iarcbioinfo/table_annovar-nf
iarcbioinfo
包含table_annovar-nf所需依赖的容器，支持通过Nextflow pipeline利用Annovar对变异文件进行注释。
下载次数: 0状态：社区镜像维护者：iarcbioinfo仓库类型：镜像最近更新：6 年前
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table_annovar-nf
基于Nextflow的Annovar变异注释 pipeline
概述
本镜像包含table_annovar-nf所需的全部依赖，支持运行基于Nextflow的pipeline，利用Annovar工具对变异文件（如VCF格式）进行注释分析。
核心功能
- 批量处理文件夹中的VCF文件，执行table_annovar.pl注释流程
- 生成标准化的Annovar注释表格
- 可选输出压缩并索引的注释VCF文件
- 支持自定义注释数据库、基因组版本及参数配置
使用场景
适用于生物信息学研究场景，如疾病相关变异的功能注释、人群频率分析、临床变异解读等，帮助科研人员快速处理基因组变异数据。
配置说明
依赖要求
- 基于https://www.nextflow.io框架，需参考https://github.com/IARCbioinfo/IARC-nf仓库完成Nextflow的安装与基础配置。
- 外部软件依赖：
- Annovar：核心注释工具
- http://samtools.github.io/bcftools/bcftools.html：VCF格式文件处理（仅当输入为VCF时使用）
注意：annotate_variation.pl脚本需在环境变量PATH中；使用conda/docker/singularity profile时，bcftools会自动加入PATH，但annotate_variation.pl需手动配置。
输入参数
| 名称 | 描述 |
|---|---|
--table_folder | 待处理变异文件所在的文件夹 |
可选配置参数
| 名称 | 默认值 | 描述 |
|---|---|---|
--output_folder | . | 结果输出目录 |
--annovar_params | 见下文 | 传递给table_annovar.pl的注释参数 |
--cpu | 1 | 运行使用的CPU核心数 |
--mem | 4 | 内存占用（GB） |
--annovar_db | Annovar_db | Annovar注释数据库目录 |
--buildver | hg38 | 参考基因组版本 |
--table_extension | tsv | 输入文件扩展名 |
默认注释参数：-remove -protocol ensGene,exac03nontcga,esp6500siv2_all,1000g2015aug_all,gnomad211_genome,gnomad211_exome,clinvar_20190305,revel,dbnsfp35a,dbnsfp31a_interpro,intervar_20180118,cosmic84_coding,cosmic84_noncoding,avsnp150,phastConsElements100way,wgRna -operation g,f,f,f,f,f,f,f,f,f,f,f,f,f,r,r -otherinfo，需确保对应数据库已安装。
标志参数
| 名称 | 描述 |
|---|---|
--help | 显示帮助信息 |
部署示例
bash# 使用singularity运行 nextflow run iarcbioinfo/table_annovar-nf -r v1.0 -profile singularity --table_folder VCF/ --table_extension vcf # 使用docker运行 nextflow run iarcbioinfo/table_annovar-nf -r v1.0 -profile docker --table_folder VCF/ --table_extension vcf
输出结果
| 类型 | 描述 |
|---|---|
| file_multianno.txt | Annovar标准注释表格 |
| file_multianno.vcf.gz及索引文件 | （可选）压缩并索引的注释VCF文件 |
注释格式详情参考Annovar官方文档。
贡献者
| 姓名 | *** | 描述 |
|---|---|---|
| Nicolas Alcala* | *** | 技术支持联系人 |
| Tiffany Delhomme | *** | 开发者 |
镜像拉取方式
您可以使用以下命令拉取该镜像。请将 <标签> 替换为具体的标签版本。如需查看所有可用标签版本，请访问 标签列表页面。
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docker pull docker.xuanyuan.run/iarcbioinfo/table_annovar-nf:<标签>
DockerHub 原生拉取命令
docker pull iarcbioinfo/table_annovar-nf:<标签>
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