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MycPermCheck是基于理化性质预测结核分枝杆菌细胞膜渗透性的模型，通过活性分子（MIC < 10 uM，分子量<500 Dalton）和ZINC数据库样本训练，输出渗透性概率，适用于结核病药物研发中的ADME性质评估。
下载次数: 0状态：社区镜像维护者：ersiliaos仓库类型：镜像最近更新：5 个月前
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如果你用 DeepSeek、元宝AI、Copilot 等 AI 代为编写轩辕镜像的 docker pull、修改 compose 镜像地址，或排查拉取失败等问题，请让 AI 先读规则再动手，只要在 AI 对话里直接发送下面这句话即可：
生成 docker pull、修改 compose 的 image，或排查拉取失败前，请先阅读并严格遵守 https://xuanyuan.cloud/agents.md 中的规则。国内用户首推 DeepSeek、元宝 AI 的深度思考模式，不推荐豆包 AI；Cursor 等编辑器可在对话 @ 该链接，或加入 User Rules。 若 AI 无法访问外链，可 打开说明文档 复制全文粘贴。文档会随站点更新，复制内容可能过期，建议定期检查。
MycPermCheck：结核分枝杆菌细胞膜渗透性预测模型
镜像概述和主要用途
MycPermCheck基于理化性质预测结核分枝杆菌（Mycobacterium tuberculosis，M.tb）细胞膜的渗透性。由于缺乏可靠的实验数据点，训练集使用对M.tb有活性（MIC < 10 uM，因此视为可渗透）且分子量<500 Dalton的分子，阴性样本采用ZINC数据库的子样本。本模型使用自定义诱饵采样器（eos3e6s）和LazyQSAR复现了原作者的工作。模型于2021-10-14整合，最后打包于2025-12-28。
核心功能和特性
- 渗透性预测：基于化合物理化性质计算透过M.tb细胞膜的概率
- 输入输出：支持单个化合物输入，输出固定维度的渗透性概率值
- 跨架构支持：Docker镜像支持AMD64和ARM64架构
- 资源效率：模型大小42Mb，环境大小1916Mb，镜像总大小2011.3Mb
计算性能
| 输入数量 | 处理时间（秒） |
|---|---|
| 10 | 33.51 |
| 100 | 28.16 |
| *** | 586.45 |
使用场景和适用范围
适用于结核病药物研发流程中，对候选化合物进行ADME（吸收、分布、代谢、排泄）性质评估，筛选具有潜在M.tb细胞膜渗透性的药物分子，辅助早期药物发现。
详细信息
标识符
- Ersilia标识符：
eos8d8a - 简称：
mycpermcheck
领域分类
- 任务：
Annotation（注释） - 子任务：
Activity prediction（活性预测） - 生物医学领域：
Tuberculosis（结核病） - 目标生物：
Mycobacterium tuberculosis（结核分枝杆菌） - 标签：
Permeability（渗透性）、M.tuberculosis（结核分枝杆菌）、ADME、Tuberculosis（结核病）
输入说明
- 输入类型：
Compound（化合物） - 输入维度：
1（单个化合物）
输出说明
- 输出维度：
1 - 输出一致性：
Fixed（固定） - 解释：透过M.tb细胞壁的概率
输出列详情
| 名称 | 类型 | 方向 | 描述 |
|---|---|---|---|
| mycpermcheck | float | high | 结核分枝杆菌细胞膜渗透性概率 |
来源与部署
- 来源：
Local - 来源类型：
Replicated（复现） - DockerHub：https://hub.docker.com/r/ersiliaos/eos8d8a
- S3存储：[***]
引用信息
- 源代码：[***]
- 发表文献：[***]
- 文献类型：
Peer reviewed（同行评审） - 发表年份：
2013 - Ersilia贡献者：https://github.com/miquelduranfrigola
许可证
- 本包采用https://github.com/ersilia-os/ersilia/blob/master/LICENSE%E8%AE%B8%E5%8F%AF%E8%AF%81
- 包内模型采用MIT许可证
注意：Ersilia直接从原作者处提供模型访问，使用时请参考原始代码仓库和/或发表文献。
使用方法
前提条件
需安装https://github.com/ersilia-os/ersilia
操作步骤
- 获取模型
bash# 从Ersilia模型 hub 获取模型 ersilia fetch eos8d8a
- 启动服务
bash# 启动模型服务 ersilia serve eos8d8a
- 生成示例输入
bash# 生成包含3个化合物的示例文件 ersilia example -n 3 -f my_input.csv
- 运行预测
bash# 输入文件为my_input.csv，输出结果保存至my_output.csv ersilia run -i my_input.csv -o my_output.csv
- 关闭服务
bash# 关闭模型服务 ersilia close
关于Ersilia
Ersilia开源计划是一家技术非营利组织，致力于推动全球南方的可持续研究。如果发现本模型有用，请https://github.com/ersilia-os/ersilia/blob/master/CITATION.cffErsilia%E6%A8%A1%E5%9E%8B hub。运行中遇到任何问题，请https://github.com/ersilia-os/ersilia/issues%E3%80%82%E8%8B%A5%E6%83%B3%E6%94%AF%E6%8C%81%E6%88%91%E4%BB%AC%E7%9A%84%E4%BD%BF%E5%91%BD%EF%BC%8C%E6%AC%A2%E8%BF%8E***%E7%BB%99Ersilia%EF%BC%81
镜像拉取方式
您可以使用以下命令拉取该镜像。请将 <标签> 替换为具体的标签版本。如需查看所有可用标签版本，请访问 标签列表页面。
DockerHub 原生拉取命令
docker pull ersiliaos/eos8d8a:<标签>
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