getwilds/consensus
getwilds
这是FH DaSL的WILDS项目中用于运行ConsensusVariants R脚本的Docker镜像，可从多个变异调用工具生成基因组数据的共识变异调用结果。
下载次数: 0状态：社区镜像维护者：getwilds仓库类型：镜像最近更新：11 个月前
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consensus
本目录包含ConsensusVariants的Docker镜像，这是一个基于R的工具包，用于在基因组数据分析中从多个变异调用工具生成共识变异调用结果。
可用版本
latest（https://github.com/getwilds/wilds-docker-library/blob/main/consensus/Dockerfile_latest | https://github.com/getwilds/wilds-docker-library/blob/main/consensus/CVEs_latest.md）0.1.1（https://github.com/getwilds/wilds-docker-library/blob/main/consensus/Dockerfile_0.1.1 | https://github.com/getwilds/wilds-docker-library/blob/main/consensus/CVEs_0.1.1.md）
镜像详情
这些Docker镜像基于Rocker/tidyverse:3.6.0基础镜像构建，包含：
- ConsensusVariants v0.1.1：用于从多个调用工具生成共识变异调用的R脚本
- Tidyverse R包：一系列用于数据科学和分析的R包
- consensus-trio-unpaired.R：处理未配对变异数据的脚本
该镜像旨在提供稳定的R环境，包含运行ConsensusVariants脚本所需的所有依赖项。
使用方法
Docker
bashdocker pull docker.xuanyuan.run/getwilds/consensus:latest # 或 docker pull docker.xuanyuan.run/getwilds/consensus:0.1.1 # 也可从GitHub容器 registry 拉取 docker pull ***-ghcr.xuanyuan.run/getwilds/consensus:latest
Singularity/Apptainer
bashapptainer pull docker://getwilds/consensus:latest # 或 apptainer pull docker://getwilds/consensus:0.1.1 # 也可从GitHub容器 registry 拉取 apptainer pull docker://ghcr.io/getwilds/consensus:latest
示例命令
bash# Docker docker run --rm -v /path/to/data:/data docker.xuanyuan.run/getwilds/consensus:latest Rscript /consensus-trio-unpaired.R --caller1_vcf /data/caller1.vcf --caller2_vcf /data/caller2.vcf --caller3_vcf /data/caller3.vcf --output_vcf /data/consensus.vcf # Apptainer apptainer run --bind /path/to/data:/data docker://getwilds/consensus:latest Rscript /consensus-trio-unpaired.R --caller1_vcf /data/caller1.vcf --caller2_vcf /data/caller2.vcf --caller3_vcf /data/caller3.vcf --output_vcf /data/consensus.vcf # Apptainer（本地SIF文件） apptainer run --bind /path/to/data:/data consensus_latest.sif Rscript /consensus-trio-unpaired.R --caller1_vcf /data/caller1.vcf --caller2_vcf /data/caller2.vcf --caller3_vcf /data/caller3.vcf --output_vcf /data/consensus.vcf
安全特性
consensus Docker镜像包含以下安全特性：
- 基于稳定的Rocker/tidyverse R环境
- 特定版本的ConsensusVariants仓库检出
- 仅安装必要依赖的最小化配置
安全扫描与漏洞（CVE）
这些镜像定期通过Docker Scout进行漏洞扫描。但由于生物信息学软件及其依赖的特性，部分镜像可能包含已知漏洞组件。
风险提示：尽管我们努力减少安全问题，但这些镜像主要用于受控环境中的研究和分析工作流，请自行评估风险后使用。
关于该镜像的最新安全信息，请查看https://github.com/getwilds/wilds-docker-library/tree/main/consensus中的`CVEs_*.md`文件，这些文件通过GitHub Actions工作流自动更新。若对特定漏洞有疑问，请在GitHub仓库中提交https://github.com/getwilds/wilds-docker-library/issues并注明需解决的CVE编号。
Dockerfile结构
Dockerfile遵循以下主要步骤：
- 使用Rocker/tidyverse:3.6.0作为基础镜像（提供R 3.6.0及tidyverse包）
- 添加文档和归属相关的元数据标签
- 设置Git SSL验证以适应安全环境
- 克隆特定版本标签的ConsensusVariants仓库
- 提取变异处理所需的R脚本
- 清理冗余文件以最小化镜像大小
源码仓库
这些Dockerfile维护在https://github.com/getwilds/wilds-docker-library仓库中。
镜像拉取方式
您可以使用以下命令拉取该镜像。请将 <标签> 替换为具体的标签版本。如需查看所有可用标签版本，请访问 标签列表页面。
轩辕镜像加速拉取命令点我查看更多 consensus 镜像标签
docker pull docker.xuanyuan.run/getwilds/consensus:<标签>
DockerHub 原生拉取命令
docker pull getwilds/consensus:<标签>
镜像拉取常见问题
功能
错误码
用户好评
来自真实用户的反馈，见证轩辕镜像的优质服务
oldzhang
运维工程师
Linux服务器
5
"Docker访问体验非常流畅，大镜像也能快速完成下载。"
