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本仓库包含StaPH-B（州公共卫生实验室生物信息学）联盟成员使用的各种程序的Dockerfile及其他相关文件，用于构建Docker镜像。该仓库旨在提供一个集中的Docker镜像位置，方便用户访问，并提供关于容器构建方式和使用方法的清晰文档。

如果您希望贡献Docker镜像或改进现有镜像，请fork本仓库，进行修改/添加，然后提交拉取请求。如果您在使用现有镜像时遇到问题，请提交issue。我们欢迎任何形式的反馈！ 查看贡献详情

Docker用户指南

我们还创建了一份用户指南，概述了使用和开发Docker容器的方法和最佳实践。 Docker用户指南

关于Singularity？

对于许多人来说，Docker可能不是一个选项，但Singularity是。大多数Docker容器与Singularity兼容，并且可以轻松转换为Singularity格式。请参阅上面链接的用户指南，了解如何从Dockerhub下载Docker镜像以及如何使用Singularity运行它们。我们已努力确保我们的容器与Singularity兼容，但如果您发现不兼容的容器，请提交issue告知我们！

Docker镜像仓库与托管

我们将所有Docker镜像托管在两个不同的仓库，并定期在两者之间同步镜像：

  1. Dockerhub - [***]
  2. Quay.io - [***]

2020年11月，Docker开始对Dockerhub上托管的镜像实施拉取速率限制。这限制了每个时间段内的docker pull次数（例如，匿名用户每六小时允许100次拉取）。我们申请并获得了Docker的“开源计划”批准，这应该已移除所有staphb Docker镜像的拉取速率限制！🎉 🥳 如果您遇到诸如ERROR: toomanyrequests: Too Many Requests.或You have reached your pull rate limit. You may increase the limit by authenticating and upgrading: [***]之类的错误，请通过提交issue告知我们。

非常感谢Docker的工作人员支持我们分发和共享公共卫生生物信息学关键工具的努力。这在COVID-19全球大流行期间尤为重要，因为许多这些工具用于对SARS-CoV-2病毒以及其他重要公共卫生关注病原体进行基因组监测。

要了解有关Docker拉取速率限制和开源软件计划的更多信息，请参阅这些博客文章（1、2、3）和Docker文档（1）。

注意：在下面的表格中，我们没有提供quay.io上各种工具的单独链接，请访问上面的quay.io链接以查找我们所有的Docker镜像。

可用Docker镜像

软件版本链接
ABRicate
![docker pulls]([***]
  • 0.8.7
  • 0.8.13
  • 0.8.13s (+serotypefinder db)
  • 0.9.8
  • 1.0.0
[***]
any2fasta
![docker pulls]([***]
  • 0.4.2
[***]
ARIBA
![docker pulls]([***]
  • 2.14.4
[***]
artic-ncov2019
![docker pulls]([***]
  • 1.3.0
[***]
artic-ncov2019-epi2me
![docker pulls]([***]
  • 0.3.10
[***]
artic-ncov2019-medaka
![docker pulls]([***]
  • 1.1.0
[***]
artic-ncov2019-nanopolish
![docker pulls]([***]
  • 1.1.0
[***]
Augur
![docker pulls]([***]
  • 6.3.0
  • 7.0.2
  • 8.0.0
  • 9.0.0
[***]
Auspice
![docker pulls]([***]
  • 2.12.0
[***]
BBTools
![docker pulls]([***]
  • 38.76
  • 38.86
  • 38.95
[***]
bcftools
![docker pulls]([***]
  • 1.10.2
  • 1.11
  • 1.12
  • 1.13
  • 1.14
[***]
bedtools
![docker pulls]([***]
  • 2.29.2
  • 2.30.0
[]
[]
berrywood-report-env
![docker pulls]([***]
  • 1.0
none
bowtie2
![docker pulls]([***]
  • 2.4.4
[]
[]
BWA
![docker pulls]([***]
  • 0.7.17
[***]
Canu
![docker pulls]([***]
  • 2.0
  • 2.1.1
  • 2.2
[]
[]
Canu-Racon
![docker pulls]([***]
  • 1.7.1 (Canu), 1.3.1 (Racon), 2.13 (minimap2)
  • 1.9 (Canu), 1.4.3 (Racon), 2.17 (minimap2)
  • 1.9i (Canu), 1.4.3 (Racon), 2.17 (minimap2), (+racon_preprocess.py)
  • 2.0 (Canu), 1.4.3 (Racon), 2.17 (minimap2)
[]
[]
[] (ARCHIVED)
[]
centroid
![docker pulls]([***]
  • 1.0.0
[***]
CDC-SPN
![docker pulls]([***]
  • 0.1 (no version)
[***]
cfsan-snp-pipeline
![docker pulls]([***]
  • 2.0.2
[***]
Circlator
![docker pulls]([***]
  • 1.5.6
[***]
Clustalo
![docker pulls]([***]
  • 1.2.4
[***]
colorid
![docker pulls]([***]
  • 0.1.4.3
[***]
cutshaw-report-env
![docker pulls]([***]
  • 1.0.0
[***]
datasets-sars-cov-2
![docker pulls]([***]
  • 0.4
[***]
emm-typing-tool
![docker pulls]([***]
  • 0.0.1 (no version)
[***]
FastANI
![docker pulls]([***]
  • 1.1
  • 1.32
  • 1.33
[***]
FastTree
![docker pulls]([***]
  • 2.1.11
[***]
FastQC
![docker pulls]([***]
  • 0.11.8
  • 0.11.9
[]
[]
fastq-scan
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上次更新：13 天前

常见问题

轩辕镜像免费版与专业版有什么区别？

免费版仅支持 Docker Hub 加速，不承诺可用性和速度；专业版支持更多镜像源，保证可用性和稳定速度，提供优先客服响应。

轩辕镜像免费版与专业版有分别支持哪些镜像？

免费版仅支持 docker.io；专业版支持 docker.io、gcr.io、ghcr.io、registry.k8s.io、nvcr.io、quay.io、mcr.microsoft.com、docker.elastic.co 等。

流量耗尽错误提示

当返回 402 Payment Required 错误时，表示流量已耗尽，需要充值流量包以恢复服务。

410 错误问题

通常由 Docker 版本过低导致，需要升级到 20.x 或更高版本以支持 V2 协议。

manifest unknown 错误

先检查 Docker 版本，版本过低则升级；版本正常则验证镜像信息是否正确。

镜像拉取成功后，如何去掉轩辕镜像域名前缀？

使用 docker tag 命令为镜像打上新标签，去掉域名前缀，使镜像名称更简洁。

查看全部问题→

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