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REINVENT 4 Mol2MolScaffold镜像利用REINVENT4的mol2mol scaffold先验和通用先验，为输入化合物生成约500个结构相似的新分子，适用于分子设计和相似性筛选场景。
下载次数: 0状态：社区镜像维护者：ersiliaos仓库类型：镜像最近更新：2 个月前
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REINVENT 4 Mol2MolScaffold 镜像文档
镜像概述和主要用途
REINVENT 4 Mol2MolScaffold镜像基于REINVENT4的mol2mol scaffold先验和mol2mol scaffold通用先验，能够为输入的化合物生成约500个结构相似的新分子。生成的分子与输入分子具有较高的相似性，适用于药物发现、分子设计及相关研究领域。
该模型于2024年3月8日整合，最后打包时间为2026年3月20日。
核心功能和特性
- 分子生成：针对单个输入化合物，生成最多500个结构相似的新分子
- 相似性保持：生成分子与输入分子在结构上保持较高相似性
- 批量处理：支持多输入处理（具体性能见资源消耗部分）
信息详情
标识符
- Ersilia标识符：
eos57bx - Slug：
reinvent4-mol2mol-scaffold
领域分类
- 任务：
Sampling（采样） - 子任务：
Generation（生成） - 生物医学领域：
Any（通用） - 目标生物：
Any（通用） - 标签：
Similarity（相似性）
输入信息
- 输入类型：
Compound（化合物） - 输入维度：
1（单个化合物）
输出信息
- 输出维度：
500（每个输入生成最多500个分子） - 输出一致性：
Variable（可变） - 解释：模型为每个输入分子生成最多500个相似分子
输出列说明
| 名称 | 类型 | 方向 | 描述 |
|---|---|---|---|
| smi_000 | string | 生成的第0个分子，使用REINVENT的mol2mol或scaffold先验 | |
| smi_001 | string | 生成的第1个分子，使用REINVENT的mol2mol或scaffold先验 | |
| smi_002 | string | 生成的第2个分子，使用REINVENT的mol2mol或scaffold先验 | |
| smi_003 | string | 生成的第3个分子，使用REINVENT的mol2mol或scaffold先验 | |
| smi_004 | string | 生成的第4个分子，使用REINVENT的mol2mol或scaffold先验 | |
| smi_005 | string | 生成的第5个分子，使用REINVENT的mol2mol或scaffold先验 | |
| smi_006 | string | 生成的第6个分子，使用REINVENT的mol2mol或scaffold先验 | |
| smi_007 | string | 生成的第7个分子，使用REINVENT的mol2mol或scaffold先验 | |
| smi_008 | string | 生成的第8个分子，使用REINVENT的mol2mol或scaffold先验 | |
| smi_009 | string | 生成的第9个分子，使用REINVENT的mol2mol或scaffold先验 |
显示500列中的前10列
来源与部署
- 来源：
Local（本地） - 来源类型：
External（外部） - DockerHub：https://hub.docker.com/r/ersiliaos/eos57bx
- Docker架构：
AMD64 - S3存储：[***]
资源消耗
- 模型大小 (Mb)：
296 - 环境大小 (Mb)：
2368 - 镜像大小 (Mb)：
2779.31
计算性能（秒）：
- 10个输入：
316.03 - 100个输入：
-1（未提供） - ***个输入：
-1（未提供）
参考文献
- 源代码：https://github.com/MolecularAI/REINVENT4
- 论文：[***]
- 论文类型：
Preprint（预印本） - 发表年份：
2023 - Ersilia贡献者：https://github.com/ankitskvmdam
许可证
本包采用https://github.com/ersilia-os/ersilia/blob/master/LICENSE%E8%AE%B8%E5%8F%AF%E8%AF%81%E3%80%82%E5%8C%85%E4%B8%AD%E5%8C%85%E5%90%AB%E7%9A%84%E6%A8%A1%E5%9E%8B%E9%87%87%E7%94%A8Apache-2.0%E8%AE%B8%E5%8F%AF%E8%AF%81%E3%80%82
注意：Ersilia直接从原作者处提供模型访问，使用模型进行研究时，请参考原始代码仓库和/或论文。
使用方法和配置说明
前提条件
本地使用需安装https://github.com/ersilia-os/ersilia%E3%80%82
基本操作流程
1. 获取模型
bash# 从Ersilia模型 hub 获取模型 ersilia fetch eos57bx
2. 启动服务
bash# 启动模型服务 ersilia serve eos57bx
3. 生成示例输入文件
bash# 生成包含3个示例化合物的输入文件 ersilia example -n 3 -f my_input.csv
4. 运行模型
bash# 输入文件为my_input.csv， output文件为my_output.csv ersilia run -i my_input.csv -o my_output.csv
5. 关闭服务
bash# 关闭模型服务 ersilia close
关于Ersilia
Ersilia开源计划是一个技术非营利组织，致力于推动全球南方的可持续研究。
如果您发现此模型有用，请https://github.com/ersilia-os/ersilia/blob/master/CITATION.cffErsilia%E6%A8%A1%E5%9E%8B hub。运行过程中遇到任何问题，请https://github.com/ersilia-os/ersilia/issues%E3%80%82
如果您想为我们的使命做出贡献，欢迎考虑***给Ersilia！
镜像拉取方式
您可以使用以下命令拉取该镜像。请将 <标签> 替换为具体的标签版本。如需查看所有可用标签版本，请访问 标签列表页面。
DockerHub 原生拉取命令
docker pull ersiliaos/eos57bx:<标签>
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