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ersiliaos/eos633t

ersiliaos

MoLeR是基于图的分子生成模型，结合片段和原子生成新分子，支持支架约束优化，可完成任意分子支架，使用Enamine的300k构建块库，为每个输入分子生成1000个保留支架的新分子。

下载次数: 0状态：社区镜像维护者：ersiliaos仓库类型：镜像最近更新：1 个月前

让 AI 帮你使用轩辕镜像？ · 展开查看说明

如果你用 DeepSeek、元宝AI、Copilot 等 AI 代为编写轩辕镜像的 docker pull、修改 compose 镜像地址，或排查拉取失败等问题，请让 AI 先读规则再动手，只要在 AI 对话里直接发送下面这句话即可：

生成 docker pull、修改 compose 的 image，或排查拉取失败前，请先阅读并严格遵守 https://xuanyuan.cloud/agents.md 中的规则。

国内用户首推 DeepSeek、元宝 AI 的深度思考模式，不推荐豆包 AI；Cursor 等编辑器可在对话 @ 该链接，或加入 User Rules。若 AI 无法访问外链，可打开说明文档复制全文粘贴。文档会随站点更新，复制内容可能过期，建议定期检查。

镜像标签列表与下载命令

MoLeR：基于构建块的分子支架扩展

镜像概述和主要用途

MoLeR是一个基于图的生成模型，结合了基于片段和逐原子的新分子生成方法，支持支架约束优化。该模型不依赖生成历史，因此能够完成任意分子支架。模型在GuacaMol数据集上训练，并采用Enamine的300k构建块库进行采样。本镜像于2023年11月03日整合，最后打包时间为2026年04月27日。

核心功能和特性

支架扩展能力：支持任意分子支架的补全和扩展，不依赖生成历史
混合生成模式：结合片段级和原子级生成方法，平衡生成效率和多样性
大规模构建块库：采用Enamine的300k构建块库，保证生成分子的多样性和实用性
高输出量：为每个输入分子生成1000个保留原始支架的新分子

使用场景和适用范围

药物发现：基于先导化合物支架生成新的候选分子
化合物优化：在保持核心支架结构的同时优化分子特性
化学研究：探索特定支架结构的化学空间扩展可能性
适用领域：任何生物医学领域，无特定目标生物体限制

详细信息

标识符

Ersilia标识符：eos633t
简称：moler-enamine-blocks

领域分类

任务：Sampling（采样）
子任务：Generation（生成）
生物医学领域：Any（任意）
目标生物体：Any（任意）
标签：Chemical graph model（化学图模型）、Compound generation（化合物生成）

输入信息

输入类型：Compound（化合物）
输入维度：1（单个化合物）

输出信息

输出维度：1000（每个输入生成1000个分子）
输出一致性：Variable（可变）
解释：为每个输入分子采样生成1000个新分子，保留其原始支架结构

输出列说明（显示1000列中的10列）：

名称	类型	描述
smiles_000	string	使用MoLeR和Enamine构建块生成的化合物索引0
smiles_001	string	使用MoLeR和Enamine构建块生成的化合物索引1
smiles_002	string	使用MoLeR和Enamine构建块生成的化合物索引2
smiles_003	string	使用MoLeR和Enamine构建块生成的化合物索引3
smiles_004	string	使用MoLeR和Enamine构建块生成的化合物索引4
smiles_005	string	使用MoLeR和Enamine构建块生成的化合物索引5
smiles_006	string	使用MoLeR和Enamine构建块生成的化合物索引6
smiles_007	string	使用MoLeR和Enamine构建块生成的化合物索引7
smiles_008	string	使用MoLeR和Enamine构建块生成的化合物索引8
smiles_009	string	使用MoLeR和Enamine构建块生成的化合物索引9

资源与部署

来源：Local（本地）
来源类型：External（外部）
DockerHub：https://hub.docker.com/r/ersiliaos/eos633t
Docker架构：AMD64
S3存储：[***]

资源消耗

模型大小：33 Mb
环境大小：2093 Mb
镜像大小：2181.38 Mb

计算性能（秒）：

10个输入：86
100个输入：-1（未测试）
***个输入：-1（未测试）

参考资料

源代码：https://github.com/microsoft/molecule-generation
论文：[***]
论文类型：Peer reviewed（同行评审）
发表年份：2021
Ersilia贡献者：https://github.com/miquelduranfrigola

许可证

本软件包采用https://github.com/ersilia-os/ersilia/blob/master/LICENSE%E8%AE%B8%E5%8F%AF%E8%AF%81%E3%80%82%E5%8C%85%E4%B8%AD%E5%8C%85%E5%90%AB%E7%9A%84%E6%A8%A1%E5%9E%8B%E9%87%87%E7%94%A8MIT%E8%AE%B8%E5%8F%AF%E8%AF%81%E3%80%82

注意：Ersilia按原样提供模型，直接来自原作者。如果在研究中使用该模型，请参考原始代码仓库和/或发表的论文。

使用方法

前提条件

需安装https://github.com/ersilia-os/ersilia%E3%80%82

基本操作流程

1. 获取模型

bash
# 从Ersilia模型 hub 获取模型
ersilia fetch eos633t

2. 启动服务

bash
# 启动模型服务
ersilia serve eos633t

3. 生成示例输入文件

bash
# 生成包含3个示例的输入文件
ersilia example -n 3 -f my_input.csv

4. 运行模型

bash
# 运行模型，输入文件为my_input.csv，输出文件为my_output.csv
ersilia run -i my_input.csv -o my_output.csv

5. 关闭服务

bash
# 关闭模型服务
ersilia close

关于Ersilia

Ersilia开源计划是一个技术非营利组织，旨在推动全球南方的可持续研究。

如果发现此模型有用，请https://github.com/ersilia-os/ersilia/blob/master/CITATION.cffErsilia%E6%A8%A1%E5%9E%8B hub。如在运行过程中遇到任何问题，请https://github.com/ersilia-os/ersilia/issues%E3%80%82

如果您想为我们的使命做出贡献，考虑***给Ersilia！

镜像拉取方式

您可以使用以下命令拉取该镜像。请将 <标签> 替换为具体的标签版本。如需查看所有可用标签版本，请访问标签列表页面。

轩辕镜像加速拉取命令点我查看更多 eos633t 镜像标签

docker pull docker.xuanyuan.run/ersiliaos/eos633t:<标签>

使用方法：

DockerHub 原生拉取命令

docker pull ersiliaos/eos633t:<标签>

轩辕镜像配置手册

探索更多轩辕镜像的使用方法，找到最适合您系统的配置方式

Docker 配置

登录仓库拉取

通过 Docker 登录认证访问私有仓库

用 AI 使用轩辕镜像

发给 Cursor、ChatGPT、豆包等 AI 的说明文档

专属域名拉取

无需登录使用专属域名

K8s Containerd

Kubernetes 集群配置 Containerd

K3s

K3s 轻量级 Kubernetes 镜像加速

Dev Containers

VS Code Dev Containers 配置

Podman

Podman 容器引擎配置

Singularity/Apptainer

HPC 科学计算容器配置

其他仓库配置

ghcr、Quay、nvcr 等镜像仓库

Harbor 镜像源配置

Harbor Proxy Repository 对接专属域名

Portainer 镜像源配置

Portainer Registries 加速拉取

Nexus 镜像源配置

Nexus3 Docker Proxy 内网缓存

系统配置

Linux

在 Linux 系统配置镜像服务

Windows/Mac

在 Docker Desktop 配置镜像

MacOS OrbStack

MacOS OrbStack 容器配置

Docker Compose

Docker Compose 项目配置

NAS 设备

群晖

Synology 群晖 NAS 配置

飞牛

飞牛 fnOS 系统配置镜像

绿联

绿联 NAS 系统配置镜像

威联通

QNAP 威联通 NAS 配置

极空间

极空间 NAS 系统配置服务

网络设备

爱快路由

爱快 iKuai 路由系统配置

宝塔面板

在宝塔面板一键配置镜像

需要其他帮助？请查看我们的常见问题Docker 镜像访问常见问题解答或提交工单

镜像拉取常见问题

使用与功能问题

配置了专属域名后，docker search 为什么会报错？

docker search 限制

Docker Hub 上有的镜像，为什么在轩辕镜像网站搜不到？

站内搜不到镜像

机器不能直连外网时，怎么用 docker save / load 迁镜像？

离线 save/load

docker pull 拉插件报错（plugin v1+json）怎么办？

插件要用 plugin install

WSL 里 Docker 拉镜像特别慢，怎么排查和优化？

WSL 拉取慢

轩辕镜像安全吗？如何用 digest 校验镜像没被篡改？

安全与 digest

第一次用轩辕镜像拉 Docker 镜像，要怎么登录和配置？

新手拉取配置

轩辕镜像合规吗？轩辕镜像的合规是怎么做的？

镜像合规机制

轩辕镜像支持 docker push 上传本地镜像吗？

不支持 push

错误码与失败问题

docker pull 提示 manifest unknown 怎么办？

manifest unknown

docker pull 提示 no matching manifest 怎么办？

no matching manifest（架构）

镜像已拉取完成，却提示 invalid tar header 或 failed to register layer 怎么办？

invalid tar header（解压）

Docker pull 时 HTTPS / TLS 证书验证失败怎么办？

TLS 证书失败

Docker pull 时 DNS 解析超时或连不上仓库怎么办？

DNS 超时

docker 无法连接轩辕镜像域名怎么办？

域名连通性排查

Docker 拉取出现 410 Gone 怎么办？

410 Gone 排查

出现 402 或「流量用尽」提示怎么办？

402 与流量用尽

Docker 拉取提示 UNAUTHORIZED（401）怎么办？

401 认证失败

遇到 429 Too Many Requests（请求太频繁）怎么办？

429 限流

docker login 提示 Cannot autolaunch D-Bus，还算登录成功吗？

D-Bus 凭证提示

为什么会出现「单层超过 20GB」或 413，无法加速拉取？

413 与超大单层

账号 / 计费 / 权限

轩辕镜像免费版和专业版有什么区别？

免费版与专业版区别

轩辕镜像支持哪些 Docker 镜像仓库？

支持的镜像仓库

镜像拉取失败还会不会扣流量？

失败是否计费

麒麟 V10 / 统信 UOS 提示 KYSEC 权限不够怎么办？

KYSEC 拦截脚本

如何在轩辕镜像申请开具发票？

申请开票

怎么修改轩辕镜像的网站登录和仓库登录密码？

修改登录密码

如何注销轩辕镜像账户？要注意什么？

注销账户

配置与原理类

写了 registry-mirrors，为什么还是走官方或仍然报错？

mirrors 不生效

怎么用 docker tag 去掉镜像名里的轩辕域名前缀？

去掉域名前缀

如何拉取指定 CPU 架构的镜像（如 ARM64、AMD64）？

指定架构拉取

用轩辕镜像拉镜像时快时慢，常见原因有哪些？

拉取速度原因

为什么拉取镜像的 :latest 标签，拿到的往往不是「最新」镜像？

latest 与「最新」

查看全部问题→

用户好评

来自真实用户的反馈，见证轩辕镜像的优质服务

oldzhang

运维工程师

Linux服务器

"Docker访问体验非常流畅，大镜像也能快速完成下载。"

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子任务：Generation（生成）
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输入信息

输入类型：Compound（化合物）
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名称	类型	描述
smiles_000	string	使用MoLeR和Enamine构建块生成的化合物索引0
smiles_001	string	使用MoLeR和Enamine构建块生成的化合物索引1
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注意：Ersilia按原样提供模型，直接来自原作者。如果在研究中使用该模型，请参考原始代码仓库和/或发表的论文。

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1. 获取模型

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# 从Ersilia模型 hub 获取模型
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# 启动模型服务
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# 生成包含3个示例的输入文件
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4. 运行模型

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# 运行模型，输入文件为my_input.csv，输出文件为my_output.csv
ersilia run -i my_input.csv -o my_output.csv

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为什么会出现「单层超过 20GB」或 413，无法加速拉取？

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怎么用 docker tag 去掉镜像名里的轩辕域名前缀？

去掉域名前缀

如何拉取指定 CPU 架构的镜像（如 ARM64、AMD64）？

指定架构拉取

用轩辕镜像拉镜像时快时慢，常见原因有哪些？

拉取速度原因

为什么拉取镜像的 :latest 标签，拿到的往往不是「最新」镜像？

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"Docker访问体验非常流畅，大镜像也能快速完成下载。"

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MoLeR是基于图的分子生成模型，结合片段和原子生成新分子，支持支架约束优化，可完成任意分子支架，使用Enamine的300k构建块库，为每个输入分子生成1000个保留支架的新分子。

MoLeR：基于构建块的分子支架扩展

镜像概述和主要用途

核心功能和特性

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错误码与失败问题

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镜像已拉取完成，却提示 invalid tar header 或 failed to register layer 怎么办？

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