ersiliaos/eos96ia
ersiliaos
基于消息传递图神经网络(MPGNN)和前向全连接神经网络(FNN)的MolGrad模型，结合集成梯度可解释AI方法，用于预测分子被CYP3A4代谢的概率（阈值10 uM），训练数据来自ChEMBL的CYP450 3A4抑制剂和非抑制剂数据集，具备预测结果解释功能。
下载次数: 0状态：社区镜像维护者：ersiliaos仓库类型：镜像最近更新：3 个月前
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MolGrad: CYP3A4代谢预测模型
镜像概述和主要用途
MolGrad模型通过结合消息传递图神经网络(MPGNN)和前向全连接神经网络(FNN)，并集成梯度可解释人工智能(XAI)方法开发而成，用于ADME（吸收、分布、代谢、排泄）预测任务。该模型针对CYP450 3A4抑制剂（标签0）和非抑制剂（标签1）的ChEMBL数据集进行训练，能够预测分子被CYP3A4代谢的概率，并提供可解释性特征以辅助预测结果的解读。模型于2021-10-19整合，最后打包于2026-03-20。
核心功能和特性
- 可解释性：集成梯度XAI方法，提供预测结果的解释功能
- 预测能力：输出分子被CYP3A4代谢的概率（阈值10 uM）
- 模型架构：融合MPGNN和FNN，处理化学分子图结构数据
- 固定输出：输出维度固定为1，结果一致性高
使用场景和适用范围
- 生物医学领域：ADMET（药物吸收、分布、代谢、排泄和毒性）研究
- 任务类型：化合物活性预测，特别是CYP450 3A4相关的代谢预测
- 目标对象：人类（Homo sapiens）相关的药物研发和化合物筛选
详细信息
标识符
- Ersilia标识符：
eos96ia - Slug：
molgrad-cyp3a4
输入输出说明
输入
- 输入类型：
Compound（化合物） - 输入维度：
1（单化合物输入）
输出
- 输出维度：
1 - 输出一致性：
Fixed（固定） - 解释：分子被CYP3A4代谢的概率（阈值：10 uM）
输出列详情：
| 名称 | 类型 | 方向 | 描述 |
|---|---|---|---|
| cyp3a4_proba | float | high | CYP3A4抑制概率 |
资源消耗
- 模型大小：17 Mb
- 环境大小：2415 Mb
- 镜像大小：2399.22 Mb
计算性能（秒）：
- 10个输入：30.2
- 100个输入：22.04
- ***个输入：222.14
部署信息
- 来源：
Local - 来源类型：
External - DockerHub：https://hub.docker.com/r/ersiliaos/eos96ia
- Docker架构：
AMD64 - S3存储：https://ersilia-models-zipped.s3.eu-central-1.amazonaws.com/eos96ia.zip
使用方法和配置说明
前提条件
需安装https://github.com/ersilia-os/ersilia%E5%B7%A5%E5%85%B7%E3%80%82
操作步骤
-
获取模型
bash# 从Ersilia模型 hub 获取模型 ersilia fetch eos96ia -
启动服务
bash# 启动模型服务 ersilia serve eos96ia -
生成示例输入
bash# 生成包含3个化合物的示例输入文件 ersilia example -n 3 -f my_input.csv -
运行预测
bash# 输入文件为my_input.csv，输出结果保存至my_output.csv ersilia run -i my_input.csv -o my_output.csv -
关闭服务
bash# 关闭模型服务 ersilia close
引用和许可证
引用信息
- 源代码：https://github.com/josejimenezluna/molgrad/
- 学术论文：https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jcim.0c01344
- 发表类型：同行评审
- 发表年份：2021
- Ersilia贡献者：https://github.com/miquelduranfrigola
许可证
- 本包采用https://github.com/ersilia-os/ersilia/blob/master/LICENSE%E8%AE%B8%E5%8F%AF%E8%AF%81
- 包内模型采用AGPL-3.0-only许可证
注意：Ersilia提供的模型直接来自原作者，"按原样"提供。使用模型进行研究时，请参考原始代码仓库和/或学术论文。
关于Ersilia
[***] hub。运行过程中遇到任何问题，请https://github.com/ersilia-os/ersilia/issues%E3%80%82%E5%A6%82%E6%9E%9C%E6%82%A8%E6%83%B3%E4%B8%BA%E6%88%91%E4%BB%AC%E7%9A%84%E4%BD%BF%E5%91%BD%E5%81%9A%E5%87%BA%E8%B4%A1%E7%8C%AE%EF%BC%8C%E6%AC%A2%E8%BF%8E%E8%80%83%E8%99%91https://www.ersilia.io/donate%E7%BB%99Ersilia%EF%BC%81
镜像拉取方式
您可以使用以下命令拉取该镜像。请将 <标签> 替换为具体的标签版本。如需查看所有可用标签版本，请访问 标签列表页面。
DockerHub 原生拉取命令
docker pull ersiliaos/eos96ia:<标签>
镜像拉取常见问题
功能
错误码
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运维工程师
Linux服务器
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