rosettacommons/rfdiffusion

RFdiffusion 官方镜像

镜像概述

由RosettaCommons（rosettacommons.org）维护的官方RFdiffusion镜像。RFdiffusion是一款基于扩散模型的开源蛋白质设计工具，遵循BSD许可协议。关于RFdiffusion的详细信息，请参阅其官方文档。

重要提示：此镜像不兼容ARM架构系统。

核心功能与特性

• 基于扩散模型的蛋白质结构设计协议
• 支持基序支架设计（motif scaffolding）等复杂蛋白质工程任务
• 可配置设计数量、序列片段（contigs）等关键参数
• 提供Docker与Apptainer/Singularity两种容器化运行方式
• 完整集成模型与调度文件，开箱即可使用

使用场景

适用于计算生物学、结构生物学及蛋白质工程领域，主要用于：

• 蛋白质基序支架设计
• 蛋白质结构从头设计
• 蛋白质-配体相互作用优化
• 科研与工业界的蛋白质工程研究

使用方法

Docker 运行示例

基本命令格式

bash
docker run -it --rm \
-v /path/to/your/input_dir:/input \
-v absolute/path/to/your/output_dir:/output \
rosettacommons/rfdiffusion \
[参数列表]

基序支架设计示例

bash
docker run -it --rm \
-v /path/to/your/input_dir:/input \
-v absolute/path/to/your/output_dir:/output \
rosettacommons/rfdiffusion \
inference.output_prefix=/output/motifscaffolding \
inference.model_directory_path=/app/RFdiffusion/models \
inference.input_pdb=/input/5TPN.pdb \
inference.num_designs=3 \
contigmap.contigs='[10-40/A163-181/10-40]'

参数说明

• -v /path/to/your/input_dir:/input: 挂载本地输入目录至容器内/input
• -v absolute/path/to/your/output_dir:/output: 挂载本地输出目录（需绝对路径）至容器内/output
• inference.output_prefix: 输出文件前缀，定义结果文件路径与名称
• inference.model_directory_path: 模型文件路径，容器内默认路径为/app/RFdiffusion/models
• inference.input_pdb: 输入PDB文件路径，需位于挂载的输入目录中
• inference.num_designs: 生成的设计数量
• contigmap.contigs: 序列片段定义，格式为[N端长度范围/目标基序位置/C端长度范围]

Apptainer/Singularity 运行示例

以下说明适用于Apptainer，相同命令也兼容Singularity。

1. 拉取镜像

bash
apptainer pull rfd.sif docker://rosettacommons/rfdiffusion

2. 运行镜像

bash
apptainer run --nv \
rfd.sif \
inference.output_prefix=/path/to/your/output_dir/motifscaffolding \
inference.model_directory_path=/app/RFdiffusion/models \
inference.schedule_directory_path=schedules \
inference.input_pdb=/path/to/your/input_dir/5TPN.pdb \
inference.num_designs=3 \
contigmap.contigs='[10-40/A163-181/10-40]'

参数说明

• --nv: 启用NVIDIA GPU支持（如需GPU加速）
• inference.schedule_directory_path: 调度文件目录，默认值为schedules

开源许可

RFdiffusion完全开源，遵循BSD许可协议，完整许可文本见https://github.com/RosettaCommons/RFdiffusion?tab=License-1-ov-file%E3%80%82

反馈与支持

如有容器使用问题、反馈或建议，请通过RosettaCommons联系页面与官方团队联系。