nfcore/dualrnaseq

nf-core/dualrnaseq

概述和主要用途

nf-core/dualrnaseq是专门用于双RNA-seq（Dual RNA-seq）数据分析的流程，通过同时进行RNA-seq来研究宿主-病原体相互作用。该流程基于Nextflow构建，这是一种工作流工具，可在多种计算基础设施上以高度可移植的方式运行任务。它配备Docker容器，使安装过程简单，结果具有高度可重复性。

该流程最初已在包括人类和小鼠在内的真核宿主，以及包括肠炎沙门氏菌（Salmonella enterica）、恙虫病东方体（Orientia tsutsugamushi）、肺炎链球菌（Streptococcus penumoniae）、大肠杆菌（Escherichia coli）和麻风分枝杆菌（Mycobacterium leprae）在内的病原体上进行了测试。该工作流应适用于任何具有可用参考基因组和注释的真核生物和细菌。

核心功能和特性

分析方法

该工作流合并宿主和病原体基因组注释，考虑注释规范的差异，然后处理来自FastQ输入的原始数据（使用https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/%E3%80%81https://jgi.doe.gov/data-and-tools/bbtools/bb-tools-user-guide/bbduk-guide/%EF%BC%89%EF%BC%8C%E5%AE%9A%E9%87%8F%E5%9F%BA%E5%9B%A0%E8%A1%A8%E8%BE%BE%EF%BC%88https://github.com/alexdobin/STAR%E5%92%8Chttps://htseq.readthedocs.io/en/master/%EF%BC%9Bhttps://github.com/alexdobin/STAR%E3%80%81https://combine-lab.github.io/salmon/%E5%92%8Chttps://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/tximport.html%EF%BC%9B%E6%88%96https://combine-lab.github.io/salmon/%E7%9A%84%E5%87%86%E6%98%A0%E5%B0%84%E6%A8%A1%E5%BC%8F%E5%92%8Chttps://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/tximport.html%EF%BC%89%EF%BC%8C%E5%B9%B6%E6%80%BB%E7%BB%93%E7%BB%93%E6%9E%9C%EF%BC%88MultiQC%EF%BC%89%EF%BC%8C%E5%90%8C%E6%97%B6%E7%94%9F%E6%88%90%E5%A4%9A%E4%B8%AA%E8%87%AA%E5%AE%9A%E4%B9%89%E6%91%98%E8%A6%81%E5%9B%BE%E4%BB%A5%E5%8F%8A%E7%97%85%E5%8E%9F%E4%BD%93%E5%92%8C%E5%AE%BF%E4%B8%BB%E7%9A%84%E5%8D%95%E7%8B%AC%E7%BB%93%E6%9E%9C%E8%A1%A8%E3%80%82%E6%9C%89%E5%85%B3%E6%9B%B4%E5%A4%9A%E8%AF%A6%E7%BB%86%E4%BF%A1%E6%81%AF%EF%BC%8C%E8%AF%B7%E5%8F%82%E8%A7%81%E8%BE%93%E5%87%BA%E6%96%87%E6%A1%A3%E3%80%82

工作流

下图提供了dualrnaseq设计的简化视觉概述。

!nf-core/dualrnaseq

使用场景和适用范围

适用于需要通过双RNA-seq技术研究宿主与病原体相互作用的科研场景，尤其适合以下情况：

• 分析真核宿主（如人类、小鼠）与细菌病原体（如沙门氏菌、大肠杆菌等）的转录组相互作用
• 需要同时处理宿主和病原体RNA-seq数据并进行联合分析
• 要求分析流程可重复、结果可靠且易于在不同计算环境中部署

使用方法和配置说明

文档

nf-core/dualrnaseq流程提供了关于流程的文档，位于docs/目录中：

1. https://nf-co.re/usage/installation
2. 流程配置
   • https://nf-co.re/usage/local_installation
   • https://nf-co.re/usage/adding_own_config
   • 参数
3. 运行流程
4. 输出及结果解读
5. https://nf-co.re/usage/troubleshooting

nf-core/dualrnaseq流程的详细文档还包括：https://nf-co.re/dualrnaseq/usage%E5%92%8Chttps://nf-co.re/dualrnaseq/output%E3%80%82

运行方式

由于该流程基于Nextflow构建，使用Docker容器运行，基本运行命令格式如下（具体参数需根据实际数据和需求调整）：

bash
nextflow run nf-core/dualrnaseq -profile docker --input samplesheet.csv --genome_host GRCh38 --genome_pathogen GCF_000006945.2

其中，-profile docker指定使用Docker容器，确保所有依赖项正确安装和运行。详细参数配置请参考参数文档。

贡献与支持

如果您想为该流程做出贡献，请参阅贡献指南。

如需更多信息或帮助，请随时通过Slack #dualrnaseq频道联系（可通过https://nf-co.re/join/slack%E5%8A%A0%E5%85%A5%EF%BC%89%E3%80%82

引用

您可以按以下方式引用nf-core的发表文章：

The nf-core framework for community-curated bioinformatics pipelines.

Philip Ewels, Alexander Peltzer, Sven Fillinger, Harshil Patel, Johannes Alneberg, Andreas Wilm, Maxime Ulysse Garcia, Paolo Di Tommaso & Sven Nahnsen.

Nat Biotechnol. 2020 Feb 13. doi: https://dx.doi.org/10.1038/s41587-020-0439-x.

关于流程所使用工具的详细参考文献列表，请参见CITATIONS.md文件。