nfcore/methylseq

nf-core/methylseq

镜像概述和主要用途

nf-core/methylseq是一个用于甲基化（亚硫酸氢盐）测序数据的生物信息学分析管道。它从FastQ输入预处理原始数据，比对reads，并对结果进行全面的质量控制。该管道基于Nextflow构建，这是一个工作流工具，可在多种计算基础设施上以高度可移植的方式运行任务。它配备Docker容器，使安装变得简单，结果具有高度可重复性。

核心功能和特性

支持的分析工作流

管道允许选择两种工作流：

• Bismark工作流（默认，使用bowtie2进行比对）
• bwa-meth工作流（使用bwa-meth和MethylDackel）

通过--aligner参数选择工作流：--aligner bismark（默认）、--aligner bismark_hisat或--aligner bwameth。

主要分析步骤对比

使用场景和适用范围

适用于甲基化测序数据的标准化分析，包括但不限于：

• 全基因组甲基化测序（WGBS）数据处理
• 靶向甲基化测序数据分析
• 需要可重复、标准化流程的甲基化研究
• 多样本甲基化数据的批量处理和质量控制

使用方法和配置说明

快速开始

1. 安装Nextflow（版本≥20.04.0）

2. 安装以下任一容器工具以确保管道完全可重复：Docker、Singularity、Podman、Shifter或https://hpc.github.io/charliecloud/%EF%BC%88%E4%BB%85%E5%9C%A8%E4%B8%87%E4%B8%8D%E5%BE%97%E5%B7%B2%E6%97%B6%E4%BD%BF%E7%94%A8Conda%EF%BC%8C%E8%AF%A6%E8%A7%81%E6%96%87%E6%A1%A3%EF%BC%89

3. 下载管道并使用单个命令在最小数据集上测试：

bash
nextflow run nf-core/methylseq -profile test,<docker/singularity/podman/shifter/charliecloud/conda/institute>

请查看https://github.com/nf-core/configs#documentation%EF%BC%8C%E4%BA%86%E8%A7%A3%E6%98%AF%E5%90%A6%E5%B7%B2%E6%9C%89%E9%92%88%E5%AF%B9%E6%82%A8%E6%89%80%E5%9C%A8%E6%9C%BA%E6%9E%84%E7%9A%84%E8%87%AA%E5%AE%9A%E4%B9%89%E9%85%8D%E7%BD%AE%E6%96%87%E4%BB%B6%E3%80%82%E5%A6%82%E6%9E%9C%E6%9C%89%EF%BC%8C%E5%8F%AA%E9%9C%80%E5%9C%A8%E5%91%BD%E4%BB%A4%E4%B8%AD%E4%BD%BF%E7%94%A8%60-profile ，这将启用docker或singularity`并为您的本地计算环境设置适当的执行设置。

4. 开始运行您自己的分析：

bash
nextflow run nf-core/methylseq -profile <docker/singularity/podman/shifter/charliecloud/conda/institute> --input '*_R{1,2}.fastq.gz' --genome GRCh37

主要配置参数

• --aligner: 指定比对工具，可选值：bismark（默认）、bismark_hisat、bwameth
• --input: 指定输入FastQ文件，支持通配符（如*_R{1,2}.fastq.gz表示成对末端测序数据）
• --genome: 指定参考基因组ID（如GRCh37、hg38等），管道将自动下载相应的参考基因组和索引
• --outdir: 指定输出目录路径
• --single_end: 如果输入数据为单端测序，使用此参数

Docker部署示例

使用Docker运行管道：

bash
nextflow run nf-core/methylseq -profile docker --input '/path/to/your/data/*_R{1,2}.fastq.gz' --genome hg38 --outdir /path/to/output

文档和支持

• 完整使用文档：nf-core/methylseq usage
• 输出文件说明：nf-core/methylseq output
• 支持渠道：Slack #methylseq频道（通过此邀请链接加入）

引用

如果使用nf-core/methylseq进行分析，请引用以下DOI：10.5281/zenodo.2555454

同时引用nf-core框架文献：

The nf-core framework for community-curated bioinformatics pipelines. Philip Ewels, Alexander Peltzer, Sven Fillinger, Harshil Patel, Johannes Alneberg, Andreas Wilm, Maxime Ulysse Garcia, Paolo Di Tommaso & Sven Nahnsen. Nat Biotechnol. 2020 Feb 13. doi: 10.1038/s41587-020-0439-x.

此外，管道中使用的工具和数据的引用如下：

• FastQC - <[***]>
• Trim Galore! - <[***]>
• Bismark - 10.1093/bioinformatics/btr167
• bwa-meth - arXiv:1401.1129
• Picard - http://broadinstitute.github.io/picard/
• Qualimap - 10.1093/bioinformatics/btv566
• Preseq - 10.1038/nmeth.2375
• MultiQC - 10.1093/bioinformatics/btw354