iarcbioinfo/vcf_normalization-nf
iarcbioinfo
该镜像包含VCF归一化Nextflow管道的依赖，用于对压缩VCF文件进行分解多等位基因位点、左对齐、归一化、排序及去重等标准化处理。
下载次数: 0状态：社区镜像维护者：iarcbioinfo仓库类型：镜像最近更新：6 年前
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vcf_normalization-nf镜像
镜像概述
该镜像提供运行vcf_normalization-nf Nextflow管道所需的依赖环境，针对压缩VCF（Variant Call Format）文件执行标准化处理，确保变异数据格式一致，为后续基因组变异分析提供可靠输入。
核心功能
- 可选：通过bcftools过滤带指定标记（如PASS）的变异
- 拆分多等位基因位点为双等位基因记录，并完成左对齐与归一化
- 对处理后的VCF文件排序
- 去除重复记录并重新压缩为gzip格式
使用场景
适用于生物信息学研究中，对基因组变异检测生成的VCF文件进行预处理，支持后续变异注释、关联分析等步骤的标准化数据需求。
配置说明
输入
| 名称 | 描述 |
|---|---|
--vcf_folder | 存放压缩VCF文件（*.vcf.gz）的文件夹 |
参数
必选参数
| 名称 | 示例值 | 描述 |
|---|---|---|
--ref | /path/to/ref.fasta | 已索引的参考基因组FASTA文件 |
可选参数
| 名称 | 默认值 | 描述 |
|---|---|---|
--output_folder | normalized_VCF/ | 输出归一化VCF文件的文件夹 |
--filter_opt | -f PASS | bcftools过滤选项 |
--cpu | 2 | 所用CPU数量 |
--mem | 8 | 所用内存大小（GB） |
注意：默认过滤带PASS标记的变异，若需关闭过滤，使用
--filter_opt " "。
标志参数
| 名称 | 描述 |
|---|---|
--help | 显示帮助信息 |
Docker部署示例
使用Nextflow结合Docker运行管道：
bashnextflow run iarcbioinfo/vcf_normalization-nf -r v1.1 -profile docker --vcf_folder VCF/ --ref ref.fasta
输出
| 类型 | 描述 |
|---|---|
| VCF.gz、VCF.gz.tbi | 归一化后的压缩VCF文件及索引 |
贡献者
| 姓名 | *** | 描述 |
|---|---|---|
| Nicolas Alcala* | *** | 技术支持联系人 |
| Tiffany Delhomme | *** | 开发者 |
| ===END=== |
镜像拉取方式
您可以使用以下命令拉取该镜像。请将 <标签> 替换为具体的标签版本。如需查看所有可用标签版本，请访问 标签列表页面。
轩辕镜像加速拉取命令点我查看更多 vcf_normalization-nf 镜像标签
docker pull docker.xuanyuan.run/iarcbioinfo/vcf_normalization-nf:<标签>
DockerHub 原生拉取命令
docker pull iarcbioinfo/vcf_normalization-nf:<标签>
镜像拉取常见问题
功能
错误码
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oldzhang
运维工程师
Linux服务器
5
"Docker访问体验非常流畅，大镜像也能快速完成下载。"