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如果你使用 DeepSeek、元宝 AI、Copilot、ChatGPT 等 AI 工具，协助配置轩辕镜像、编写 docker pull 命令、修改 Docker Compose 镜像地址、配置镜像加速、排查镜像拉取失败、分析报错日志等问题，请先让 AI 阅读并遵守轩辕镜像的规则文档。
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架构筛选
ai/granite-4.0-nano
Docker AI 官方镜像
Granite-4.0-Nano是一款轻量级指令模型，通过监督微调、强化学习和模型合并技术在多样化数据集上训练而成，具备强指令遵循能力，适用于设备端部署和研究场景，紧凑尺寸便于专业领域微调。
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ai/granite-4.0-h-nano
Docker AI 官方镜像
Granite-4.0-H Nano是通过监督微调、强化学习和模型合并在多样化数据上训练的轻量级指令模型，具备强大的指令遵循能力，适用于设备端部署、研究及专业领域微调，无需大量计算资源。
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nanozoo/nanoplot
nanozoo
NanoPlot v1.25.0是一款用于纳米孔测序数据质量控制和可视化的工具，可生成多种统计图表，帮助分析测序数据的质量、长度分布及其他关键指标。
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redhat/granite-7b-lab-gguf
redhat
Granite-7b-lab模型的4位量化版本Docker镜像，通过4位量化技术降低模型资源占用，实现高效部署，适用于资源受限环境下的大型语言模型应用。
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ai/granite-4.0-h-tiny
Docker AI 官方镜像
70亿参数长上下文指令模型，采用强化学习对齐，具备指令遵循、工具调用能力，针对企业应用优化。
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ai/granite-4.0-h-micro
Docker AI 官方镜像
3B参数长上下文指令模型，通过强化学习对齐，具备指令跟随和工具调用能力，适用于企业级应用。
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ai/granite-4.0-micro
Docker AI 官方镜像
3B参数长上下文指令模型，通过强化学习对齐，具备指令遵循和工具调用能力，针对企业应用优化。
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ai/granite-4.0-h-small
Docker AI 官方镜像
32B参数长上下文指令模型，通过强化学习对齐，具备指令遵循和工具调用能力，专为企业应用优化。
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ai/granite-docling
Docker AI 官方镜像
Granite Docling是一个多模态图文转文本模型，专为高效文档转换设计，保留Docling核心功能并与Docling Documents无缝集成。
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ai/granite4
Docker AI 官方镜像
IBM Granite-4.0-H-Small是一款32B参数的长上下文指令模型，支持多语言，具备优秀的指令遵循和工具调用能力，适用于构建企业级AI助手及各类文本处理任务。
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ai/granite3.3
Docker AI 官方镜像
暂无描述
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ai/granite4.1
Docker AI 官方镜像
IBM Granite-4.1-8B是一个8B参数的长上下文指令模型，支持多语言，具备增强的工具调用、指令遵循和聊天能力，适用于构建AI助手、业务应用及LLM智能体。
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ai/granite3.1-moe
Docker AI 官方镜像
IBM Granite-3.1-3B-A800M-Instruct是一款3B参数的长上下文指令模型，支持12种语言，适用于摘要、文本分类、问答、代码任务及长文档处理等AI应用场景。
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ai/granite4.2
Docker AI 官方镜像
该镜像包含IBM Granite 4.2-8b模型转换后的GGUF格式文件，支持多种量化版本，适用于基于llama.cpp的本地AI模型部署与推理场景。
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redhat/granite-3-8b-instruct
redhat
IBM的Granite 3.0大型语言模型（LLM），优化用于本地大型语言模型操作
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redhat/granite-3.1-8b-instruct
redhat
IBM的Granite 3.1大型语言模型(LLM)，针对本地大型语言模型运行进行了优化
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redhat/granite-3-3b-a800m-instruct
redhat
预配置的Docker镜像，用于运行IBM的Granite 3.0大型语言模型(LLM)，针对本地大型语言模型操作进行了优化
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redhat/granite-3-1b-a400m-instruct
redhat
IBM's Granite 3.0 large language model (LLM), optimized for local large language model operations
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ai/granite4.1-guardian
Docker AI 官方镜像
该镜像包含IBM Granite Guardian 4.1 8B的GGUF格式模型，用于判断LLM系统的输入输出是否符合安全标准（如越狱尝试、亵渎内容、工具调用幻觉等），支持自定义评判标准，且提供思考/非思考两种模式。
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nanozoo/template
nanozoo
暂无描述
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nanozoo/minimap2
nanozoo
minimap2 v2.17 Docker镜像，提供高效的DNA/RNA序列比对功能，支持长读长和短读长数据，适用于基因组学和生物信息学领域的序列比对分析。
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nanozoo/fastqc
nanozoo
基于FastQC的Docker镜像，用于生成（短读）下一代测序（NGS）数据的质量报告，支持NGS数据的质量控制与评估。
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nanozoo/pycoqc
nanozoo
pycoQC是一个基于Python的Oxford Nanopore测序数据质量控制工具，用于处理和可视化测序数据质量指标，支持多种输入格式，帮助研究人员快速评估测序数据质量。
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nanozoo/pangolin
nanozoo
暂无描述
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nanozoo/flye
nanozoo
Flye是一个用于长读长测序数据的基因组组装工具，特别适用于PacBio和Oxford Nanopore技术生成的数据，能够高效组装复杂基因组。
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nanozoo/r_ggplot2
nanozoo
包含ggplot2、dplyr等多种R数据分析和可视化工具的Docker镜像，适用于数据处理、统计分析及图表生成。
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nanozoo/seqrs
nanozoo
暂无描述
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nanozoo/abricate
nanozoo
用于从基因组数据中快速查找抗生素耐药基因、毒力因子及质粒复制子等特定基因的工具，支持多种数据库，适用于微生物基因组分析。
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nanozoo/nextclade
nanozoo
暂无描述
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nanozoo/sourmash
nanozoo
基于sourmash vv2.0.1的Docker镜像，用于快速比较基因组序列，维护者Christian，许可证BSD-3-Clause public-domain，详细文档见Dockerwiki。
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nanozoo/fastp
nanozoo
fastp是一款快速的一体化FastQ文件预处理工具，用于对FastQ格式测序数据进行高效预处理。
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nanozoo/krona
nanozoo
基于marbl/Krona项目的Docker镜像，提供Krona工具的运行环境，用于交互式可视化分类数据，支持生成动态HTML报告，广泛应用于生物信息学等领域。
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ai/nemotron-3-nano
Docker AI 官方镜像
这是NVIDIA训练的Nemotron-3-Nano-30B-A3B-BF16大语言模型镜像，支持推理与非推理任务切换，采用混合MoE架构，可用于AI代理、聊天机器人、RAG系统等AI应用开发。
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nanozoo/seqkit
nanozoo
seqkit v0.10.1 Docker镜像是基于shenwei356/seqkit的生物信息学工具镜像，提供FASTA/FASTQ序列数据的高效处理功能，包括搜索、过滤、转换和统计分析，简化序列数据分析流程。
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nanozoo/hisat2
nanozoo
一个快速且灵敏的下一代测序读段比对程序Docker镜像，用于映射NGS数据，包含samtools=1.9以支持后续数据处理。
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nanozoo/guppy_cpu
nanozoo
ONT Guppy碱基识别器Docker镜像，仅支持CPU运行，用于对纳米孔测序数据进行碱基识别处理。
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nanozoo/mitos
nanozoo
mitos v2.0.3镜像，源自GitLab仓库https://gitlab.com/Bernt/MITOS/，维护者为Martin，采用MIT许可证，具体功能详情可参考官方文档。
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nanozoo/bandage
nanozoo
Bandage Docker镜像是基于rrwick/Bandage项目的基因组组装可视化工具，用于展示和分析基因组组装结果中的contig连接情况，支持交互式查看和操作组装图。
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nanozoo/seqtk
nanozoo
seqtk v1.3 Docker镜像是用于快速处理FASTA/FASTQ序列数据的工具，支持序列提取、过滤、转换等操作，适用于生物信息学领域的序列数据预处理。
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nanozoo/diamond
nanozoo
https://github.com/bbuchfink/diamond
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nanozoo/medaka
nanozoo
基于nanoporetech/medaka项目的Docker镜像，用于纳米孔测序数据（fastq格式）的polishing处理，提升测序结果准确性。
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nanozoo/racon
nanozoo
racon v1.4.7 Docker镜像，用于基因组组装中长读长测序数据的校正，基于lbcb-sci/racon项目构建，支持PacBio和Oxford Nanopore等长读长数据的准确性优化。
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nanozoo/subread
nanozoo
subread v1.6.4 Docker镜像，封装了高通量测序数据分析工具，支持reads比对、基因表达定量及剪接位点检测等功能，适用于RNA-seq、ChIP-seq等测序数据处理，简化生物信息学分析部署流程。
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nanozoo/samtools
nanozoo
暂无描述
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nanozoo/bowtie2
nanozoo
包含bowtie2和samtools的Docker镜像，提供高效短序列比对及SAM/BAM文件处理功能，适用于生物信息学中基因组测序数据的分析流程。
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nanozoo/nanopolish
nanozoo
暂无描述
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nanozoo/simple-circularise
nanozoo
基于Python脚本的Docker镜像，用于对本应环形但在组装过程中重叠的线性序列或序列列表进行简单环化处理。
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nanozoo/spades
nanozoo
SPAdes基因组组装工具Docker镜像，用于单胞菌、宏基因组等复杂基因组序列的高效组装，支持多种测序数据类型，基于GNU GPLv2许可证。
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nanozoo/filtlong
nanozoo
Filtlong是一款长读长测序数据过滤工具，可根据长度、质量和比对信息去除低质量读段，提高基因组组装等下游分析的准确性和效率，适用于PacBio、Nanopore等长读长测序数据预处理。
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nanozoo/unicycler
nanozoo
Unicycler v0.4.8-0 Docker镜像是基于rrwick/Unicycler的基因组组装工具，用于结合短读长（如Illumina）和长读长（如PacBio/Nanopore）测序数据进行细菌基因组组装，支持生成高质量环形基因组。
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nanozoo/prokka
nanozoo
Prokka v1.14.5 Docker镜像，用于原核生物基因组的快速注释，集成基因预测、功能注释工具，支持多种输出格式，适用于微生物基因组分析与研究场景。
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nanozoo/prodigal
nanozoo
Prodigal v2.6.3-1 Docker镜像是用于原核生物（细菌和古菌）蛋白质编码基因预测的工具，支持高效准确的基因识别，遵循GPLv3许可证。
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nanozoo/shovill
nanozoo
Shovill v1.0.9 Docker镜像是基于GitHub项目tseemann/shovill的细菌基因组组装工具，集成SPAdes、Velvet等组装器，支持短读长测序数据的自动化基因组组装，适用于微生物基因组学研究。
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nanozoo/guppy_gpu
nanozoo
Oxford Nanopore Technologies (ONT) Guppy碱基识别工具的GPU加速版本，基于CUDA容器实现，需配合nvidia-docker使用以支持GPU加速。
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nanozoo/pilon
nanozoo
pilon v1.23 Docker镜像，封装了Broad Institute开发的基因组分析工具，用于基因组组装改进、错误修正和变异检测，遵循GPLv2许可证。
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nanozoo/kraken2
nanozoo
暂无描述
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nanozoo/multiqc
nanozoo
MultiQC是一款生物信息学工具，能够将多个样本的生物信息学分析结果聚合为单个综合报告，便于结果查看与比较。
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nanozoo/gtdbtk
nanozoo
GTDBTk v0.3.2 Docker镜像，基于Ecogenomics/GtdbTk项目，用于微生物基因组的系统发育分类，支持细菌和古菌的分类单元分配与系统发育分析。
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nanozoo/shasta
nanozoo
Shasta v0.3.0是由Chan Zuckerberg Initiative开发的工具，遵循MIT许可证，提供版本控制功能，当前由Martin维护。
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nanozoo/busco
nanozoo
BUSCO v3.0.2 Docker镜像，用于基于universal single-copy orthologs基准评估基因组组装和注释的完整性，适用于基因组学研究与分析。
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nanozoo/canu
nanozoo
Canu是一款用于长读长测序数据的基因组组装工具，适用于PacBio和Oxford Nanopore等平台的长DNA序列组装，基于GNU GENERAL PUBLIC LICENSE许可。
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nanozoo/pangolin-v4
nanozoo
暂无描述
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nanozoo/detonate
nanozoo
detonate是Dewey实验室开发的序列比对工具Docker镜像，版本v1.11，用于生物信息学领域的基因组序列比较与分析，支持高效序列比对任务。
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nanozoo/artic
nanozoo
暂无描述
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nanozoo/gubbins
nanozoo
基于sanger-pathogens/gubbins项目的Docker镜像，用于细菌基因组重组区域识别及系统发育树构建，支持版本v2.3.4，遵循GPL-2.0许可证。
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nanozoo/quast
nanozoo
quast v5.0.2 Docker镜像是基因组组装质量评估工具，用于评估基因组组装结果质量，计算N50、L50、基因组大小等关键指标，生成详细报告，帮助研究人员快速评估组装完整性和准确性。
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nanozoo/upsetr
nanozoo
UpSetR v1.4.0 Docker镜像，基于R包实现集合交集可视化功能，适用于生物信息学及多数据集交集分析场景，帮助直观展示数据重叠关系。
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nanozoo/pomoxis
nanozoo
FROM: https://github.com/nanoporetech/pomoxis
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nanozoo/fargene
nanozoo
fargene v0.1是基于GitHub项目https://github.com/fannyhb/fargene的工具镜像，提供基因分析相关功能，由Christian维护，遵循MIT许可证。
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nanozoo/rnaquast
nanozoo
rnaquast v1.5.1是由Martin维护的RNA-seq组装质量评估工具Docker镜像，遵循GPLv2许可证，用于评估RNA测序组装结果的质量，源码来源于https://github.com/ablab/rnaquast。
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nanozoo/marine-phage-paper-scripts
nanozoo
用于从纳米孔原始数据中进行无需组装的海洋噬菌体检测的Python脚本套件，基于Beaulaurier等人的研究成果。
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nanozoo/trinity
nanozoo
Trinity RNA-Seq v2.8.5 Docker镜像是基于Trinity软件构建的转录组组装工具，用于从RNA-Seq数据中从头组装高质量转录本，支持生物信息学研究中的转录组分析。
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nanozoo/raxml-ng
nanozoo
raxml-ng v0.9.0是一个高效的系统发育分析工具，用于基于最大似然法推断进化树，支持DNA、蛋白质和二进制数据，适用于进化生物学和生物信息学研究。
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nanozoo/checkm
nanozoo
该Docker镜像包含预配置的CheckM工具、谱系数据库及数据集根目录设置，可直接用于宏基因组组装的质量评估，包括基因组完整性和污染率分析，开箱即用无需额外配置。
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nanozoo/megahit
nanozoo
超快速宏基因组组装器Docker镜像，版本v1.2.4-beta，用于高效组装宏基因组数据。
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nanozoo/centrifuge
nanozoo
基于Centrifuge的taxonomy分类器Docker镜像，包含filter-reads-ont.sh脚本，用于过滤Centrifuge输出结果，自动去除匹配长度小于150bp及分数低于200的假阳性分类结果。
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nanozoo/metabat2
nanozoo
metabat2 v2.13的Docker镜像，是由伯克利实验室开发的宏基因组分箱工具，用于将组装的宏基因组序列分箱到不同的基因组箱中，遵循BSD-3-Clause-LBNL许可证。
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nanozoo/deepbinner
nanozoo
暂无描述
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nanozoo/snippy
nanozoo
snippy是一个用于细菌基因组变异分析的工具，可快速识别和注释单核苷酸多态性(SNPs)及插入缺失(indels)，版本v4.4.1，遵循GPL-2.0许可证。
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nanozoo/raxml
nanozoo
RAxML v8.2.12系统发育分析工具Docker镜像，用于基于最大似然法构建系统发育树，支持DNA、蛋白质序列分析，遵循GPL许可证。
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nanozoo/ggplot2
nanozoo
暂无描述
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nanozoo/ucsc-utils
nanozoo
UCSC基因组学工具集(ucsc-utils)v377镜像，包含UCSC提供的各类基因组数据处理工具，适用于生物信息学研究中的基因组数据分析与处理任务。
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nanozoo/kaiju
nanozoo
Kaiju v1.7.2的Docker镜像，是用于宏基因组数据中快速分类读段的生物信息学工具，支持基于蛋白质或核苷酸数据库的高效比对与物种分类。
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nanozoo/fasttree
nanozoo
FastTree v2.1.10的Docker镜像，用于快速构建大型系统发育树，支持DNA、RNA和蛋白质序列分析，适用于基因组学和进化生物学研究。
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nanozoo/ex90n50
nanozoo
用于根据Trinity工具进行Ex90N50计算的Docker镜像，基于trinity=2.8.5和salmon=1.0.0版本，适用于转录组组装质量评估。
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nanozoo/hdbscan
nanozoo
基于GitHub项目lmcinnes/hdbscan构建的Docker镜像，提供v0.8.23版本的HDBSCAN聚类算法，用于高效的数据聚类分析任务。
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nanozoo/concoct
nanozoo
CONCOCT v1.1.0是一款用于宏基因组数据分箱的工具，可从混合微生物群落测序数据中分离不同微生物的基因组，由Christian维护，基于BSD许可证发布。
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nanozoo/pfam_scan
nanozoo
pfam_scan v1.6 Docker镜像，提供pfam_scan.pl工具，用于扫描蛋白质序列中的Pfam结构域，支持生物信息学研究中的蛋白质功能注释与结构分析。
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nanozoo/mmseqs2
nanozoo
暂无描述
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nanozoo/r_ideel
nanozoo
基于R环境的ideel hist脚本镜像，用于通过ideel_hist.R处理输入文件并生成PDF输出，源自GitHub项目phiweger/ideel。
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nanozoo/cdhit
nanozoo
cd-hit v4.8.1 Docker镜像是基于https://github.com/weizhongli/cdhit构建的序列聚类工具，用于蛋白质或核酸序列的快速聚类和冗余去除，适用于生物信息学数据分析。
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nanozoo/maxbin2
nanozoo
MaxBin2 v2.2.7的Docker镜像，用于宏基因组数据分箱，可将宏基因组序列分配到不同基因组箱，支持微生物群落基因组研究中的自动分箱分析。
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nanozoo/fastani
nanozoo
FastANI 1.3 Docker镜像，用于快速计算全基因组平均核苷酸一致性（ANI），支持高效的基因组相似性分析与比较，适用于微生物基因组研究场景。
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nanozoo/salmon
nanozoo
Salmon v0.13.1 Docker镜像是一个快速、准确的RNA-seq转录组定量工具，用于对RNA测序数据进行转录本丰度估计，支持多种测序技术，遵循GNU GENERAL PUBLIC LICENSE v3。
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ai/granite-4.0-h-small
Docker AI 官方镜像
32B参数长上下文指令模型，通过强化学习对齐，具备指令遵循和工具调用能力，专为企业应用优化。
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ai/granite-docling
Docker AI 官方镜像
Granite Docling是一个多模态图文转文本模型，专为高效文档转换设计，保留Docling核心功能并与Docling Documents无缝集成。
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ai/granite4.1
Docker AI 官方镜像
IBM Granite-4.1-8B是一个8B参数的长上下文指令模型，支持多语言，具备增强的工具调用、指令遵循和聊天能力，适用于构建AI助手、业务应用及LLM智能体。
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ai/granite-4.0-h-micro
Docker AI 官方镜像
3B参数长上下文指令模型，通过强化学习对齐，具备指令跟随和工具调用能力，适用于企业级应用。
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