nfcore/denovohybrid

nf-core/denovohybrid Docker镜像

镜像概述和主要用途

nf-core/denovohybrid Docker镜像是为https://github.com/caspargross/nf-core-denovohybrid%E7%AE%A1%E9%81%93%E8%AE%BE%E8%AE%A1%E7%9A%84%E5%AE%B9%E5%99%A8%E5%8C%96%E8%A7%A3%E5%86%B3%E6%96%B9%E6%A1%88%E3%80%82%E8%AF%A5%E7%AE%A1%E9%81%93%E5%9F%BA%E4%BA%8Ehttps://%5B***] Nanopore Technologies）和短读长数据（Illumina Technologies）生成高质量基因组组装。通过Docker容器化，确保了安装简易性和结果的高度可重复性。

核心功能和特性

• 混合数据组装：支持同时使用长读长和短读长数据进行基因组组装，提升组装连续性和准确性
• 数据预处理与质控：包含完整的读段预处理流程和质量控制步骤，确保输入数据质量
• 多组装方法支持：提供多种组装工具选择，适配不同生物类型
  • 细菌样本：使用Unicycler
  • 真核生物样本：使用miniasm或wtdbg2
• 灵活组装模式：当未提供短读长数据时，自动切换为长读长仅组装模式
• 结果质量评估：对生成的组装结果进行系统性质量控制和评估
• 高可移植性：基于Nextflow框架，可在多种计算基础设施（本地、集群、云平台）上运行

使用场景和适用范围

适用于需要进行高质量基因组从头组装的研究场景，包括：

• 细菌基因组精细组装项目
• 真核生物基因组框架图构建
• 同时拥有长读长和短读长测序数据的基因组学研究
• 需要标准化、可重复分析流程的多样本比较研究

使用方法和配置说明

前提条件

• 安装https://www.nextflow.io/%EF%BC%88%E7%89%88%E6%9C%AC%E2%89%A50.32.0%EF%BC%89
• 安装https://www.docker.com/

安装与配置

1. Nextflow安装：

   bash
   curl -s https://get.nextflow.io | bash
   sudo mv nextflow /usr/local/bin/
   

2. 获取管道：

   bash
   nextflow pull caspargross/nf-core-denovohybrid
   

3. 配置参考：

   • https://nf-co.re/usage/local_installation
   • https://nf-co.re/usage/adding_own_config
   • https://nf-co.re/usage/reference_genomes

运行示例

基本运行命令（需根据实际数据调整参数）：

bash
nextflow run caspargross/nf-core-denovohybrid \
  -profile docker \
  --input samplesheet.csv \
  --outdir results \
  --assembler unicycler  # 或 miniasm/wtdbg2

参数说明：

• -profile docker：指定使用Docker容器运行
• --input：样本表文件（包含长读长和/或短读长数据路径）
• --outdir：结果输出目录
• --assembler：选择组装工具（unicycler/miniasm/wtdbg2）

输出与结果解释

详细的输出文件结构和结果解读请参考官方文档。

故障排除

常见问题解决方法请参考https://nf-co.re/usage/troubleshooting%E3%80%82

开发计划

该管道计划集成以下新的长读长组装工具：

• https://github.com/chanzuckerberg/shasta
• https://github.com/adigenova/wengani
• https://github.com/fenderglass/Flye%EF%BC%88%E7%AD%89%E5%BE%85Python 3版本发布）

Credits

nf-core/denovohybrid最初由Caspar Groß开发。