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staphb

StaPH-B（州公共卫生实验室生物信息学）联盟的Docker镜像仓库，包含多种公共卫生生物信息学工具的Dockerfile及相关文件，提供集中化、易访问的Docker镜像和清晰的构建与使用文档。

下载次数: 0状态：社区镜像维护者：staphb仓库类型：镜像最近更新：12 天前

镜像标签列表与下载命令

docker-builds

本仓库包含StaPH-B（州公共卫生实验室生物信息学）联盟成员使用的各种程序的Dockerfile及其他相关文件，用于构建Docker镜像。该仓库旨在提供一个集中的Docker镜像位置，方便用户访问，并提供关于容器构建方式和使用方法的清晰文档。

如果您希望贡献Docker镜像或改进现有镜像，请fork本仓库，进行修改/添加，然后提交拉取请求。如果您在使用现有镜像时遇到问题，请提交issue。我们欢迎任何形式的反馈！ https://staph-b.github.io/docker-builds/contribute/

Docker用户指南

我们还创建了一份用户指南，概述了使用和开发Docker容器的方法和最佳实践。 https://staph-b.github.io/docker-builds/

关于Singularity？

对于许多人来说，Docker可能不是一个选项，但Singularity是。大多数Docker容器与Singularity兼容，并且可以轻松转换为Singularity格式。请参阅上面链接的用户指南，了解如何从Dockerhub下载Docker镜像以及如何使用Singularity运行它们。我们已努力确保我们的容器与Singularity兼容，但如果您发现不兼容的容器，请提交issue告知我们！

Docker镜像仓库与托管

我们将所有Docker镜像托管在两个不同的仓库，并定期在两者之间同步镜像：

Dockerhub - https://hub.docker.com/r/staphb/
Quay.io - [***]

2020年11月，Docker开始对Dockerhub上托管的镜像实施拉取速率限制。这限制了每个时间段内的docker pull次数（例如，***用户每六小时允许100次拉取）。我们申请并获得了Docker的“开源计划”批准，这应该已移除所有staphb Docker镜像的拉取速率限制！🎉 🥳 如果您遇到诸如ERROR: toomanyrequests: Too Many Requests.或You have reached your pull rate limit. You may increase the limit by authenticating and upgrading: https://www.docker.com/increase-rate-limits.之类的错误，请通过https://github.com/StaPH-B/docker-builds/issues%E5%91%8A%E7%9F%A5%E6%88%91%E4%BB%AC%E3%80%82

非常感谢Docker的工作人员支持我们分发和共享公共卫生生物信息学关键工具的努力。这在COVID-19全球大流行期间尤为重要，因为许多这些工具用于对SARS-CoV-2病毒以及其他重要公共卫生关注病原体进行基因组监测。

要了解有关Docker拉取速率限制和开源软件计划的更多信息，请参阅这些博客文章（1、2、3）和Docker文档（1）。

注意：在下面的表格中，我们没有提供quay.io上各种工具的单独链接，请访问上面的quay.io链接以查找我们所有的Docker镜像。

可用Docker镜像

软件	版本	链接
https://hub.docker.com/r/staphb/abricate/	0.8.7 0.8.13 0.8.13s (+serotypefinder db) 0.9.8 1.0.0	https://github.com/tseemann/abricate
https://hub.docker.com/r/staphb/any2fasta/	0.4.2	https://github.com/tseemann/any2fasta
https://hub.docker.com/r/staphb/ariba/	2.14.4	https://github.com/sanger-pathogens/ariba
https://hub.docker.com/r/staphb/artic-ncov2019	1.3.0	https://github.com/artic-network/fieldbioinformatics
https://hub.docker.com/r/staphb/artic-ncov2019-epi2me	0.3.10	https://github.com/epi2me-labs/wf-artic
https://hub.docker.com/r/staphb/artic-ncov2019-medaka	1.1.0	https://github.com/artic-network/artic-ncov2019
https://hub.docker.com/r/staphb/artic-ncov2019-nanopolish	1.1.0	https://github.com/artic-network/artic-ncov2019
https://github.com/nextstrain/augur	6.3.0 7.0.2 8.0.0 9.0.0	https://github.com/nextstrain/augur
https://github.com/nextstrain/auspice	2.12.0	https://github.com/nextstrain/auspice
https://hub.docker.com/r/staphb/bbtools/	38.76 38.86 38.95	[***]
https://hub.docker.com/r/staphb/bcftools/	1.10.2 1.11 1.12 1.13 1.14	https://github.com/samtools/bcftools
https://hub.docker.com/r/staphb/bedtools/	2.29.2 2.30.0	[***] https://github.com/arq5x/bedtools2
https://hub.docker.com/r/staphb/berrywood-report-env/	1.0	none
https://hub.docker.com/r/staphb/bowtie2/	2.4.4	[***] https://github.com/BenLangmead/bowtie2
https://hub.docker.com/r/staphb/bwa	0.7.17	https://github.com/lh3/bwa
https://hub.docker.com/r/staphb/canu	2.0 2.1.1 2.2	[***] https://github.com/marbl/canu
https://hub.docker.com/r/staphb/canu-racon/	1.7.1 (Canu), 1.3.1 (Racon), 2.13 (minimap2) 1.9 (Canu), 1.4.3 (Racon), 2.17 (minimap2) 1.9i (Canu), 1.4.3 (Racon), 2.17 (minimap2), (+racon_preprocess.py) 2.0 (Canu), 1.4.3 (Racon), 2.17 (minimap2)	[***] https://github.com/lbcb-sci/racon https://github.com/isovic/racon (ARCHIVED) https://lh3.github.io/minimap2/
https://hub.docker.com/r/staphb/centroid/	1.0.0	https://github.com/stjacqrm/centroid
https://hub.docker.com/r/staphb/cdc-spn/	0.1 (no version)	https://github.com/BenJamesMetcalf/Spn_Scripts_Reference
https://hub.docker.com/r/staphb/cfsan-snp-pipeline	2.0.2	https://github.com/CFSAN-Biostatistics/snp-pipeline
https://hub.docker.com/r/staphb/circlator	1.5.6	https://github.com/sanger-pathogens/circlator
https://hub.docker.com/r/staphb/clustalo	1.2.4	[***]
https://hub.docker.com/r/staphb/colorid	0.1.4.3	https://github.com/hcdenbakker/colorid
https://hub.docker.com/r/staphb/cutshaw-report-env	1.0.0	https://github.com/VADGS/CutShaw
https://github.com/CDCgov/datasets-sars-cov-2	0.4	https://github.com/CDCgov/datasets-sars-cov-2
https://hub.docker.com/r/staphb/emm-typing-tool	0.0.1 (no version)	https://github.com/phe-bioinformatics/emm-typing-tool
https://hub.docker.com/r/staphb/fastani	1.1 1.32 1.33	https://github.com/ParBLiSS/FastANI
https://hub.docker.com/r/staphb/fasttree	2.1.11	[***]
https://hub.docker.com/r/staphb/fastqc	0.11.8 0.11.9	[***] https://github.com/s-andrews/FastQC
https://hub.docker.com/r/staphb/fastq-scan

镜像拉取方式

您可以使用以下命令拉取该镜像。请将 <标签> 替换为具体的标签版本。如需查看所有可用标签版本，请访问标签列表页面。

轩辕镜像加速拉取命令点我查看更多 bbtools 镜像标签

docker pull docker.xuanyuan.run/staphb/bbtools:<标签>

使用方法：

DockerHub 原生拉取命令

docker pull staphb/bbtools:<标签>

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manifest unknown

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402 与流量用尽

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429 限流

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413 与超大单层

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免费版与专业版区别

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oldzhang

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"Docker访问体验非常流畅，大镜像也能快速完成下载。"