mgibio/agfusion

AGFusion Docker镜像文档

镜像概述

本Docker镜像为不再维护的AGFusion项目（原仓库：https://github.com/murphycj/AGFusion%EF%BC%89%E6%8F%90%E4%BE%9B%E8%A1%A5%E4%B8%81%E6%94%AF%E6%8C%81%EF%BC%8C%E4%BD%BF%E5%85%B6%E8%83%BD%E5%A4%9F%E5%85%BC%E5%AE%B9%E6%96%B0%E7%89%88%E6%9C%ACSTAR-fusion%E7%9A%84%E8%BE%93%E5%87%BA%E7%BB%93%E6%9E%9C%EF%BC%8C%E5%B9%B6%E6%94%AF%E6%8C%81%E4%BD%BF%E7%94%A8%E6%9B%B4%E6%96%B0%E7%9A%84Ensembl%E6%95%B0%E6%8D%AE%E5%BA%93%E7%89%88%E6%9C%AC%E3%80%82%E9%95%9C%E5%83%8F%E5%86%85%E7%BD%AE%E4%BA%BA%E7%B1%BB%E5%92%8C%E5%B0%8F%E9%BC%A0%E7%9A%84pyensembl%E5%8F%8Aagfusion%E6%95%B0%E6%8D%AE%E5%BA%93%EF%BC%8C%E9%95%9C%E5%83%8F%E6%A0%87%E7%AD%BE%E7%9B%B4%E6%8E%A5%E5%AF%B9%E5%BA%94%E6%9E%84%E5%BB%BA%E8%BF%99%E4%BA%9B%E6%95%B0%E6%8D%AE%E5%BA%93%E6%89%80%E4%BD%BF%E7%94%A8%E7%9A%84Ensembl%E7%89%88%E6%9C%AC%E3%80%82%E6%BA%90%E4%BB%A3%E7%A0%81%E4%BB%93%E5%BA%93%EF%BC%88https://github.com/genome/AGFusion%EF%BC%89%E7%9A%84%E5%88%86%E6%94%AF%E5%90%8D%E7%A7%B0%E4%B8%8E%E9%95%9C%E5%83%8F%E6%A0%87%E7%AD%BE%E4%B8%80%E4%B8%80%E5%AF%B9%E5%BA%94%E3%80%82

核心功能与特性

• 补丁支持：针对AGFusion的功能修复，使其可接受新版本STAR-fusion的输出数据
• 数据库集成：内置人类和小鼠的pyensembl数据库及agfusion数据库，无需额外下载
• 版本对应：镜像标签明确指示构建数据库所用的Ensembl版本，便于版本管理
• 兼容性提升：支持使用更新的Ensembl数据库版本，满足最新基因组分析需求

使用场景与适用范围

• 基因融合事件分析流程中，需要使用AGFusion工具处理STAR-fusion输出结果的场景
• 需基于最新Ensembl数据库版本进行基因融合注释的科研或临床分析
• 人类和小鼠基因组的基因融合可视化与注释工作

使用方法与配置说明

镜像拉取

根据所需的Ensembl版本，通过以下命令拉取对应标签的镜像：

bash
docker pull docker.xuanyuan.run/genome/agfusion:${ensembl_version}

其中 ${ensembl_version} 为具体的Ensembl版本号（如105），需与源代码仓库的分支名称对应。

容器运行

基本运行命令示例：

bash
docker run -it --rm -v /path/to/input:/input -v /path/to/output:/output docker.xuanyuan.run/genome/agfusion:${ensembl_version} agfusion \
  --fusions /input/fusions.tsv \
  --output /output/agfusion_results \
  --species human \  # 或 mouse
  --ensembl ${ensembl_version}

参数说明

• --fusions：STAR-fusion输出的融合结果文件路径（需挂载到容器内）
• --output：AGFusion分析结果输出目录（需挂载到容器内）
• --species：指定物种，支持human（人类）或mouse（小鼠）
• --ensembl：指定Ensembl版本号，需与镜像标签一致

数据持久化

通过 -v 参数挂载本地目录至容器内，实现输入数据读取和输出结果保存，避免容器内数据丢失。

版本对应关系

镜像标签与源代码仓库分支名称及Ensembl版本一一对应，例如：

• 镜像标签 105 对应源代码仓库 ensembl105 分支，使用Ensembl 105版本数据库
• 镜像标签 102 对应源代码仓库 ensembl102 分支，使用Ensembl 102版本数据库

具体可用版本请参考源代码仓库分支列表。