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ersiliaos
Bioactivity Similarity Index（BSI）是一种机器学习模型，用于识别传统结构相似性指标常遗漏的功能等效分子，可估计两个分子结合相同或相关蛋白受体的概率，助力生物信息学研究与药物发现。
下载次数: 0状态：社区镜像维护者：ersiliaos仓库类型：镜像最近更新：2 个月前
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生物活性相似性指数
生物活性相似性指数（BSI）是一种机器学习模型，旨在识别传统结构相似性指标（如Tanimoto系数）常遗漏的功能等效分子。标准工具因结构重叠低（TC<0.30）无法识别约60%的相似生物活性配体对，而BSI可估计两个分子结合相同或相关蛋白受体的概率，无论其化学支架如何。模型于2026-03-03整合，最后打包于2026-04-22。
信息
标识符
- Ersilia标识符：
eos80k1 - 别名：
bioactivity-similarity-index
领域
- 任务：
Representation（表征） - 子任务：
Featurization（特征化） - 生物医学领域：
Any（通用） - 目标生物：
Any（通用） - 标签：
Embedding（嵌入）、Descriptor（描述符）
输入
- 输入类型：
Compound（化合物） - 输入维度：
1
输出
- 输出维度：
64 - 输出一致性：
Fixed（固定） - 解释：该模板模型的输出应按对应维度含义进行解释。
以下是模型的输出列（显示64列中的10列）：
| 名称 | 类型 | 描述 |
|---|---|---|
| bsi_dim_00 | float | BSI网络嵌入维度0 |
| bsi_dim_01 | float | BSI网络嵌入维度1 |
| bsi_dim_02 | float | BSI网络嵌入维度2 |
| bsi_dim_03 | float | BSI网络嵌入维度3 |
| bsi_dim_04 | float | BSI网络嵌入维度4 |
| bsi_dim_05 | float | BSI网络嵌入维度5 |
| bsi_dim_06 | float | BSI网络嵌入维度6 |
| bsi_dim_07 | float | BSI网络嵌入维度7 |
| bsi_dim_08 | float | BSI网络嵌入维度8 |
| bsi_dim_09 | float | BSI网络嵌入维度9 |
来源与部署
- 来源：
Local（本地） - 来源类型：
External（外部） - DockerHub：https://hub.docker.com/r/ersiliaos/eos80k1
- Docker架构：
AMD64 - S3存储：https://ersilia-models-zipped.s3.eu-central-1.amazonaws.com/eos80k1.zip
资源消耗
- 模型大小（Mb）：
3 - 环境大小（Mb）：
1666 - 镜像大小（Mb）：
1724.56
计算性能（秒）：
- 10个输入：
37.05 - 100个输入：
24.88 - ***个输入：
123.27
参考文献
- 源代码：https://github.com/gschottlender/bioactivity-similarity-index
- 出版物：[***]
- 出版物类型：同行评审
- 出版年份：
2025 - Ersilia贡献者：https://github.com/Marina18
许可证
本包采用https://github.com/ersilia-os/ersilia/blob/master/LICENSE%E8%AE%B8%E5%8F%AF%E8%AF%81%EF%BC%8C%E5%8C%85%E5%86%85%E6%A8%A1%E5%9E%8B%E9%87%87%E7%94%A8MIT%E8%AE%B8%E5%8F%AF%E8%AF%81%E3%80%82
注意：Ersilia直接从原作者处提供模型访问权，若在研究中使用该模型，请参考原始代码仓库和/或出版物。
使用方法
需先安装https://github.com/ersilia-os/ersilia%EF%BC%8C%E5%86%8D%E9%80%9A%E8%BF%87%E4%BB%A5%E4%B8%8B%E5%91%BD%E4%BB%A4%E6%93%8D%E4%BD%9C%E6%A8%A1%E5%9E%8B%EF%BC%9A
bash# 获取模型 ersilia fetch eos80k1 # 启动服务 ersilia serve eos80k1 # 生成3条示例输入 ersilia example -n 3 -f my_input.csv # 运行模型 ersilia run -i my_input.csv -o my_output.csv # 关闭服务 ersilia close
关于Ersilia
[***]
镜像拉取方式
您可以使用以下命令拉取该镜像。请将 <标签> 替换为具体的标签版本。如需查看所有可用标签版本，请访问 标签列表页面。
DockerHub 原生拉取命令
docker pull ersiliaos/eos80k1:<标签>
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功能
错误码
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