mgibio/annotation_table-cwl

镜像概述

该Docker镜像提供了Python运行环境及配套的Python辅助脚本，专门设计用于支持CWL（Common Workflow Language）工作流的执行。通过预配置的Python环境和辅助脚本，简化工作流中需要Python处理的任务实现与集成。

核心功能和特性

• 内置完整Python运行环境，无需额外安装Python及基础依赖
• 包含专用Python辅助脚本，支持CWL工作流中的常见任务处理
• 轻量级设计，镜像体积优化，适合集成到各类CWL工作流管道
• 与CWL标准完全兼容，可直接作为工作流步骤组件使用

使用场景和适用范围

• CWL工作流中需要Python脚本处理的任务环节
• 自动化数据处理、格式转换或简单分析的工作流步骤
• 需要标准化Python执行环境的可重复工作流场景
• 作为CWL工作流中的辅助工具容器使用

使用方法和配置说明

基本使用（Docker Run）

直接运行镜像中的辅助脚本：

bash
docker run --rm [镜像名称] python /path/to/helper_script.py [脚本参数]

在CWL工作流中集成

示例CWL命令行工具描述（command-line-tool.cwl）：

yaml
cwlVersion: v1.2
class: CommandLineTool
baseCommand: python
arguments: ["/path/to/helper_script.py"]  # 辅助脚本在镜像内的路径
inputs:
  input_file:
    type: File
    inputBinding:
      position: 1  # 作为脚本的第一个参数传入
outputs:
  result_file:
    type: File
    outputBinding:
      glob: "output_result.txt"  # 脚本输出文件
requirements:
  DockerRequirement:
    dockerPull: [镜像名称]  # 指定使用此镜像

配置说明

• 辅助脚本路径：默认位于镜像内/path/to/helper_script.py（具体路径需根据实际镜像定义调整）
• 脚本参数：根据辅助脚本功能需求传递相应参数，参数说明请参考脚本内部文档
• 环境变量：如需自定义配置，可通过-e参数传递环境变量，具体支持的环境变量请参考镜像详细说明