ersiliaos/eos9ivc
ersiliaos
预测小分子对抗结核分枝杆菌的活性，基于Seattle Childrens提供的数据，使用LazyQSAR训练，3折交叉验证AUROC>0.8，输出MIC50、MIC90和全细胞测定的抑制概率。
下载次数: 0状态：社区镜像维护者：ersiliaos仓库类型：镜像最近更新：1 个月前
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抗结核活性预测模型
镜像概述和主要用途
该Docker镜像提供抗结核分枝杆菌小分子活性预测功能，由Ersilia基于Seattle Childrens（Tanya Parish博士研究组）提供的数据开发。模型通过单点滴定实验（***个分子）和MIC50/MIC90实验（259个化合物）训练，采用LazyQSAR方法构建，3折交叉验证AUROC>0.8。模型于2023-11-24整合，最后打包时间为2026-05-23。
核心功能和特性
- 精准预测：输出小分子对结核分枝杆菌的体外抑制概率，包括MIC50、MIC90和全细胞测定结果
- 高性能模型：3折交叉验证AUROC>0.8，确保预测可靠性
- 标准化输出：固定3维输出，包含明确的生物学解释
- 轻量级部署：模型大小仅7Mb，便于本地和云端部署
使用场景和适用范围
- 药物研发：筛选具有抗结核活性的候选小分子化合物
- 学术研究：结核分枝杆菌相关的药理学和微生物学研究
- 高通量筛选：支持批量化合物活性评估，适用于药物发现早期阶段
详细信息
标识符
- Ersilia标识符：
eos9ivc - 别名：
anti-mtb-seattle
领域信息
- 任务：
注释 - 子任务：
活性预测 - 生物医学领域：
结核病 - 目标生物：
结核分枝杆菌 - 标签：
抗菌活性,MIC90
输入信息
- 输入类型：
化合物 - 输入维度：
1（单个化合物）
输出信息
- 输出维度：
3 - 输出一致性：
固定 - 解释：在cutoff值10μM和70%时，分别对应MIC50、MIC90和全细胞测定中结核分枝杆菌的体外抑制概率
输出列详情：
| 名称 | 类型 | 方向 | 描述 |
|---|---|---|---|
| wcs_70percent | 浮点数 | 高 | 全细胞筛选（WCS）中70%结核分枝杆菌生长抑制概率 |
| mic50_10um | 浮点数 | 高 | MIC50为10μM时结核分枝杆菌生长抑制概率 |
| mic90_10um | 浮点数 | 高 | MIC90为10μM时结核分枝杆菌生长抑制概率 |
来源和部署
- 来源：
本地 - 来源类型：
内部 - DockerHub：https://hub.docker.com/r/ersiliaos/eos9ivc
- Docker架构：
AMD64 - S3存储：https://ersilia-models-zipped.s3.eu-central-1.amazonaws.com/eos9ivc.zip
资源消耗
- 模型大小（Mb）：
7 - 环境大小（Mb）：
1982 - 镜像大小（Mb）：
2013.23
计算性能（秒）：
- 10个输入：
35.14 - 100个输入：
29.97 - ***个输入：
687.77
参考文献
- 源代码：https://github.com/ersilia-os/lazy-qsar
- 出版物：https://doi.org/10.1371/journal.pone.0205479
- 出版物类型：
同行评审 - 出版年份：
2019 - Ersilia贡献者：https://github.com/GemmaTuron
许可证
本包采用https://github.com/ersilia-os/ersilia/blob/master/LICENSE%E8%AE%B8%E5%8F%AF%E8%AF%81%E3%80%82%E5%8C%85%E4%B8%AD%E5%8C%85%E5%90%AB%E7%9A%84%E6%A8%A1%E5%9E%8B%E9%87%87%E7%94%A8GPL-3.0-or-later%E8%AE%B8%E5%8F%AF%E8%AF%81%E3%80%82
注意：Ersilia直接从原作者提供模型，"按原样"授予访问权限。如果在研究中使用该模型，请参考原始代码仓库和/或出版物。
使用方法和配置说明
前提条件
本地使用需安装https://github.com/ersilia-os/ersilia%E3%80%82
基本使用流程
获取模型
bash# 从Ersilia模型中心获取模型 ersilia fetch eos9ivc
服务管理与运行
bash# 启动模型服务 ersilia serve eos9ivc # 生成示例输入文件（3个化合物） ersilia example -n 3 -f my_input.csv # 运行模型，输入文件为my_input.csv，输出结果到my_output.csv ersilia run -i my_input.csv -o my_output.csv # 关闭模型服务 ersilia close
Docker部署示例
拉取镜像
bashdocker pull docker.xuanyuan.run/ersiliaos/eos9ivc
运行容器
bashdocker run -it --rm docker.xuanyuan.run/ersiliaos/eos9ivc
关于Ersilia
[***]
镜像拉取方式
您可以使用以下命令拉取该镜像。请将 <标签> 替换为具体的标签版本。如需查看所有可用标签版本，请访问 标签列表页面。
DockerHub 原生拉取命令
docker pull ersiliaos/eos9ivc:<标签>
镜像拉取常见问题
功能
错误码
用户好评
来自真实用户的反馈，见证轩辕镜像的优质服务
oldzhang
运维工程师
Linux服务器
5
"Docker访问体验非常流畅，大镜像也能快速完成下载。"