ersiliaos/eos74km
ersiliaos
该镜像提供基于知识图谱与机器学习的抗菌药物类别特异性预测功能，可输出化合物对酸快细菌、真菌、革兰氏阳性/阴性细菌的抑制概率及无活性概率。
下载次数: 0状态：社区镜像维护者：ersiliaos仓库类型：镜像最近更新：3 个月前
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抗菌药物类别特异性预测
本镜像实现了基于知识图谱和简单机器学习方法的抗菌药物类别特异性预测。知识图谱构建自ChEMBL、Co-ADD和SPARK数据库，预测终点为广谱类别（如对革兰氏阳性或阴性细菌的活性）。作者推荐的最佳模型为采用MHFP6指纹的随机森林。
该模型于2024年12月17日纳入Ersilia模型库，最后打包时间为2026年3月26日。
基本信息
标识符
- Ersilia标识符：
eos74km - 别名：
antimicrobial-kg-ml
领域
- 任务：
注释 - 子任务：
活性预测 - 生物医学领域：
抗菌药物耐药性 - 目标生物：
真菌、酸快细菌、革兰氏阳性细菌、革兰氏阴性细菌 - 标签：
抗菌活性
输入
- 输入类型：
化合物 - 输入维度：
1
输出
- 输出维度：
5 - 输出一致性：
固定 - 解释：各抗菌类别的概率值
以下是模型的输出列：
| 名称 | 类型 | 方向 | 描述 |
|---|---|---|---|
| acid_fast | float | high | 化合物抑制酸快细菌生长的类别概率得分 |
| fungi | float | high | 化合物抑制真菌生长的类别概率得分 |
| gram_negative | float | high | 化合物抑制革兰氏阴性细菌生长的类别概率得分 |
| gram_positive | float | high | 化合物抑制革兰氏阳性细菌生长的类别概率得分 |
| inactive | float | high | 化合物在抗菌试验中无活性的类别概率得分 |
来源与部署
- 来源：
本地 - 来源类型：
外部 - DockerHub：https://hub.docker.com/r/ersiliaos/eos74km
- Docker架构：
AMD64 - S3存储：https://ersilia-models-zipped.s3.eu-central-1.amazonaws.com/eos74km.zip
资源消耗
- 模型大小（Mb）：
768 - 环境大小（Mb）：
635 - 镜像大小（Mb）：
2966.67
计算性能（秒）：
- 10个输入：
40.85 - 100个输入：
26.21 - ***个输入：
161.97
参考资料
- 源代码：https://github.com/IMI-COMBINE/broad_spectrum_prediction
- 出版物：https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jcim.4c02347
- 出版物类型：
同行评审 - 出版年份：
2024 - Ersilia贡献者：https://github.com/miquelduranfrigola
许可证
本包采用https://github.com/ersilia-os/ersilia/blob/master/LICENSE%E8%AE%B8%E5%8F%AF%E8%AF%81%E3%80%82%E5%8C%85%E5%86%85%E6%A8%A1%E5%9E%8B%E9%87%87%E7%94%A8MIT%E8%AE%B8%E5%8F%AF%E8%AF%81%E3%80%82
注意：Ersilia直接从原作者处提供模型访问，若在研究中使用该模型，请参考原始代码仓库和/或出版物。
使用方法
要在本地使用该模型，需安装https://github.com/ersilia-os/ersilia%E3%80%82
模型获取
通过以下命令从Ersilia模型库获取模型：
bash# 从Ersilia模型库获取模型 ersilia fetch eos74km
模型服务与运行
获取后，可通过以下命令启动服务、运行模型并关闭服务：
bash# 启动模型服务 ersilia serve eos74km # 生成包含3个示例的输入文件 ersilia example -n 3 -f my_input.csv # 运行模型并输出结果 ersilia run -i my_input.csv -o my_output.csv # 关闭模型服务 ersilia close
关于Ersilia
[***]
镜像拉取方式
您可以使用以下命令拉取该镜像。请将 <标签> 替换为具体的标签版本。如需查看所有可用标签版本，请访问 标签列表页面。
DockerHub 原生拉取命令
docker pull ersiliaos/eos74km:<标签>
镜像拉取常见问题
功能
错误码
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oldzhang
运维工程师
Linux服务器
5
"Docker访问体验非常流畅，大镜像也能快速完成下载。"