ersiliaos/eos7kpb
ersiliaos
H3D虚拟筛选级联轻量版模型面板，用于预测结核分枝杆菌和恶性疟原虫的IC50值，以及ADME、细胞毒性和溶解度测定，基于Ersilia化合物嵌入和FLAML技术。
1 次收藏下载次数: 0状态：社区镜像维护者：ersiliaos仓库类型：镜像最近更新：7 个月前
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H3D虚拟筛选级联轻量版
该模型面板提供H3D虚拟筛选级联的预测功能。它利用Ersilia化合物嵌入和FLAML技术，包含针对结核分枝杆菌和恶性疟原虫IC50预测的模型，以及ADME（吸收、分布、代谢、排泄）、细胞毒性和溶解度测定。
本模型于2023年5月9日整合，最后打包时间为2025年11月18日。
基本信息
标识符
- Ersilia标识符:
eos7kpb - 简称:
h3d-virtual-screening-cascade-light
领域信息
- 任务:
注释 - 子任务:
活性预测 - 生物医学领域:
ADMET,疟疾,结核病 - 目标生物:
结核分枝杆菌,恶性疟原虫,智人,褐家鼠,小家鼠 - 标签:
疟疾,恶性疟原虫,结核病,结核分枝杆菌,ADME,细胞毒性,溶解度
输入信息
- 输入类型:
化合物 - 输入维度:
1
输出信息
- 输出维度:
28 - 输出一致性:
固定 - 解释: 原始分数来自FLAML模型。带有_norm后缀的分数表示在200k化合物的ChEMBL数据集中0-1范围内的百分位数。
以下是模型的输出列：
| 名称 | 类型 | 方向 | 描述 |
|---|---|---|---|
| pf_nf54 | float | high | 体外抑制恶性疟原虫NF54株的概率（IC50测定0.1μM cutoff） |
| pf_k1 | float | high | 体外抑制恶性疟原虫K1株的概率（IC50测定0.1μM cutoff） |
| mtb | float | high | 体外抑制结核分枝杆菌H37Rv株的概率（MIC90测定5μM cutoff） |
| cho | float | high | CHO细胞中测量的细胞毒性概率（IC50测定10μM cutoff） |
| hepg2 | float | high | HepG2细胞中测量的细胞毒性概率（IC50测定10μM cutoff） |
| clint_h | float | high | 被人肝微粒体体外清除的概率（cutoff 11.6 μg/min/mg） |
| clint_m | float | high | 被小鼠肝微粒体体外清除的概率（cutoff 11.6 μg/min/mg） |
| clint_r | float | high | 被大鼠肝微粒体体外清除的概率（cutoff 11.6 μg/min/mg） |
| caco_2 | float | high | Caco-2细胞中被动渗透性测量的膜通透性概率（cutoff 10e-6 cm/s） |
| aq_sol | float | high | 在pH=7.4时水中溶解度的概率（cutoff 90μM） |
显示28列中的10列
来源与部署
- 来源:
本地 - 来源类型:
内部 - DockerHub: https://hub.docker.com/r/ersiliaos/eos7kpb
- Docker架构:
AMD64,ARM64 - S3存储: https://ersilia-models-zipped.s3.eu-central-1.amazonaws.com/eos7kpb.zip
资源消耗
- 模型大小 (Mb):
117 - 环境大小 (Mb):
1115 - 镜像大小 (Mb):
1351.98
计算性能 (秒):
- 10个输入:
30.03 - 100个输入:
19.87 - ***个输入:
181.16
参考文献
- 源代码: https://github.com/ersilia-os/h3d-screening-cascade-models
- 出版物: https://www.nature.com/articles/s41467-023-41512-2
- 出版物类型:
同行评审 - 出版年份:
2023 - Ersilia贡献者: https://github.com/miquelduranfrigola
许可证
本软件包采用https://github.com/ersilia-os/ersilia/blob/master/LICENSE%E8%AE%B8%E5%8F%AF%E8%AF%81%E3%80%82%E6%9C%AC%E8%BD%AF%E4%BB%B6%E5%8C%85%E4%B8%AD%E5%8C%85%E5%90%AB%E7%9A%84%E6%A8%A1%E5%9E%8B%E9%87%87%E7%94%A8GPL-3.0-or-later%E8%AE%B8%E5%8F%AF%E8%AF%81%E3%80%82
注意: Ersilia按"原样"提供对模型的访问，直接来自原作者。如果您在研究中使用该模型，请参考原始代码库和/或出版物。
使用方法
要在本地使用此模型，您需要安装https://github.com/ersilia-os/ersilia%E3%80%82 可以使用以下命令获取模型：
bash# 从Ersilia模型中心获取模型 ersilia fetch eos7kpb
然后，您可以按以下方式服务、运行和关闭模型：
bash# 服务模型 ersilia serve eos7kpb # 生成示例文件 ersilia example -n 3 -f my_input.csv # 运行模型 ersilia run -i my_input.csv -o my_output.csv # 关闭模型 ersilia close
关于Ersilia
[***] 如果您发现此模型有用，请https://github.com/ersilia-os/ersilia/blob/master/CITATION.cffErsilia%E6%A8%A1%E5%9E%8B%E4%B8%AD%E5%BF%83%E3%80%82%E5%A6%82%E6%9E%9C%E6%82%A8%E5%9C%A8%E5%B0%9D%E8%AF%95%E8%BF%90%E8%A1%8C%E6%A8%A1%E5%9E%8B%E6%97%B6%E9%81%87%E5%88%B0%E4%BB%BB%E4%BD%95%E9%97%AE%E9%A2%98%EF%BC%8C%E8%AF%B7%E9%9A%8F%E6%97%B6https://github.com/ersilia-os/ersilia/issues%E3%80%82 如果您想为我们的使命做出贡献，请考虑https://www.ersilia.io/donate%E7%BB%99Ersilia%EF%BC%81
镜像拉取方式
您可以使用以下命令拉取该镜像。请将 <标签> 替换为具体的标签版本。如需查看所有可用标签版本，请访问 标签列表页面。
DockerHub 原生拉取命令
docker pull ersiliaos/eos7kpb:<标签>
镜像拉取常见问题
功能
错误码
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oldzhang
运维工程师
Linux服务器
5
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