nfcore/nascent

nf-core/nascent新生转录处理管道。

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!Singularity Container available

概述

本管道基于Nextflow构建，Nextflow是一款工作流工具，可在多种计算基础设施上以高度可移植的方式运行任务。管道提供Docker/Singularity容器，使安装过程简单易行，且结果具有高度可重复性。

本管道设计用于处理新生转录测定（如GRO-seq或PRO-seq）的测序输出。在对链特异性reads进行映射后，可生成bedGraph和bigWig格式的输出，以及其他有用结果，如质量控制报告或IGV（Integrative Genomics Viewer）可用的tdf文件。

核心功能与特性

• 跨平台可移植性：基于Nextflow构建，支持在不同计算环境（本地、集群等）运行
• 容器化部署：提供Docker和Singularity容器，简化依赖管理，确保结果可重复
• 链特异性分析：专门处理GRO-seq、PRO-seq等链特异性新生转录测序数据
• 多样化输出格式：生成bedGraph、bigWig、tdf等多种下游分析常用格式
• 全面质量控制：集成MultiQC、RSeQC等工具，提供详细质量控制报告

使用场景与适用范围

适用于需要分析新生转录测定（如GRO-seq、PRO-seq）测序数据的科研人员，可用于：

• 新生RNA转录动态分析
• 转录起始位点和延伸区域鉴定
• 转录活性定量与差异分析
• 生成标准化的测序数据处理结果，用于后续功能基因组学研究

使用方法与配置说明

文档

nf-core/nascent管道提供完整文档，位于docs/目录：

1. 安装
2. 管道配置
   • 本地安装
   • 添加自定义系统配置
   • 参考基因组
3. 运行管道
4. 输出结果及解读
5. 故障排除

快速启动

编辑相应的配置文件（如conf/slurm_grch38.config），确保基因组参考文件和其他可执行文件的路径正确设置（查找所有COMPLETE_*相关内容）。变量名称应易于理解。可通过标志指定Nextflow工作目录和输出目录。注意还需指定接收运行报告的***。

bash
nextflow run nf-core/nascent --reads '*_R{1,2}.fastq.gz' -profile standard,docker

参数说明

必填参数

保存选项

输入文件选项

性能选项

质量控制选项

引用

如果在研究中使用了本管道，可引用DOI 10.***/OSF.IO/SV4UB（OSF项目）。

致谢

nf-core/nascent最初由Ignacio Tripodi (https://github.com/ignaciot)%E5%92%8CMargaret Gruca (https://github.com/magruca)%E7%BC%96%E5%86%99%E3%80%82

特别感谢nf-core团队以及所有提供宝贵反馈和帮助的人员，尤其是https://github.com/apeltzer%E3%80%81https://github.com/ewels%E3%80%81https://github.com/drpatelh%E5%92%8Chttps://github.com/pditommaso%E3%80%82