ersiliaos/eos4cxk
ersiliaos
这是基于ImageMol框架的SARS-CoV-2抗病毒筛选模型，可预测化合物在13种相关检测中的活性概率，助力新冠药物研发相关的生物活性分析。
下载次数: 0状态：社区镜像维护者：ersiliaos仓库类型：镜像最近更新：3 个月前
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SARS-CoV-2抗病毒筛选模型
ImageMol是一个利用分子图像将分子输入编码为机器可读向量的表示学习框架，适用于生物活性预测、药物代谢分析或药物毒性预测等下游任务。该框架采用迁移学习，先在大规模无标签数据集上预训练以优化特征提取能力，再针对特定任务微调。本模型在13种检测（涵盖病毒进入到人体毒性等目标类别）上进行了微调，将这些相互作用转化为二分类任务。模型于2023年1月25日纳入，最后打包时间为2026年3月10日。
信息
标识符
- Ersilia标识符:
eos4cxk - Slug:
image-mol-sars-cov2
领域
- 任务:
注释 - 子任务:
活性预测 - 生物医学领域:
COVID-19 - 目标生物:
SARS-CoV-2 - 标签:
Sars-CoV-2,抗病毒活性,COVID19
输入
- 输入类型:
化合物 - 输入维度:
1
输出
- 输出维度:
13 - 输出一致性:
固定 - 解释: 分子在每个检测中具有活性的概率
以下是模型的输出列：
| 名称 | 类型 | 方向 | 描述 |
|---|---|---|---|
| 3cl | float | high | 抑制3CL蛋白酶的概率 |
| ace2 | float | high | 抑制ACE2酶的概率 |
| alphalisa | float | high | 抑制刺突蛋白-ACE2相互作用的概率 |
| cov2_cpe | float | high | 细胞病变效应的概率 |
| cov2_cytotox | float | high | 作为cov2-cpe对照的细胞毒性概率 |
| cov_ppe | float | high | 抑制CoV1假病毒颗粒进入细胞的概率 |
| cov_ppe_cs | float | high | cov_ppe的对照检测 |
| hek293 | float | high | HEK293细胞中的细胞毒性概率 |
| human | float | high | 人类成纤维细胞中的细胞毒性概率 |
| mers_ppe | float | high | 抑制MERS假病毒颗粒进入细胞的概率 |
显示13列中的10列
来源与部署
- 来源:
本地 - 来源类型:
外部 - DockerHub: https://hub.docker.com/r/ersiliaos/eos4cxk
- Docker架构:
AMD64 - S3存储: https://ersilia-models-zipped.s3.eu-central-1.amazonaws.com/eos4cxk.zip
资源消耗
- 模型大小（Mb）:
556 - 环境大小（Mb）:
8386 - 镜像大小（Mb）:
10014.36
计算性能（秒）:
- 10个输入:
31.93 - 100个输入:
58.14 - ***个输入:
-1
参考文献
- 源代码: https://github.com/HongxinXiang/ImageMol
- 出版物: https://www.nature.com/articles/s42256-022-00557-6
- 出版物类型:
同行评审 - 出版年份:
2022 - Ersilia贡献者: https://github.com/DhanshreeA
许可证
本包采用https://github.com/ersilia-os/ersilia/blob/master/LICENSE%E8%AE%B8%E5%8F%AF%E8%AF%81%E3%80%82%E5%8C%85%E5%86%85%E6%A8%A1%E5%9E%8B%E9%87%87%E7%94%A8MIT%E8%AE%B8%E5%8F%AF%E8%AF%81%E3%80%82
注意: Ersilia直接从原作者处提供模型访问，若在研究中使用该模型，请参考原始代码仓库和/或出版物。
使用方法
本地使用该模型需安装https://github.com/ersilia-os/ersilia%E3%80%82
获取模型
bash# 从Ersilia模型 hub 获取模型 ersilia fetch eos4cxk
服务与运行
bash# 启动模型服务 ersilia serve eos4cxk # 生成示例文件（3条数据） ersilia example -n 3 -f my_input.csv # 运行模型 ersilia run -i my_input.csv -o my_output.csv # 关闭模型服务 ersilia close
关于Ersilia
[***]
镜像拉取方式
您可以使用以下命令拉取该镜像。请将 <标签> 替换为具体的标签版本。如需查看所有可用标签版本，请访问 标签列表页面。
DockerHub 原生拉取命令
docker pull ersiliaos/eos4cxk:<标签>
镜像拉取常见问题
功能
错误码
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