ersiliaos/eos5guo

ersiliaos

ErG 2D描述符镜像用于编码分子的药效团特性、大小和形状，生成315维指纹向量，在骨架跃迁等药物研发场景中表现优异，适用于生物医学领域的分子特征化任务。

下载次数: 0状态：社区镜像维护者：ersiliaos仓库类型：镜像最近更新：8 个月前

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镜像标签列表与下载命令

ErG 2D描述符

镜像概述

Extended Reduced Graph（ErG）方法通过药效团节点描述编码分子特性，精准捕捉分子的药效团特征、大小与形状。该模型在与Daylight指纹的基准测试中，11个案例里10个表现更优，尤其适用于骨架跃迁研究。模型于2024年3月6日纳入Ersilia模型库，最后打包时间为2025年10月23日。

核心功能

对化合物分子进行ErG指纹特征提取
输出固定315维的浮点型向量，代表分子的药效团描述符
支持AMD64与ARM64双架构部署
资源消耗低，模型大小仅1Mb

使用场景

药物研发中的骨架跃迁策略实施
分子特性编码与特征化任务
生物医学领域的通用分子表示需求

配置说明

标识符信息

Ersilia标识符：eos5guo
Slug：erg-fingerprints

领域分类

任务类型：表示（Representation）
子任务：特征化（Featurization）
生物医学领域：通用（Any）
目标生物：通用（Any）
标签：描述符（Descriptor）、指纹（Fingerprint）

input/output规格

输入：化合物（Compound），输入维度：1
输出：315维浮点向量（示例展示前10个维度列，如dim_000至dim_009）

资源消耗

模型大小：1 Mb
环境大小：514 Mb
镜像大小：522.66 Mb
计算性能：10输入→27.3秒 | 100输入→17.04秒 | ***输入→32.05秒

部署与使用

Docker直接部署

bash
# 拉取镜像
docker pull docker.xuanyuan.run/ersiliaos/eos5guo
# 交互式运行
docker run -it docker.xuanyuan.run/ersiliaos/eos5guo

Ersilia CLI推荐使用

需先安装Ersilia CLI工具：

bash
pip install ersilia

# 获取模型
ersilia fetch eos5guo
# 启动服务
ersilia serve eos5guo
# 生成3条示例输入
ersilia example -n 3 -f my_input.csv
# 运行模型并输出结果
ersilia run -i my_input.csv -o my_output.csv
# 关闭服务
ersilia close

参考与许可证

源代码：RDKit Reduced Graphs文档
出版物：https://pubs.acs.org/doi/10.1021/ci050457y
许可证：包（GPL-3.0）| 模型（BSD-3-Clause）

关于Ersilia

Ersilia开源计划是一家技术非营利组织，致力于推动全球南方的可持续研究。使用模型请引用Ersilia Model Hub，遇问题可在GitHub反馈，支持其使命可考虑***。 ===FULL_DESC===

镜像拉取方式

您可以使用以下命令拉取该镜像。请将 <标签> 替换为具体的标签版本。如需查看所有可用标签版本，请访问标签列表页面。

轩辕镜像加速拉取命令点我查看更多 eos5guo 镜像标签

docker pull docker.xuanyuan.run/ersiliaos/eos5guo:<标签>

使用方法：

DockerHub 原生拉取命令

docker pull ersiliaos/eos5guo:<标签>

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