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FasmiFra是基于(deep)SMILES片段的分子生成器，通过Deep SMILES确保生成分子语法有效，性能超过340,000分子/秒，基于ChEMBL的100k化合物采样片段，仅保留包含输入分子片段的组装分子。
下载次数: 0状态：社区镜像维护者：ersiliaos仓库类型：镜像最近更新：4 个月前
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FasmiFra分子生成器
FasmiFra是基于(deep)SMILES片段的分子生成器。作者使用Deep SMILES确保生成的分子在语法上有效，通过字符串操作实现高性能（>340,000分子/秒）。在此，我们使用来自ChEMBL的100k化合物来采样片段。仅保留包含输入分子中一个片段的组装分子。
该模型于2023年8月1日整合。
信息
标识符
- Ersilia标识符：
eos4qda - 别名：
fasmifra
领域
- 任务：
采样 - 子任务：
生成 - 生物医学领域：
任意 - 目标生物：
不适用 - 标签：
化合物生成
输入
- 输入类型：
化合物 - 输入维度：
1
输出
- 输出维度：
1000 - 输出一致性：
可变 - 解释： 每个输入生成1000个分子
以下是模型的输出列：
| 名称 | 类型 | 方向 | 描述 |
|---|---|---|---|
| cpd_00 | string | 使用FASMIFRA生成的分子索引0 | |
| cpd_01 | string | 使用FASMIFRA生成的分子索引1 | |
| cpd_02 | string | 使用FASMIFRA生成的分子索引2 | |
| cpd_03 | string | 使用FASMIFRA生成的分子索引3 | |
| cpd_04 | string | 使用FASMIFRA生成的分子索引4 | |
| cpd_05 | string | 使用FASMIFRA生成的分子索引5 | |
| cpd_06 | string | 使用FASMIFRA生成的分子索引6 | |
| cpd_07 | string | 使用FASMIFRA生成的分子索引7 | |
| cpd_08 | string | 使用FASMIFRA生成的分子索引8 | |
| cpd_09 | string | 使用FASMIFRA生成的分子索引9 |
显示100列中的10列
来源与部署
- 来源：
本地 - 来源类型：
外部 - DockerHub：https://hub.docker.com/r/ersiliaos/eos4qda
- Docker架构：
AMD64，ARM64 - S3存储：[***]
资源消耗
- 模型大小（Mb）：
25 - 环境大小（Mb）：
637 - 镜像大小（Mb）：
624.98
计算性能（秒）：
- 10个输入：
35.09 - 100个输入：
223.59 - ***个输入：
403.25
参考文献
- 源代码：https://github.com/UnixJunkie/FASMIFRA
- 出版物：[***]
- 出版物类型：
同行评审 - 出版年份：
2021 - Ersilia贡献者：https://github.com/miquelduranfrigola
许可证
本软件包采用https://github.com/ersilia-os/ersilia/blob/master/LICENSE%E8%AE%B8%E5%8F%AF%E8%AF%81%E3%80%82%E8%BD%AF%E4%BB%B6%E5%8C%85%E4%B8%AD%E5%8C%85%E5%90%AB%E7%9A%84%E6%A8%A1%E5%9E%8B%E9%87%87%E7%94%A8GPL-3.0-only%E8%AE%B8%E5%8F%AF%E8%AF%81%E3%80%82
注意：Ersilia直接从原作者处提供模型的"按原样"访问，如在研究中使用该模型，请参考原始代码仓库和/或出版物。
使用方法
要在本地使用此模型，需安装https://github.com/ersilia-os/ersilia%E3%80%82
可通过以下命令获取模型：
bash# 从Ersilia模型中心获取模型 ersilia fetch eos4qda
然后，可按以下步骤启动、运行和关闭模型：
bash# 启动模型 ersilia serve eos4qda # 生成示例文件 ersilia example -n 3 -f my_input.csv # 运行模型 ersilia run -i my_input.csv -o my_output.csv # 关闭模型 ersilia close
关于Ersilia
Ersilia开源计划是一家科技非营利组织，致力于推动全球南方的可持续研究。
如果发现此模型有用，请https://github.com/ersilia-os/ersilia/blob/master/CITATION.cffErsilia%E6%A8%A1%E5%9E%8B%E4%B8%AD%E5%BF%83%E3%80%82%E5%A6%82%E5%9C%A8%E8%BF%90%E8%A1%8C%E8%BF%87%E7%A8%8B%E4%B8%AD%E9%81%87%E5%88%B0%E4%BB%BB%E4%BD%95%E9%97%AE%E9%A2%98%EF%BC%8C%E8%AF%B7%E9%9A%8F%E6%97%B6https://github.com/ersilia-os/ersilia/issues%E3%80%82
如果您想为我们的使命做出贡献，欢迎考虑***给Ersilia！
镜像拉取方式
您可以使用以下命令拉取该镜像。请将 <标签> 替换为具体的标签版本。如需查看所有可用标签版本，请访问 标签列表页面。
DockerHub 原生拉取命令
docker pull ersiliaos/eos4qda:<标签>
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