ersiliaos/eos77jk
ersiliaos
基于Chemical Checker生物活性签名训练的立体化学感知签名器，用于生成小分子生物活性的640维向量表示，对应D1-D5空间，支持化合物特征化。
下载次数: 0状态：社区镜像维护者：ersiliaos仓库类型：镜像最近更新：5 个月前
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Chemical Checker Signaturizer 3D D1-5
镜像概述和主要用途
基于Chemical Checker生物活性签名（可通过eos4u6p获取），利用超过100万种化合物的立体异构体与生物活性关系训练的立体化学感知签名器，能更好地描述小分子生物活性特性。该模型对应Chemical Checker空间D1、D2、D3、D4和D5。模型于2025年6月25日整合，最后打包于2025年12月30日。
核心功能和特性
标识符
- Ersilia标识符：
eos77jk - 简称：
cc-signaturizer-3d-d
领域信息
- 任务：
表示（Representation） - 子任务：
特征化（Featurization） - 生物医学领域：
通用（Any） - 目标生物：
通用（Any） - 标签：
描述符（Descriptor）、生物活性谱（Bioactivity profile）、嵌入（Embedding）
输入
- 输入类型：
化合物（Compound） - 输入维度：
1
输出
- 输出维度：
640 - 输出一致性：
固定（Fixed） - 解释：分子的向量表示
以下是模型的输出列：
| 名称 | 类型 | 方向 | 描述 |
|---|---|---|---|
| d1_000 | float | Signaturizer3D数据集细胞（D）基因表达（D1）的维度0 | |
| d1_001 | float | Signaturizer3D数据集细胞（D）基因表达（D1）的维度1 | |
| d1_002 | float | Signaturizer3D数据集细胞（D）基因表达（D1）的维度2 | |
| d1_003 | float | Signaturizer3D数据集细胞（D）基因表达（D1）的维度3 | |
| d1_004 | float | Signaturizer3D数据集细胞（D）基因表达（D1）的维度4 | |
| d1_005 | float | Signaturizer3D数据集细胞（D）基因表达（D1）的维度5 | |
| d1_006 | float | Signaturizer3D数据集细胞（D）基因表达（D1）的维度6 | |
| d1_007 | float | Signaturizer3D数据集细胞（D）基因表达（D1）的维度7 | |
| d1_008 | float | Signaturizer3D数据集细胞（D）基因表达（D1）的维度8 | |
| d1_009 | float | Signaturizer3D数据集细胞（D）基因表达（D1）的维度9 |
显示640列中的10列
资源消耗
- 模型大小（Mb）：
2728 - 环境大小（Mb）：
1295 - 镜像大小（Mb）：
9468.76
计算性能（秒）：
- 10个输入：
32.1 - 100个输入：
99.25 - ***个输入：
-1（未提供）
使用场景和适用范围
适用于需要将小分子化合物转换为生物活性向量表示的场景，如药物发现、化合物筛选、生物活性预测等领域，支持各类生物医学研究中的分子特征化需求。
详细使用方法和配置说明
前提条件
需安装https://github.com/ersilia-os/ersilia%E3%80%82
获取模型
bash# 从Ersilia模型中心获取模型 ersilia fetch eos77jk
服务、运行和关闭模型
bash# 服务模型 ersilia serve eos77jk # 生成示例文件 ersilia example -n 3 -f my_input.csv # 运行模型 ersilia run -i my_input.csv -o my_output.csv # 关闭模型 ersilia close
来源和部署
- 来源：
本地（Local） - 来源类型：
外部（External） - DockerHub：https://hub.docker.com/r/ersiliaos/eos77jk
- Docker架构：
AMD64、ARM64 - S3存储：https://ersilia-models-zipped.s3.eu-central-1.amazonaws.com/eos77jk.zip
引用和许可
引用
- 源代码：[***]
- 出版物：[***]
- 出版物类型：
同行评审（Peer reviewed） - 出版年份：
2024 - Ersilia贡献者：https://github.com/arnaucoma24
许可
本包采用https://github.com/ersilia-os/ersilia/blob/master/LICENSE%E8%AE%B8%E5%8F%AF%E3%80%82%E5%8C%85%E4%B8%AD%E5%8C%85%E5%90%AB%E7%9A%84%E6%A8%A1%E5%9E%8B%E9%87%87%E7%94%A8GPL-3.0-or-later%E8%AE%B8%E5%8F%AF%E3%80%82
注意：Ersilia按原样提供模型访问，直接来自原作者，如在研究中使用该模型，请参考原始代码仓库和/或出版物。
关于Ersilia
[***]
镜像拉取方式
您可以使用以下命令拉取该镜像。请将 <标签> 替换为具体的标签版本。如需查看所有可用标签版本，请访问 标签列表页面。
DockerHub 原生拉取命令
docker pull ersiliaos/eos77jk:<标签>
镜像拉取常见问题
功能
错误码
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运维工程师
Linux服务器
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