nfcore/smartseq2

nf-core/smartseq2

预处理通过Smart-seq2协议生成的单细胞RNA测序(scRNA-seq)数据。

https://github.com/nf-core/smartseq2/workflows/nf-core%20CI/badge.svg](https://github.com/nf-core/smartseq2/actions) https://github.com/nf-core/smartseq2/workflows/nf-core%20linting/badge.svg](https://github.com/nf-core/smartseq2/actions) ![Nextflow]([***]

概述

本管道基于Nextflow构建，Nextflow是一款工作流工具，可在多种计算基础设施上以高度可移植的方式运行任务。该管道提供Docker容器，使安装过程简单易行，并确保结果具有高度可重复性。

本管道专为处理使用Smart-Seq2协议生成的单细胞RNA测序数据而开发。

核心功能与特性

• 使用fastqc和multiqc进行质量控制
• 使用STAR进行序列比对
• 使用rsem或featureCounts进行定量分析
• 使用TraCeR进行TCR（T细胞受体）分析
• 使用BraCeR进行BCR（B细胞受体）分析

!流程图

使用场景与适用范围

适用于需要处理Smart-seq2协议生成的单细胞RNA测序数据的科研人员、生物信息学分析师及实验室。可用于单细胞基因表达分析、免疫受体（TCR/BCR）研究等场景。

使用方法与配置说明

快速开始

i. 安装nextflow

ii. 安装Docker或Singularity以实现完整的管道可重复性（请仅将Conda作为最后的选择；参见文档）

iii. 下载管道并使用单个命令在最小数据集上测试

bash
nextflow run nf-core/smartseq2 -profile test,<docker/singularity/conda/institute>

请查看https://github.com/nf-core/configs#documentation%EF%BC%8C%E4%BA%86%E8%A7%A3%E6%98%AF%E5%90%A6%E5%B7%B2%E6%9C%89%E9%92%88%E5%AF%B9%E6%82%A8%E6%89%80%E5%9C%A8%E6%9C%BA%E6%9E%84%E7%9A%84%E8%87%AA%E5%AE%9A%E4%B9%89%E9%85%8D%E7%BD%AE%E6%96%87%E4%BB%B6%E7%94%A8%E4%BA%8E%E8%BF%90%E8%A1%8Cnf-core%E7%AE%A1%E9%81%93%E3%80%82%E5%A6%82%E6%9E%9C%E6%9C%89%EF%BC%8C%E6%82%A8%E5%8F%AA%E9%9C%80%E5%9C%A8%E5%91%BD%E4%BB%A4%E4%B8%AD%E4%BD%BF%E7%94%A8%60-profile ，这将启用docker或singularity`并为您的本地计算环境设置适当的执行参数。

iv. 开始运行您自己的分析！

bash
nextflow run nf-core/smartseq2 -profile <docker/singularity/conda/institute> --reads '*_R{1,2}.fastq.gz' --genome GRCh37

有关运行管道的所有可用选项，请参见使用文档。

详细文档

nf-core/smartseq2管道提供以下文档，位于docs/目录中：

1. 安装
2. 管道配置
   • 本地安装
   • 添加自定义系统配置
   • 参考基因组
3. 运行管道
4. 输出结果及解释
5. 故障排除

贡献与支持

如果您想为本管道做贡献，请参见贡献指南。

如需更多信息或帮助，请随时通过Slack联系（可通过此邀请链接加入）。

引用

如果您使用nf-core/smartseq2进行分析，请引用以下文献：

The nf-core framework for community-curated bioinformatics pipelines.

Philip Ewels, Alexander Peltzer, Sven Fillinger, Harshil Patel, Johannes Alneberg, Andreas Wilm, Maxime Ulysse Garcia, Paolo Di Tommaso & Sven Nahnsen.

Nat Biotechnol. 2020 Feb 13. doi: 10.1038/s41587-020-0439-x. ReadCube: 全文访问链接

credits

nf-core/smartseq2最初由https://github.com/sandrocarollo%E3%80%81https://github.com/abyssum%E5%92%8Chttps://github.com/grst%E7%BC%96%E5%86%99%E3%80%82