rnakato/churros

Churros: 用于ChIP-seq/ATAC-seq分析的Docker镜像

0. 更新日志

参见https://github.com/rnakato/Churros/blob/main/ChangeLog.md

1. 安装

1.1 Docker

使用Docker命令的方法如下：

bash
# 拉取Docker镜像
docker pull rnakato/churros

# 容器登录
docker run --rm -it rnakato/churros /bin/bash
# 执行命令
docker run -it --rm rnakato/churros <command>

1.2 Singularity

Singularity是使用该Docker镜像的替代方式。通过以下命令可构建Churros的singularity文件（.sif）：

bash
singularity build churros.sif docker://rnakato/churros

此外，也可从我们的Dropbox下载Churros singularity镜像（我们使用的singularity版本为3.8.5）。

然后可通过以下命令运行Churros：

bash
singularity exec churros.sif <command>

Singularity会自动挂载当前目录。若需访问其他目录的文件，可使用--bind选项，例如：

bash
singularity exec --bind /work churros.sif <command>

该命令会挂载/work目录。

2. 快速开始

churros命令可执行从映射到可视化的所有步骤。

bash
# 下载Churros/tutorial目录
git clone https://github.com/rnakato/Churros.git
cd Churros/tutorial/

# 下载fastq和基因组数据并创建索引
bash 00_getdata.sh

# 执行Churros流程
bash Quickstart.sh

结果将输出至Churros_result目录。

3. 使用方法

详细使用手册参见 [***]

4. 从Dockerfile构建Docker镜像

首先克隆仓库并进入目录：

bash
git clone https://github.com/rnakato/Churros.git
cd Churros/Dockerfiles/

然后执行以下命令：

bash
docker build -f Dockerfile.<version> -t <account>/churros

5. 参考文献

• Wang J, Nakato R, Churros: a Docker-based pipeline for large-scale epigenomic analysis, DNA Research, 2023. doi: 10.1093/dnares/dsad026