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用于对抗生素耐药性（AMR）、质粒复制或毒力基因进行大片段筛选的Docker镜像集合

下载次数: 0状态：社区镜像维护者：staphb仓库类型：镜像最近更新：1 个月前

让 AI 帮你使用轩辕镜像？ · 展开查看说明

如果你使用 DeepSeek、元宝 AI、Copilot、ChatGPT 等 AI 工具，协助配置轩辕镜像、编写 docker pull 命令、修改 Docker Compose 镜像地址、配置镜像加速、排查镜像拉取失败、分析报错日志等问题，请先让 AI 阅读并遵守轩辕镜像的规则文档。

只需在 AI 对话中先发送下面这句话即可：

请先完整阅读并严格遵守以下文档中的全部规则与要求：

https://xuanyuan.cloud/agents.md

在未充分阅读并理解该文档前，不要生成任何命令、配置、修改建议、故障排查方案或技术回答。后续所有输出都必须严格以该文档中的规范为最高优先级执行。

查看 agents.md 用法指南与完整示范。国内用户首推元宝 AI、DeepSeek 的深度思考模式，不推荐豆包 AI；Cursor 等编辑器可在对话 @ 该链接，或加入 User Rules。若 AI 无法访问外链，可打开说明文档复制全文粘贴。文档会随站点更新，复制内容可能过期，建议定期检查。

镜像标签列表与下载命令

docker-builds

本仓库包含构建多种程序Docker镜像所需的Dockerfile和其他各类文件，这些程序供StaPH-B（州公共卫生实验室生物信息学）联盟成员使用。仓库旨在提供集中化的Docker镜像资源，方便用户访问，并提供容器构建方式和使用方法的清晰文档。

若您希望贡献Docker镜像或改进现有镜像，请Fork本仓库，进行更改/添加后提交Pull Request。如遇使用问题，请提交issue。我们欢迎任何形式的反馈！
https://staph-b.github.io/docker-builds/contribute/

Docker用户指南

我们还创建了用户指南，概述了使用和开发Docker容器的方法与最佳实践。
https://staph-b.github.io/docker-builds/

Singularity兼容性

对于无法使用Docker的用户，Singularity是替代方案。大多数Docker容器与Singularity兼容，可轻松转换为Singularity格式。请参考上述用户指南，了解如何从Docker Hub下载镜像并使用Singularity运行。我们确保容器与Singularity兼容，如发现不兼容情况，请提交issue反馈！

可用Docker镜像

![构建状态]([***]

软件	版本	链接
https://hub.docker.com/r/staphb/abricate/	0.8.7 0.8.13 0.8.13s (+血清型数据库) 0.9.8 1.0.0	https://github.com/tseemann/abricate
https://hub.docker.com/r/staphb/ariba/	2.14.4	https://github.com/sanger-pathogens/ariba
https://github.com/nextstrain/augur	6.3.0 7.0.2 8.0.0 9.0.0	https://github.com/nextstrain/augur
https://github.com/nextstrain/auspice	2.12.0	https://github.com/nextstrain/auspice
https://hub.docker.com/r/staphb/bbtools/	38.76 38.86	[***]
https://hub.docker.com/r/staphb/bcftools/	1.10.2 1.11	https://github.com/samtools/bcftools
https://hub.docker.com/r/staphb/bedtools/	2.29.2	[***]
https://hub.docker.com/r/staphb/bwa	0.7.17	https://github.com/lh3/bwa
https://hub.docker.com/r/staphb/canu	2.0	[***] https://github.com/marbl/canu
https://hub.docker.com/r/staphb/canu-racon/	1.7.1（Canu），1.3.1（Racon），2.13（minimap2） 1.9（Canu），1.4.3（Racon），2.17（minimap2） 1.9i（Canu），1.4.3（Racon），2.17（minimap2），(+racon_preprocess.py) 2.0（Canu），1.4.3（Racon），2.17（minimap2）	[***] https://github.com/lbcb-sci/racon https://github.com/isovic/racon%EF%BC%88%E5%B7%B2%E5%BD%92%E6%A1%A3%EF%BC%89 https://lh3.github.io/minimap2/
https://hub.docker.com/r/staphb/centroid/	1.0.0	https://github.com/stjacqrm/centroid
https://hub.docker.com/r/staphb/cdc-spn/	0.1（无版本）	https://github.com/BenJamesMetcalf/Spn_Scripts_Reference
https://hub.docker.com/r/staphb/cfsan-snp-pipeline	2.0.2	https://github.com/CFSAN-Biostatistics/snp-pipeline
https://hub.docker.com/r/staphb/circlator	1.5.6	https://github.com/sanger-pathogens/circlator
https://hub.docker.com/r/staphb/clustalo	1.2.4	[***]
https://hub.docker.com/r/staphb/colorid	0.1.4.3	https://github.com/hcdenbakker/colorid
https://hub.docker.com/r/staphb/cutshaw-report-env	1.0.0	https://github.com/VADGS/CutShaw
https://hub.docker.com/r/staphb/emm-typing-tool	0.0.1（无版本）	https://github.com/phe-bioinformatics/emm-typing-tool
https://hub.docker.com/r/staphb/fastani	1.1 1.32	https://github.com/ParBLiSS/FastANI
https://hub.docker.com/r/staphb/fasttree	2.1.11	[***]
https://hub.docker.com/r/staphb/fastqc	0.11.8	[***] https://github.com/s-andrews/FastQC
https://hub.docker.com/r/staphb/filtlong	0.2.0	https://github.com/rrwick/filtlong
https://hub.docker.com/r/staphb/flye	2.5 2.7 2.8	https://github.com/fenderglass/Flye
https://hub.docker.com/r/staphb/iqtree/	1.6.7	[***]
https://hub.docker.com/r/staphb/ivar/	1.1 1.1（+ SARS-CoV2参考序列） 1.2.1 1.2.1（+ SC2参考序列） 1.2.2（+SC2参考序列和artic bed文件）	https://github.com/andersen-lab/ivar
https://hub.docker.com/r/staphb/kma/	1.2.21	[***]
https://hub.docker.com/r/staphb/kraken/	1.0 1.0.0_wslh_signed 1.1.1 1.1.1（无数据库）	https://github.com/DerrickWood/kraken
https://hub.docker.com/r/staphb/kraken2/	2.0.8-beta（无数据库） 2.0.8-beta（MiniKraken2_v1_8GB数据库） 2.0.8-beta_hv（人类+病毒数据库） 2.0.9-beta（无数据库） 2.0.9-beta（Minikraken v2 RefSeq：细菌、古菌、病毒和人类8GB数据库） 2.1.0（无数据库） 2.1.1（无数据库）	https://github.com/DerrickWood/kraken2
https://hub.docker.com/r/staphb/ksnp3/	3.1	[***]
https://hub.docker.com/r/staphb/legsta/	0.3.7 0.5.1	https://github.com/tseemann/legsta
https://hub.docker.com/r/staphb/lyveset/	1.1.4f 2.0.1	https://github.com/lskatz/lyve-SET https://github.com/lskatz/CG-Pipeline
https://hub.docker.com/r/staphb/mafft/	7.450 7.475	[***]
https://hub.docker.com/r/staphb/mash/	2.1 2.2	https://github.com/marbl/Mash
https://hub.docker.com/r/staphb/mashtree	0.52.0 <

镜像拉取方式

您可以使用以下命令拉取该镜像。请将 <标签> 替换为具体的标签版本。如需查看所有可用标签版本，请访问标签列表页面。

轩辕镜像加速拉取命令点我查看更多 abricate 镜像标签

docker pull docker.xuanyuan.run/staphb/abricate:<标签>

使用方法：

DockerHub 原生拉取命令

docker pull staphb/abricate:<标签>

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新手拉取配置

docker search 限制

专属域名 · Hub 搜索

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仅支持 pull · 不支持

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402 · 流量包 · 充值

401 认证失败

401 · docker login

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410 · Docker 升级

429 限流

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网站 · 仓库 · 重置

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工单 · 数据 · 注销

原理

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daemon.json · 重启

去掉域名前缀

docker tag · 重命名

指定架构拉取

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latest 与「最新」

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