rosettacommons/foundry

Foundry 官方镜像

镜像概述和主要用途

本镜像由Rosetta Commons团队维护，是Foundry的官方Docker镜像。Foundry集成了多种用于蛋白质设计的机器学习模型，完整模型列表可参考项目https://github.com/RosettaCommons/foundry/%E3%80%82%E8%AF%A5%E9%A1%B9%E7%9B%AE%E5%9F%BA%E4%BA%8EBSD-3-Clause%E8%AE%B8%E5%8F%AF%E8%AF%81%E5%AE%8C%E5%85%A8%E5%BC%80%E6%BA%90%EF%BC%8C%E8%AE%B8%E5%8F%AF%E8%AF%81%E5%85%A8%E6%96%87%E8%A7%81https://github.com/RosettaCommons/foundry?tab=BSD-3-Clause-1-ov-file%E3%80%82

注意：本镜像不兼容ARM架构系统。

有关Foundry或其包含模型的更多信息，请参阅https://rosettacommons.github.io/foundry/%E3%80%82

核心功能和特性

• 集成多种蛋白质设计机器学习模型（包括RFdiffusion3、MPNN、RoseTTAFold3等）
• 默认镜像预安装各模型权重，开箱即可使用
• 提供slim标签版本，适用于已有模型权重的用户，减少镜像体积
• 支持Docker和Apptainer（Singularity）运行环境

使用场景和适用范围

• 蛋白质设计与工程研究
• 生物信息学机器学习模型部署
• 学术科研中蛋白质结构预测与设计任务

使用方法和配置说明

Docker运行示例

RFdiffusion3示例：

bash
docker run -it --rm \
-v "$PWD:/work" \
-w /work \
rosettacommons/foundry rfd3 \
out_dir=rfd3_out1/ \
inputs=./rfd3.json \
ckpt_path=/app/foundry/checkpoints/rfd3_latest.ckpt \

JSON文件和命令行参数的更多选项说明见https://rosettacommons.github.io/foundry/models/rfd3/index.html%E3%80%82

MPNN示例：

bash
docker run -it --rm \
-v "$PWD:/work" \
-w /work \
rosettacommons/foundry mpnn \
--structure_path /PATH/TO/structure.cif \
--checkpoint_path /app/foundry/checkpoints/ligandmpnn_v_32_010_25.pt \
--is_legacy_weights True \
--model_type ligand_mpnn

关于Foundry的MPNN模型更多信息见https://github.com/RosettaCommons/foundry/tree/production/models/mpnn%E3%80%82

RoseTTAFold3示例：

bash
docker run -it --rm \
-v "$PWD:/work" \
-w /work \
rosettacommons/foundry rf3 fold \
inputs=/PATH/TO/structure.cif \
ckpt_path=/app/foundry/checkpoints/rf3_foundry_01_24_latest_remapped.ckpt

关于RoseTTAFold3的更多信息见https://github.com/RosettaCommons/foundry/tree/production/models/rf3%E3%80%82

使用Apptainer（或Singularity）运行

执行以下命令获取镜像文件：

bash
apptainer pull foundry.sif docker://rosettacommons/foundry

使用Apptainer的语法与上述Docker示例类似，只需将示例中的前四行替换为：

bash
apptainer exec --nv
foundry.sif <model command>

镜像标签

Slim标签

默认镜像预安装了各种Foundry模型的权重。如果系统中已存在这些权重，可使用slim标签的镜像。获取最新版本的命令为：

bash
docker pull rosettacommons/foundry:slim

使用slim标签时，需要挂载本地权重目录。将各示例命令的前四行替换为：

bash
docker run --user "$(id -u):$(id -g)" \
-v /path/to/your/weights:/weights \
-v /path/to/your/working/directory:/w \
rosettacommons/foundry:slim <model_name>

若需通过Foundry镜像下载权重到本地，使用以下命令：

bash
sh -c 'docker run --user "$(id -u):$(id -g)" \
-v /path/to/where/you/want/the/weights/downloaded:/weights \
-v /path/to/your/working/directory:/w \
rosettacommons/foundry:slim \
foundry install base-models --checkpoint-dir /weights'

如果使用Apptainer（或Singularity）下载权重，需创建本地空文件foundry.env并绑定：

bash
sh -c 'apptainer exec --nv \
--bind /path/to/local/foundry.env:/app/foundry/.env \
--bind /path/to/where/you/want/the/weights/downloaded:/weights \
foundry.sif \
foundry install base-model --checkpoint-dir /weights'

如有关于容器的任何问题、反馈或问题，请通过此处联系我们。