rosettacommons/ligandmpnn

LigandMPNN 镜像文档

镜像概述

本镜像由rosettacommons.org维护，基于LigandMPNN仓库构建，提供ProteinMPNN和LigandMPNN的推理代码。LigandMPNN遵循MIT许可协议，源代码完全开源，许可文本详见https://github.com/dauparas/LigandMPNN?tab=MIT-1-ov-file%E3%80%82**%E8%AF%B7%E6%B3%A8%E6%84%8F%EF%BC%8C%E6%9C%AC%E9%95%9C%E5%83%8F%E4%B8%8D%E5%85%BC%E5%AE%B9ARM%E6%9E%B6%E6%9E%84%E7%B3%BB%E7%BB%9F%E3%80%82**

核心功能与特性

• 提供ProteinMPNN和LigandMPNN两种模型的推理代码
• 完全开源，遵循MIT许可协议
• 支持通过命令行参数配置模型类型、输入输出路径等关键参数

使用场景

适用于蛋白质结构预测、配体结合建模等生物分子结构相关的科研与应用场景，可用于蛋白质序列设计、配体-蛋白质相互作用分析等任务。

使用方法

Docker使用示例

bash
docker run -it --rm \
-v /path/to/your/input_dir:/input \
-v /path/to/your/output_dir:/output \
rosettacommons/ligandmpnn \ 
--model_type 'protein_mpnn' \
--pdb_path /input/1BC8.pdb \
--out_folder /output

参数说明：

• -v /path/to/your/input_dir:/input：挂载本地输入目录到容器内/input路径
• -v /path/to/your/output_dir:/output：挂载本地输出目录到容器内/output路径
• --model_type：指定模型类型，如protein_mpnn
• --pdb_path：输入PDB文件路径（容器内路径）
• --out_folder：输出结果保存目录（容器内路径）

Apptainer/Singularity使用示例

（以下指令基于Apptainer，同样适用于Singularity）

1. 拉取镜像：

bash
apptainer pull ligandmpnn.sif docker://rosettacommons/ligandmpnn

2. 运行镜像：

bash
apptainer run --nv \
ligandmpnn.sif \
--model_type 'protein_mpnn' \
--pdb_path /path/to/your/input_dir/1BC8.pdb \
--out_folder /path/to/your/output_dir \
--checkpoint_protein_mpnn '/app/ligandmpnn/model_params/proteinmpnn_v_48_020.pt'

注意：需根据实际使用的模型权重文件，修改--checkpoint_protein_mpnn参数的路径和名称。

反馈与支持

如有任何问题、反馈或问题，请通过此处联系我们。