rnakato/custardpy_juicer

CustardPy_Juicer

镜像概述

CustardPy_Juicer是一个用于CustardPy框架中Juicer分析的Docker镜像，基于https://hub.docker.com/r/aidenlab/juicer%E6%9E%84%E5%BB%BA%E3%80%82%E8%AF%A5%E9%95%9C%E5%83%8F%E6%8F%90%E4%BE%9B%E4%BA%86%E4%BE%BF%E6%8D%B7%E7%9A%84%E5%9F%BA%E5%9B%A0%E7%BB%84%E4%B8%89%E7%BB%B4%E7%BB%93%E6%9E%84%E6%95%B0%E6%8D%AE%E5%88%86%E6%9E%90%E7%8E%AF%E5%A2%83%EF%BC%8C%E9%80%82%E7%94%A8%E4%BA%8E%E9%9C%80%E8%A6%81%E8%BF%9B%E8%A1%8CJuicer%E5%88%86%E6%9E%90%E7%9A%84%E7%A0%94%E7%A9%B6%E5%9C%BA%E6%99%AF%E3%80%82

GitHub地址：https://github.com/rnakato/CustardPy_Juicer

核心功能与特性

• 基于aidenlab/juicer，支持标准Juicer分析流程
• 可选GPU加速支持（通过--gpus all参数启用）
• 兼容Docker和Singularity容器平台
• 可直接集成CustardPy分析框架

使用场景

适用于需要利用Juicer工具进行基因组三维结构数据分析的科研人员，尤其适合已采用CustardPy框架的用户。

使用方法

Docker使用

拉取镜像

bash
docker pull rnakato/custardpy_juicer

运行容器

• 交互式登录容器：

bash
docker run [--gpus all] --rm -it rnakato/custardpy_juicer /bin/bash

（--gpus all为可选参数，用于启用GPU支持）

• 直接执行命令：

bash
docker run [--gpus all] --rm -v (你的目录):/opt/work rnakato/custardpy_juicer <command>

（将(你的目录)替换为本地工作目录，<command>替换为实际执行的Juicer命令）

Singularity使用

构建镜像

bash
singularity build custardpy_juicer.sif docker://rnakato/custardpy_juicer

执行命令

bash
singularity exec [--nv] custardpy_juicer.sif <command>

（--nv为可选参数，用于启用GPU支持）

从Dockerfile构建镜像

1. 克隆仓库并进入目录：

bash
git clone https://github.com/rnakato/CustardPy_Juicer.git
cd CustardPy_Juicer

2. 执行构建命令：

bash
docker build -f Dockerfile.<version> -t <account>/custardpy_juicer .

（将<version>替换为具体版本号，<account>替换为你的Docker账户名）

使用文档参考

详细使用方法请参见CustardPy手册。

联系方式

Ryuichiro Nakato: rnakato AT iqb.u-tokyo.ac.jp