ersiliaos/eos3wzy
ersiliaos
该镜像提供QupKake模型，结合图神经网络与半经验量子力学特征预测有机分子微pKa值，适用于药物发现、材料科学和环境化学领域。
下载次数: 0状态：社区镜像维护者：ersiliaos仓库类型：镜像最近更新：2 个月前
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预测有机分子的微pKa值
QupKake是一种创新方法，结合图神经网络（GNN）模型与半经验量子力学（QM）特征，用于预测有机分子的微pKa值。QM在识别反应位点和预测微pKa值方面发挥关键作用，精确预测结果对理解和调节有机化合物酸碱性至关重要，在药物发现、材料科学和环境化学领域有重要应用。
该模型于2024年7月17日整合，最后打包于2026年4月24日。
信息
标识符
- Ersilia标识符:
eos3wzy - 别名:
qupkake
领域
- 任务:
注释 - 子任务:
性质计算或预测 - 生物医学领域:
通用 - 目标生物:
通用 - 标签:
pKa
输入
- 输入类型:
化合物 - 输入维度:
1
输出
- 输出维度:
22 - 输出一致性:
固定 - 解释: 输出22维数组，统计具有酸性/碱性pKa值（四舍五入到0-10）的原子数量。
以下是模型的输出列（展示22列中的10列）：
| 名称 | 类型 | 方向 | 描述 |
|---|---|---|---|
| pka_acidic_0 | 整数 | 高 | 预测酸性pKa接近0的原子 |
| pka_acidic_1 | 整数 | 高 | 预测酸性pKa接近1的原子 |
| pka_acidic_2 | 整数 | 高 | 预测酸性pKa接近2的原子 |
| pka_acidic_3 | 整数 | 高 | 预测酸性pKa接近3的原子 |
| pka_acidic_4 | 整数 | 高 | 预测酸性pKa接近4的原子 |
| pka_acidic_5 | 整数 | 高 | 预测酸性pKa接近5的原子 |
| pka_acidic_6 | 整数 | 高 | 预测酸性pKa接近6的原子 |
| pka_acidic_7 | 整数 | 高 | 预测酸性pKa接近7的原子 |
| pka_acidic_8 | 整数 | 高 | 预测酸性pKa接近8的原子 |
| pka_acidic_9 | 整数 | 高 | 预测酸性pKa接近9的原子 |
来源与部署
- 来源:
本地 - 来源类型:
外部 - DockerHub: https://hub.docker.com/r/ersiliaos/eos3wzy
- Docker架构:
AMD64 - S3存储: https://ersilia-models-zipped.s3.eu-central-1.amazonaws.com/eos3wzy.zip
资源消耗
- 模型大小（Mb）:
222 - 环境大小（Mb）:
4696 - 镜像大小（Mb）:
5039.51
计算性能（秒）:
- 10个输入:
48.79 - 100个输入:
1066.19 - ***个输入:
-1（未测试）
参考文献
- 源代码: https://github.com/hutchisonlab/QupKake
- 出版物: https://doi.org/10.1021/acs.jctc.4c00328
- 出版物类型:
同行评审 - 出版年份:
2024 - Ersilia贡献者: https://github.com/LauraGomezjurado
许可证
本包采用https://github.com/ersilia-os/ersilia/blob/master/LICENSE%E8%AE%B8%E5%8F%AF%E8%AF%81%EF%BC%8C%E5%8C%85%E5%86%85%E6%A8%A1%E5%9E%8B%E9%87%87%E7%94%A8BSD-3-Clause%E8%AE%B8%E5%8F%AF%E8%AF%81%E3%80%82
注意: Ersilia提供原作者的"原样"模型访问，使用时请参考原始代码仓库和出版物。
使用方法
需先安装https://github.com/ersilia-os/ersilia%E3%80%82
获取模型
bashersilia fetch eos3wzy
服务与运行
bash# 启动服务 ersilia serve eos3wzy # 生成3个示例输入文件 ersilia example -n 3 -f my_input.csv # 运行模型 ersilia run -i my_input.csv -o my_output.csv # 关闭服务 ersilia close
关于Ersilia
[***]
镜像拉取方式
您可以使用以下命令拉取该镜像。请将 <标签> 替换为具体的标签版本。如需查看所有可用标签版本，请访问 标签列表页面。
DockerHub 原生拉取命令
docker pull ersiliaos/eos3wzy:<标签>
镜像拉取常见问题
功能
错误码
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oldzhang
运维工程师
Linux服务器
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