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nfcore/eager
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nf-core/eager的Docker镜像，提供基于Nextflow的古DNA和现代DNA NGS数据分析最佳实践流程，支持从原始数据预处理、映射到质量控制的完整分析，包含古DNA损伤模式分析等特有功能，确保结果高度可重复。
1 次收藏下载次数: 0状态：社区镜像维护者：nfcore仓库类型：镜像最近更新：1 年前
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nf-core/eager Docker镜像文档
概述和主要用途
nf-core/eager是一个基于Nextflow的生物信息学最佳实践分析流程，专为NGS测序的古DNA（aDNA）和现代DNA数据分析设计。该流程支持从原始FASTQ文件或预处理BAM文件输入开始，进行序列比对、广泛的通用NGS和aDNA特异性质量控制，并生成全面的分析结果。通过Docker容器化部署，确保安装简便且结果高度可重复。
核心功能和特性
默认分析步骤
流程默认执行以下步骤：
- 参考基因组索引创建：为映射生成参考基因组索引（
bwa、samtools和picard） - 测序质量控制：使用
FastQC进行测序数据质量评估 - 测序接头去除与双端数据合并：通过
AdapterRemoval完成接头去除及双端数据合并 - 序列映射：使用
bwa aln、bwa mem或CircularMapper将 reads 映射到参考基因组 - 映射后处理：使用
samtools进行映射后处理、统计及BAM格式转换 - 古DNA损伤模式可视化：通过
DamageProfiler分析C-to-T损伤模式 - PCR重复序列去除：使用
DeDup或MarkDuplicates去除PCR重复 - 映射后统计与BAM质量控制：通过
Qualimap进行BAM质量评估 - 文库复杂度估计：使用
preseq评估文库复杂度 - 流程统计汇总：通过
MultiQC生成整体流程统计摘要
附加功能
流程还包含以下附加功能：
预处理
- Illumina双色测序仪poly-G尾去除：使用
fastp去除poly-G尾 - 未映射reads自动转换为FASTQ：通过
samtools实现 - 宿主DNA剥离：从输入FASTQ文件中去除宿主DNA（适用于敏感样本）
aDNA损伤处理
- 损伤去除/裁剪：针对UDG+/UDG-half处理方案，使用
BamUtil进行损伤去除或裁剪 - 损伤reads提取与评估：通过
PMDTools提取并评估损伤reads
基因分型
- VCF基因分型文件创建：使用
GATK UnifiedGenotyper、GATK HaplotypeCaller或FreeBayes生成VCF文件 - 共识序列FASTA创建：通过
VCF2Genome生成共识序列 - SNP表格生成：使用
MultiVCFAnalyzer生成SNP表格
生物学信息分析
- 线粒体与核基因组reads比例计算：通过
MtNucRatioCalculator实现 - 人类样本性别鉴定：使用
SexDetErrmine进行统计学性别判定
宏基因组筛选
- 基于比对的分类学分箱：使用
MALT进行分类学分箱 - 无比对分类学分箱：通过
Kraken2实现无比对分类学分箱 - MALT分箱数据的aDNA特征筛选：使用
MaltExtract分析MALT分箱数据的aDNA特征
使用场景和适用范围
适用于古DNA和现代DNA的NGS测序数据分析，尤其适合需要进行全面预处理、高精度序列映射、古DNA特异性损伤分析及多维度质量控制的研究场景。可广泛应用于古基因组学、进化生物学、人类学及相关领域的科研项目。
使用方法和配置说明
快速开始
1. 安装Nextflow
确保安装Nextflow（版本≥19.10.0）：
bash# 安装Nextflow（Linux/macOS） curl -s https://get.nextflow.io | bash # 将Nextflow添加到环境变量（或移动至PATH目录） chmod +x nextflow mv nextflow ~/bin/ # 假设~/bin在PATH中
2. 安装容器环境
选择以下一种容器环境安装：
- Docker：参考Docker官方安装文档
- Singularity：参考Singularity官方文档
- Conda：参考Conda安装文档
3. 拉取EAGER流程
bashnextflow pull nf-core/eager
4. 测试流程
使用提供的测试数据验证流程运行：
bashnextflow run nf-core/eager -profile <docker/singularity/conda>,test # 替换<docker/singularity/conda>为实际使用的容器环境，如使用Docker则为docker
5. 运行实际数据分析
bashnextflow run nf-core/eager -profile <docker/singularity/conda> \ --input '*_R{1,2}.fastq.gz' \ # 输入FASTQ文件（支持通配符） --fasta '<your_reference>.fasta' # 参考基因组FASTA文件路径
6. 清理中间文件
流程成功运行后，清理中间文件以释放空间：
bashnextflow clean -f -k
结果查看
分析结果汇总报告（MultiQC报告）位于路径：./results/MultiQC/multiqc_report.html，可通过浏览器打开查看整体质量控制和分析统计结果。
文档与支持
完整文档位于项目docs/目录或nf-core官方主页，包含：
- Nextflow安装指南
- 流程配置（安装、自定义系统配置、参考基因组设置）
- 运行流程详细说明
- 输出结果解释
- 代码贡献指南
- 故障排除建议
如需支持，可通过nf-core Slack频道获取帮助。
镜像拉取方式
您可以使用以下命令拉取该镜像。请将 <标签> 替换为具体的标签版本。如需查看所有可用标签版本，请访问 标签列表页面。
DockerHub 原生拉取命令
docker pull nfcore/eager:<标签>
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oldzhang
运维工程师
Linux服务器
5
"Docker访问体验非常流畅，大镜像也能快速完成下载。"