staphb/artic-ncov2019-epi2me
staphb
该Docker镜像提供epi2me-labs/wf-artic的Conda环境，用于SARS-CoV-2病毒基因组的生物信息学分析，支持公共卫生领域的基因组监测工作。
下载次数: 0状态：社区镜像维护者：staphb仓库类型：镜像最近更新：4 年前
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staphb/artic-ncov2019-epi2me 镜像说明
镜像概述
该镜像由StaPH-B（State Public Health Lab Bioinformatics）联盟开发，包含epi2me-labs/wf-artic工作流的预配置Conda环境，专注于SARS-CoV-2病毒基因组的生物信息学分析。StaPH-B旨在为公共卫生机构提供可直接使用的工具，助力全球COVID-19基因组监测与变异追踪。
核心功能
- 集成wf-artic工作流，支持纳米孔测序数据的全流程处理（序列比对、变异检测、基因组组装等）
- 预安装所有依赖工具，无需额外配置即可运行
- 兼容Singularity容器格式，适配不同计算环境需求
使用场景
- 公共卫生实验室开展COVID-19病毒基因组监测
- 科研机构分析SARS-CoV-2变异株序列特征
- 生物信息学团队快速部署工作流进行大规模数据处理
配置说明
镜像内已构建完整的Conda环境，用户仅需通过挂载本地数据目录即可直接运行工作流。具体参数需参考wf-artic官方文档调整。
Docker部署示例
拉取镜像
bashdocker pull staphb/artic-ncov2019-epi2me:0.3.10
查看工作流帮助
bashdocker run staphb/artic-ncov2019-epi2me wf-artic --help
处理本地数据
将本地./data目录挂载到容器内，运行工作流：
bashdocker run -v $(pwd)/data:/data staphb/artic-ncov2019-epi2me wf-artic --input /data/raw_reads --output /data/results
更多使用细节请参考https://github.com/epi2me-labs/wf-artic%E3%80%82
镜像拉取方式
您可以使用以下命令拉取该镜像。请将 <标签> 替换为具体的标签版本。如需查看所有可用标签版本，请访问 标签列表页面。
轩辕镜像加速拉取命令点我查看更多 artic-ncov2019-epi2me 镜像标签
docker pull docker.xuanyuan.run/staphb/artic-ncov2019-epi2me:<标签>
DockerHub 原生拉取命令
docker pull staphb/artic-ncov2019-epi2me:<标签>
镜像拉取常见问题
功能
错误码
用户好评
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oldzhang
运维工程师
Linux服务器
5
"Docker访问体验非常流畅，大镜像也能快速完成下载。"