pinellolab/crispritz

CRISPRitz Docker镜像说明

镜像概述

CRISPRitz是专注于CRISPR/Cas实验预测分析与结果评估的生物信息学工具包，包含6个核心工具，覆盖从基因组变异编码到结果可视化的全流程，帮助研究人员优化向导RNA设计、评估脱靶效应及分析变异影响。

核心功能

• add-variants: 使用IUPAC编码基因组变异，生成包含变异的基因组文件。
• index-genome: 基于PAM序列构建基因组靶点索引，加速后续脱靶搜索（支持bulge分析）。
• search: 在基因组或索引上执行脱靶搜索，支持错配和bulge分析，输出靶点列表及统计 profile。
• annotate-results: 为搜索结果添加功能注释（启动子、染色质可及性等），生成注释统计文件。
• generate-report: 生成图形化报告，展示向导RNA的错配分布、bulge情况及注释特征。
• process-data: 对比参考与变异基因组的脱靶结果，提供群体和样本层面的多维度分析。

使用场景

适用于CRISPR基因编辑研究中的向导RNA设计优化、脱靶效应评估、变异影响分析等场景，提升实验效率与准确性。

配置说明与Docker部署示例

以下为各工具的Docker运行示例（假设当前目录映射到容器的/DATA路径）：

1. add-variants工具

bash
docker run -v ${PWD}:/DATA -w /DATA -i pinellolab/crispritz crispritz.py add-variants hg19_1000genomeproject_vcf/ hg19_ref/

2. index-genome工具

bash
docker run -v ${PWD}:/DATA -w /DATA -i pinellolab/crispritz crispritz.py index-genome hg19_ref hg19_ref/ pam/pamNGG.txt -bMax 2 -th 4

3. search工具（错配+bulge搜索）

bash
docker run -v ${PWD}:/DATA -w /DATA -i pinellolab/crispritz crispritz.py search genome_library/NGG_hg19_ref/ pam/pamNGG.txt guides/EMX1.txt emx1.hg19 -index -mm 4 -bDNA 1 -bRNA 1 -t -scores hg19_ref/

4. annotate-results工具

bash
docker run -v ${PWD}:/DATA -w /DATA -i pinellolab/crispritz crispritz.py annotate-results emx1.hg19.targets.txt annotations.bed emx1.hg19.annotated

5. generate-report工具

bash
docker run -v ${PWD}:/DATA -w /DATA -i pinellolab/crispritz crispritz.py generate-report GAGTCCGAGCAGAAGAAGAANNN -mm 4 -annotation emx1.hg19.annotated.Annotation.summary.txt -extprofile emx1.hg19.extended_profile.xls -gecko

6. process-data工具

bash
docker run -v ${PWD}:/DATA -w /DATA -i pinellolab/crispritz crispritz.py process-data -reftarget emx1.hg19.ref.targets.txt -vartarget emx1.hg19.var.targets.txt pam/pamNGG.txt guides/EMX1.txt annotations.bed emx1.hg19.final -sample dictionaryDirectory/ -refgenome hg19_ref/