rnakato/mapping Docker 镜像 - 轩辕镜像 | Docker 镜像高效稳定拉取服务

映射工具Docker镜像

镜像概述和主要用途

基于Ubuntu 22.04的映射工具Docker镜像，集成多种编程语言环境（Perl、Python、R）及生物信息学映射工具，支持GPU加速，适用于基因组映射等生物信息学分析任务。

核心功能和特性

• 基础系统：Ubuntu 22.04
• GPU模式：cuda:11.8.0-cudnn8-runtime
  • CUDA 11.8
  • cudnn 8
• 编程语言环境
  • Perl 5.36.0（含plenv）
  • Python 3.10（含Miniconda）
    • MACS2-2.2.9.1
  • R 4.x
    • BiocManager
    • Rstudio Desktop
    • Rstudio Server
• 映射工具
  • BWA v0.7.17
  • Bowtie v1.3.1
  • Bowtie2 v2.5.3
  • chromap v0.2.5
  • SAMtools v1.19.2
  • BEDtools v2.31.0
  • SRAtoolkit v3.0.10
  • OpenBLAS v0.3.24

更新日志

• 2024.02

  • 安装了sudo
  • 将Miniconda从Python 3.9更新至3.10
  • 将Bowtie2从v2.4.5更新至v2.5.3
  • 将chromap从v0.2.4更新至v0.2.5

• 2024.01

  • 将SAMtools从1.17更新至1.19.2
  • 将SRAtoolkit从3.0.2更新至3.0.10
  • 工作目录从/opt改为/home/ubuntu

• 2023.12

  • 更新ChIPseqTools（ssp v1.3.1和drompa+ v1.18.1）

使用方法

Docker

bash
# 拉取Docker镜像
docker pull rnakato/mapping

# 执行bwa
docker run --rm -it rnakato/mapping bwa

Singularity

bash
# 构建镜像
singularity build -F rnakato_mapping.sif docker://rnakato/mapping
# 执行bwa
singularity exec rnakato_mapping.sif bwa

从Dockerfile构建镜像

bash
git clone [***]
cd docker_mapping
docker build -t <账户名>/mapping .