ersiliaos/eos8vud
ersiliaos
SQUID是一款用于基于配体的药物设计的3D分子形状生成模型，可根据输入分子的3D形状生成化学多样性的分子，助力药物研发中的分子设计任务。
下载次数: 0状态：社区镜像维护者：ersiliaos仓库类型：镜像最近更新：4 个月前
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SQUID 3D形状生成
SQUID是一款基于配体的药物设计工具，可实现形状条件下的3D分子生成，能为任意分子形状生成化学多样性的分子，形状由输入分子定义。该模型于2024年5月1日纳入Ersilia模型库，最后打包时间为2026年2月13日。
信息
标识符
- Ersilia标识符：
eos8vud - 别名：
squid
领域
- 任务：
采样 - 子任务：
生成 - 生物医学领域：
通用 - 目标生物：
通用 - 标签：
化合物生成
输入
- 输入类型：
化合物 - 输入维度：
1
输出
- 输出维度：
10 - 输出一致性：
可变 - 解释：生成与输入化合物3D形状匹配的分子
以下是模型的输出列：
| 名称 | 类型 | 方向 | 描述 |
|---|---|---|---|
| smi_000 | 字符串 | 使用预训练SQUID模型计算的输入索引 | |
| smi_001 | 字符串 | 使用预训练SQUID模型计算的输入索引 | |
| smi_002 | 字符串 | 使用预训练SQUID模型计算的输入索引 | |
| smi_003 | 字符串 | 使用预训练SQUID模型计算的输入索引 | |
| smi_004 | 字符串 | 使用预训练SQUID模型计算的输入索引 | |
| smi_005 | 字符串 | 使用预训练SQUID模型计算的输入索引 | |
| smi_006 | 字符串 | 使用预训练SQUID模型计算的输入索引 | |
| smi_007 | 字符串 | 使用预训练SQUID模型计算的输入索引 | |
| smi_008 | 字符串 | 使用预训练SQUID模型计算的输入索引 | |
| smi_009 | 字符串 | 使用预训练SQUID模型计算的输入索引 |
来源与部署
- 来源：
本地 - 来源类型：
外部 - DockerHub：https://hub.docker.com/r/ersiliaos/eos8vud
- Docker架构：
AMD64、ARM64 - S3存储：https://ersilia-models-zipped.s3.eu-central-1.amazonaws.com/eos8vud.zip
资源消耗
- 模型大小（Mb）：
371 - 环境大小（Mb）：
2594 - 镜像大小（Mb）：
1095.44
计算性能（秒）：
- 10个输入：
31.49 - 100个输入：
1551.03 - ***个输入：
-1（表示未测试）
参考文献
- 源码：https://github.com/keiradams/SQUID
- 出版物：https://arxiv.org/abs/2210.04893
- 出版物类型：
同行评审 - 出版年份：
2022 - Ersilia贡献者：https://github.com/miquelduranfrigola
许可证
本包采用https://github.com/ersilia-os/ersilia/blob/master/LICENSE%E8%AE%B8%E5%8F%AF%E8%AF%81%E3%80%82%E5%8C%85%E5%86%85%E5%8C%85%E5%90%AB%E7%9A%84%E6%A8%A1%E5%9E%8B%E9%87%87%E7%94%A8MIT%E8%AE%B8%E5%8F%AF%E8%AF%81%E3%80%82
注意：Ersilia直接从原作者处提供模型的访问权限，若在研究中使用该模型，请参考原始代码仓库和/或出版物。
使用方法
要在本地使用该模型，需安装https://github.com/ersilia-os/ersilia%E3%80%82%E5%8F%AF%E9%80%9A%E8%BF%87%E4%BB%A5%E4%B8%8B%E5%91%BD%E4%BB%A4**%E8%8E%B7%E5%8F%96**%E6%A8%A1%E5%9E%8B%EF%BC%9A
bash# 从Ersilia模型库获取模型 ersilia fetch eos8vud
然后，可按以下步骤服务、运行和关闭模型：
bash# 启动模型服务 ersilia serve eos8vud # 生成示例文件 ersilia example -n 3 -f my_input.csv # 运行模型 ersilia run -i my_input.csv -o my_output.csv # 关闭模型服务 ersilia close
关于Ersilia
[***]
镜像拉取方式
您可以使用以下命令拉取该镜像。请将 <标签> 替换为具体的标签版本。如需查看所有可用标签版本，请访问 标签列表页面。
DockerHub 原生拉取命令
docker pull ersiliaos/eos8vud:<标签>
镜像拉取常见问题
功能
错误码
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