bgruening/galaxy-stable

Galaxy Docker镜像

镜像概述

本镜像基于Ubuntu构建，提供全功能的Galaxy生物信息学平台部署方案。Galaxy是开源的生物信息学分析工具集成平台，支持数据分析流程的可视化构建、执行和共享，无需复杂配置即可快速使用。

核心功能

• 工具集成: 内置多种生物信息学工具（如序列比对、基因注释），支持从Tool Shed安装扩展工具
• 工作流管理: 可视化构建、保存和复用分析工作流，确保结果可复现
• 交互式环境: 支持Jupyter等交互式工具（需开启Docker-in-Docker权限）
• 数据管理: 支持FTP/SFTP数据传输，通过卷挂载实现数据持久化
• 灵活配置: 通过环境变量自定义Galaxy参数（如品牌名称、会话超时）

使用场景

1. 科研分析: 快速搭建个性化环境，执行基因组、转录组等生物信息学分析
2. 教学演示: 用于生物信息学课程，直观展示分析流程
3. 工具测试: 工具开发者验证新工具的集成与运行效果
4. 团队协作: 共享统一环境，简化协作流程

配置说明

快速启动

bash
docker run -d -p 8080:80 -p 8021:21 -p 8022:22 bgruening/galaxy-stable

访问 http://localhost:8080 即可进入Galaxy平台。

数据持久化

挂载本地目录保存数据（数据库、工具、配置等）：

bash
docker run -d -p 8080:80 -v /本地路径/galaxy_storage:/export bgruening/galaxy-stable

自定义配置

通过环境变量修改Galaxy设置：

bash
docker run -d -p 8080:80 \
  -e "GALAXY_CONFIG_BRAND='我的Galaxy平台'" \
  -e "GALAXY_CONFIG_SESSION_DURATION=30" \
  bgruening/galaxy-stable

启用交互式环境

需开启Docker-in-Docker权限：

bash
docker run -d -p 8080:80 -p 8800:8800 \
  --privileged=true \
  -v /本地路径/galaxy_storage:/export \
  bgruening/galaxy-stable

代理配置

若部署在代理后，设置路径前缀：

bash
docker run -d -p 8080:80 \
  -e "PROXY_PREFIX=/galaxy" \
  bgruening/galaxy-stable