ersiliaos/eos4x30
ersiliaos
3D药效团描述符镜像（pmapper）用于识别活性化合物的常见3D药效团并进行唯一哈希编码，生成2048维向量表示，适用于下游机器学习任务。
下载次数: 0状态：社区镜像维护者：ersiliaos仓库类型：镜像最近更新：3 个月前
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3D药效团描述符
药效团映射器（pmapper）可识别针对特定靶点的活性化合物的常见3D药效团，并使用适合快速识别相同药效团的哈希对其进行唯一编码。所获得的特征可用于下游机器学习任务。
本模型于2023年11月28日整合，最后打包时间为2026年3月20日。
基本信息
标识符
- Ersilia标识符：
eos4x30 - 简称：
pmapper-3d
领域
- 任务：
Representation（表征） - 子任务：
Featurization（特征化） - 生物医学领域：
Any（通用） - 目标生物：
Any（通用） - 标签：
Descriptor（描述符）、Fingerprint（指纹）
输入
- 输入类型：
Compound（化合物） - 输入维度：
1
输出
- 输出维度：
2048 - 输出一致性：
Fixed（固定） - 解释：药效团的向量表示
以下是模型的输出列：
| 名称 | 类型 | 方向 | 描述 |
|---|---|---|---|
| dim_0000 | 整数 | Pmapper维度索引0 | |
| dim_0001 | 整数 | Pmapper维度索引1 | |
| dim_0002 | 整数 | Pmapper维度索引2 | |
| dim_0003 | 整数 | Pmapper维度索引3 | |
| dim_0004 | 整数 | Pmapper维度索引4 | |
| dim_0005 | 整数 | Pmapper维度索引5 | |
| dim_0006 | 整数 | Pmapper维度索引6 | |
| dim_0007 | 整数 | Pmapper维度索引7 | |
| dim_0008 | 整数 | Pmapper维度索引8 | |
| dim_0009 | 整数 | Pmapper维度索引9 |
显示2048列中的10列
来源与部署
- 来源：
Local（本地） - 来源类型：
External（外部） - DockerHub：https://hub.docker.com/r/ersiliaos/eos4x30
- Docker架构：
AMD64 - S3存储：https://ersilia-models-zipped.s3.eu-central-1.amazonaws.com/eos4x30.zip
资源消耗
- 模型大小（Mb）：
1 - 环境大小（Mb）：
7977 - 镜像大小（Mb）：
7918.34
计算性能（秒）：
- 10个输入：
40.12 - 100个输入：
45.7 - ***个输入：
1355.18
参考资料
- 源代码：https://github.com/DrrDom/pmapper
- 出版物：[***]
- 出版物类型：
Peer reviewed（同行评审） - 出版年份：
2019 - Ersilia贡献者：https://github.com/GemmaTuron
许可证
本包采用https://github.com/ersilia-os/ersilia/blob/master/LICENSE%E8%AE%B8%E5%8F%AF%E8%AF%81%E3%80%82%E5%8C%85%E4%B8%AD%E5%8C%85%E5%90%AB%E7%9A%84%E6%A8%A1%E5%9E%8B%E9%87%87%E7%94%A8BSD-3-Clause%E8%AE%B8%E5%8F%AF%E8%AF%81%E3%80%82
注意：Ersilia直接从原作者处提供模型访问，仅供参考使用。如果在研究中使用该模型，请参考原始代码库和/或出版物。
使用方法
要在本地使用此模型，需安装https://github.com/ersilia-os/ersilia%E3%80%82
可通过以下命令获取模型：
bash# 从Ersilia模型 hub 获取模型 ersilia fetch eos4x30
然后，可按以下步骤启动、运行和关闭模型：
bash# 启动模型 ersilia serve eos4x30 # 生成示例文件 ersilia example -n 3 -f my_input.csv # 运行模型 ersilia run -i my_input.csv -o my_output.csv # 关闭模型 ersilia close
关于Ersilia
[***]
如果发现此模型有用，请https://github.com/ersilia-os/ersilia/blob/master/CITATION.cffErsilia%E6%A8%A1%E5%9E%8B hub。如在运行过程中遇到任何问题，请随时https://github.com/ersilia-os/ersilia/issues%E3%80%82
如果您想为我们的使命做出贡献，欢迎考虑https://www.ersilia.io/donate%E7%BB%99Ersilia%EF%BC%81
镜像拉取方式
您可以使用以下命令拉取该镜像。请将 <标签> 替换为具体的标签版本。如需查看所有可用标签版本，请访问 标签列表页面。
DockerHub 原生拉取命令
docker pull ersiliaos/eos4x30:<标签>
镜像拉取常见问题
功能
错误码
用户好评
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oldzhang
运维工程师
Linux服务器
5
"Docker访问体验非常流畅，大镜像也能快速完成下载。"