ersiliaos/eos6pbf
ersiliaos
用于将小分子转换为SELFIES字符串表示的Docker镜像，比SMILES更健壮，所有生成的字符串均为有效分子，特别适用于生成模型，可产生更多样化的分子。
下载次数: 0状态：社区镜像维护者：ersiliaos仓库类型：镜像最近更新：3 个月前
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SELF-referencIng Embedded Strings（自引用嵌入字符串）
镜像概述和主要用途
SELFIES是一种小分子的字符串表示方法，比SMILES更健壮，其设计确保所有SELFIES字符串均为有效分子。该镜像特别适用于生成模型，能产生比SMILES更多样化的分子。本镜像于2022年7月14日整合，最后打包于2026年3月20日。
核心功能和特性
- 高健壮性：所有SELFIES字符串均表示有效分子，避免SMILES中常见的无效表示问题
- 生成模型优化：在生成模型应用中能产生更多样化的分子结构
- 标准化输出：提供固定格式的分子字符串表示，便于后续处理和分析
使用场景和适用范围
- 化学信息学研究中的分子表征
- 药物发现中的化合物生成模型开发
- 化学语言模型训练与评估
- 小分子特征化与结构表示转换
详细信息
标识符
- Ersilia标识符：
eos6pbf - Slug：
selfies
领域
- 任务：
表征（Representation） - 子任务：
特征化（Featurization） - 生物医学领域：
任意（Any） - 目标生物：
任意（Any） - 标签：
化学符号、化学语言模型、化合物生成
输入
- 输入类型：
化合物（Compound） - 输入维度：
1
输出
- 输出维度：
1 - 输出一致性：
固定（Fixed） - 解释：分子的字符串表示（SELFIE）
输出列
| 名称 | 类型 | 方向 | 描述 |
|---|---|---|---|
| selfies | string | 输入分子的SELFIES表示 |
来源和部署
- 来源：
本地（Local） - 来源类型：
外部（External） - DockerHub：https://hub.docker.com/r/ersiliaos/eos6pbf
- Docker架构：
AMD64 - S3存储：https://ersilia-models-zipped.s3.eu-central-1.amazonaws.com/eos6pbf.zip
资源消耗
- 模型大小（Mb）：
1 - 环境大小（Mb）：
309 - 镜像大小（Mb）：
290.95
计算性能（秒）
- 10个输入：
39.91 - 100个输入：
22.74 - ***个输入：
32.23
参考文献
- 源代码：https://github.com/aspuru-guzik-group/selfies
- 出版物：[***]
- 出版物类型：
同行评审（Peer reviewed） - 出版年份：
2023 - Ersilia贡献者：https://github.com/brosular
许可证
本软件包采用https://github.com/ersilia-os/ersilia/blob/master/LICENSE%E8%AE%B8%E5%8F%AF%E8%AF%81%E3%80%82%E5%8C%85%E4%B8%AD%E5%8C%85%E5%90%AB%E7%9A%84%E6%A8%A1%E5%9E%8B%E9%87%87%E7%94%A8Apache-2.0%E8%AE%B8%E5%8F%AF%E8%AF%81%E3%80%82
注意：Ersilia直接从原作者处提供模型的"原样"访问，如在研究中使用该模型，请参考原始代码仓库和/或出版物。
使用方法
要在本地使用此模型，需安装https://github.com/ersilia-os/ersilia%E3%80%82
获取模型
使用以下命令从Ersilia模型中心获取模型：
bash# 从Ersilia模型中心获取模型 ersilia fetch eos6pbf
服务、运行和关闭模型
bash# 启动服务 ersilia serve eos6pbf # 生成示例文件 ersilia example -n 3 -f my_input.csv # 运行模型 ersilia run -i my_input.csv -o my_output.csv # 关闭服务 ersilia close
关于Ersilia
[***]
如果您发现此模型有用，请https://github.com/ersilia-os/ersilia/blob/master/CITATION.cffErsilia%E6%A8%A1%E5%9E%8B%E4%B8%AD%E5%BF%83%E3%80%82%E5%A6%82%E5%9C%A8%E8%BF%90%E8%A1%8C%E8%BF%87%E7%A8%8B%E4%B8%AD%E9%81%87%E5%88%B0%E4%BB%BB%E4%BD%95%E9%97%AE%E9%A2%98%EF%BC%8C%E8%AF%B7%E9%9A%8F%E6%97%B6https://github.com/ersilia-os/ersilia/issues%E3%80%82
如果您想为我们的使命做出贡献，欢迎考虑https://www.ersilia.io/donate%E7%BB%99Ersilia%EF%BC%81
镜像拉取方式
您可以使用以下命令拉取该镜像。请将 <标签> 替换为具体的标签版本。如需查看所有可用标签版本，请访问 标签列表页面。
DockerHub 原生拉取命令
docker pull ersiliaos/eos6pbf:<标签>
镜像拉取常见问题
功能
错误码
用户好评
来自真实用户的反馈，见证轩辕镜像的优质服务
oldzhang
运维工程师
Linux服务器
5
"Docker访问体验非常流畅，大镜像也能快速完成下载。"