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staphb/abricate Docker 镜像 - 轩辕镜像 | Docker 镜像高效稳定拉取服务

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abricate
staphb/abricate
staphb
用于对抗生素耐药性（AMR）、质粒复制或毒力基因进行大片段筛选的Docker镜像集合
下载次数: 0状态：社区镜像维护者：staphb仓库类型：镜像最近更新：2 个月前
轩辕镜像，快一点，稳很多。点击查看
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docker-builds

本仓库包含构建多种程序Docker镜像所需的Dockerfile和其他各类文件，这些程序供StaPH-B（州公共卫生实验室生物信息学）联盟成员使用。仓库旨在提供集中化的Docker镜像资源，方便用户访问，并提供容器构建方式和使用方法的清晰文档。

若您希望贡献Docker镜像或改进现有镜像，请Fork本仓库，进行更改/添加后提交Pull Request。如遇使用问题，请提交issue。我们欢迎任何形式的反馈！
贡献详情请见此处

Docker用户指南

我们还创建了用户指南，概述了使用和开发Docker容器的方法与最佳实践。
Docker用户指南

Singularity兼容性

对于无法使用Docker的用户，Singularity是替代方案。大多数Docker容器与Singularity兼容，可轻松转换为Singularity格式。请参考上述用户指南，了解如何从Docker Hub下载镜像并使用Singularity运行。我们确保容器与Singularity兼容，如发现不兼容情况，请提交issue反馈！

可用Docker镜像

![构建状态]([***]

软件版本链接
ABRicate
![docker pulls]([***]
  • 0.8.7
  • 0.8.13
  • 0.8.13s (+血清型数据库)
  • 0.9.8
  • 1.0.0
[***]
ARIBA
![docker pulls]([***]
  • 2.14.4
[***]
Augur
![docker pulls]([***]
  • 6.3.0
  • 7.0.2
  • 8.0.0
  • 9.0.0
[***]
Auspice
![docker pulls]([***]
  • 2.12.0
[***]
BBTools
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  • 38.76
  • 38.86
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bcftools
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  • 1.11
[***]
bedtools
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  • 2.29.2
[***]
BWA
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  • 0.7.17
[***]
Canu
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  • 2.0
[]
[]
Canu-Racon
![docker pulls]([***]
  • 1.7.1（Canu），1.3.1（Racon），2.13（minimap2）
  • 1.9（Canu），1.4.3（Racon），2.17（minimap2）
  • 1.9i（Canu），1.4.3（Racon），2.17（minimap2），(+racon_preprocess.py)
  • 2.0（Canu），1.4.3（Racon），2.17（minimap2）
[]
[]
[]
[]
centroid
![docker pulls]([***]
  • 1.0.0
[***]
CDC-SPN
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  • 0.1（无版本）
[***]
cfsan-snp-pipeline
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Circlator
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Clustalo
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Flye
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iqtree
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  • 1.6.7
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iVar
![docker pulls]([***]
  • 1.1
  • 1.1（+ SARS-CoV2参考序列）
  • 1.2.1
  • 1.2.1（+ SC2参考序列）
  • 1.2.2（+SC2参考序列和artic bed文件）
[***]
kma
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  • 1.2.21
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Kraken
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  • 1.0.0_wslh_signed
  • 1.1.1
  • 1.1.1（无数据库）
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Kraken2
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  • 2.0.8-beta（无数据库）
  • 2.0.8-beta（MiniKraken2_v1_8GB数据库）
  • 2.0.8-beta_hv（人类+病毒数据库）
  • 2.0.9-beta（无数据库）
  • 2.0.9-beta（Minikraken v2 RefSeq：细菌、古菌、病毒和人类8GB数据库）
  • 2.1.0（无数据库）
  • 2.1.1（无数据库）
[***]
kSNP3
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  • 3.1
[***]
legsta
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  • 0.3.7
  • 0.5.1
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Lyve-SET（包含CG-Pipeline脚本和raxml）
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  • 1.1.4f
  • 2.0.1
[] []
MAFFT
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  • 7.450
  • 7.475
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Mash
![docker pulls]([***]
  • 2.1
  • 2.2
[***]
mashtree
![docker pulls]([***]
  • 0.52.0
    • <
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nanozoo/abricate
nanozoo
用于从基因组数据中快速查找抗生素耐药基因、毒力因子及质粒复制子等特定基因的工具，支持多种数据库，适用于微生物基因组分析。
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ontresearch
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hyperledger/fabric-peer
hyperledger
超级账本项目（Hyperledger Project）的Fabric Peer节点Docker镜像是区块链网络中核心节点的容器化部署组件，支持账本维护、智能合约执行与交易验证等关键功能，可便捷集成到基于超级账本Fabric的分布式账本系统，为区块链应用提供高效可靠的节点运行环境，助力开发者快速搭建和部署企业级区块链网络。
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hyperledger/fabric-ca
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Fabric CA是Hyperledger Fabric区块链生态中的核心证书颁发机构，主要负责网络中用户、节点、管理员等各类身份的注册、证书颁发与撤销管理，通过提供安全的身份认证机制确保区块链网络中实体身份的唯一性和合法性，有效支持访问控制策略的实施，保障网络通信与交易的安全性，是构建可信区块链环境的关键基础设施。
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hyperledger/fabric-tools
hyperledger
暂无描述
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hyperledger/fabric-ccenv
hyperledger
Hyperledger Fabric链码开发环境镜像，集成多语言开发工具与依赖，支持链码编译、测试及部署流程，兼容Fabric 2.x及以上版本网络
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26 天前更新

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5

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