pegi3s/biopython_utilities

Biopython工具镜像

该镜像属于Bioinformatics Docker Images Project（http://pegi3s.github.io/dockerfiles%EF%BC%89%E7%9A%84%E4%B8%80%E9%83%A8%E5%88%86%EF%BC%8C%E5%8C%85%E5%90%AB%E5%9F%BA%E4%BA%8EBiopython%E7%9A%84%E8%84%9A%E6%9C%AC%EF%BC%8C%E7%94%A8%E4%BA%8E%E6%89%A7%E8%A1%8C%E7%94%9F%E7%89%A9%E4%BF%A1%E6%81%AF%E5%AD%A6%E7%9B%B8%E5%85%B3%E4%BB%BB%E5%8A%A1%E3%80%82

核心功能

convert_tree.py

利用Biopython的Phylo模块实现系统发育树格式转换，支持newick、nexus、nexml、phyloxml和cdao等格式。

使用命令

显示帮助：
docker run --rm pegi3s/biopython_utilities convert_tree.py -h

执行转换：
docker run --rm -v /your/data/dir:/data pegi3s/biopython_utilities convert_tree.py -i /data/<input_tree> -if <input_format> -o /data/<output_tree> -of <output_format>

参数替换：

• /your/data/dir：输入树文件所在目录
• <input_tree>：输入树文件名
• <input_format>：输入格式（可选值：newick、nexus、nexml、phyloxml、cdao）
• <output_tree>：输出树文件名
• <output_format>：输出格式（同上）

测试数据

输入NEXUS文件可从https://github.com/pegi3s/dockerfiles/tree/master/test_data/tree.1.nex%E8%8E%B7%E5%8F%96%E3%80%82

plot_gene_distribution.py

通过GenomeDiagram可视化基因分布，输入为4列TSV文件（基因组、名称、起始坐标、终止坐标）。

默认行为

• 基因显示在单条水平线，可通过--breaks设置轴断裂数（默认20）
• 自动取基因坐标范围，可通过--start/--end自定义区间
• 默认基因在水平线以上，--preserve-strand参数可保留基因方向（start>end时显示在下方）
• 输出默认PDF格式，--format可指定其他格式

使用命令

显示帮助：
docker run --rm -it pegi3s/biopython_utilities plot_gene_distribution.py -h

执行绘图：
docker run --rm -it -v /your/data/dir:/data pegi3s/biopython_utilities plot_gene_distribution.py /data/<input_TSV> -o /data/<output_image>

参数替换：

• /your/data/dir：输入TSV文件所在目录
• <input_TSV>：输入TSV文件名
• <output_image>：输出图像名称（无需扩展名）

测试数据

输入TSV文件可从https://github.com/pegi3s/dockerfiles/tree/master/biopython_utilities/test_data/test_plot_gene_distribution.tsv%E8%8E%B7%E5%8F%96%E3%80%82

变更日志

• [0.2.0] - 2021-10-18：新增convert_tree.py工具
• [0.1.0] - 2021-02-16：初始版本，包含plot_gene_distribution.py工具

构建镜像

指定基础镜像版本构建：
docker build --build-arg biopython_version=1.78 -t pegi3s/biopython_utilities .