersilia/issues%E3%80%82
如果您想为我们的使命做出贡献，欢迎考虑***给Ersilia！
镜像拉取方式
您可以使用以下命令拉取该镜像。请将 <标签> 替换为具体的标签版本。如需查看所有可用标签版本，请访问 标签列表页面。
DockerHub 原生拉取命令
docker pull ersiliaos/eos3l5f:<标签>
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